Izdelki

Sekvenciranje DNA/RNA -PacBio Sequencer

Platforma za sekvenciranje PacBio je dolgo brana platforma za sekvenciranje, ki je znana tudi kot ena od tehnologij sekvenciranja tretje generacije (TGS).Osrednja tehnologija, enomolekulski realni čas (SMRT), omogoča ustvarjanje odčitkov z dolžino več deset kilo-baz.Na podlagi "sekvenciranja po sintezi" je ločljivost enega nukleotida dosežena z ničelnim valovodom (ZMW), kjer je osvetljen le omejen volumen na dnu (mesto sinteze molekule).Poleg tega se sekvenciranje SMRT v veliki meri izogne zaporedju specifičnim pristranskosti v sistemu NGS, saj večina korakov pomnoževanja PCR ni potrebna v procesu gradnje knjižnice.

Platforma: Sequel II, Revio

Kontaktiraj nas

Podrobnosti storitve

Demo rezultati

Lastnosti

Dva načina zaporedja na sekvencerju PacBio: neprekinjeno dolgo branje (CLR) in krožno soglasno branje (CCS)

Način zaporedja

Velikost knjižnice

Teoretični podatkiDonos (na celico)

Enojna bazaNatančnost

Aplikacije

CLR

20Kb, 30Kb itd.

80 Gb do 130 Gb

Pribl.85 %

De novo, SV klicanje itd.

CCS

15-20 Kb

14 do 40 Gb/celico (nadaljevanje II)

70 do 110 Gb/celico (Revio)

Odvisno od vzorcev

Pribl.99%

De novo, klicanje SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Primerjava zmogljivosti in lastnosti Revio in Sequel II

Pogoji	Sistem Sequel II	Revio sistem	Porast
Večja gostota	8 milijonov ZMW	25 milijonov ZMW	3x
Samostojni odri	1	4	4x
Krajši časi delovanja	30 ur	24 ur	1,25x
30X HiFi človeški genomi / leto	88	1300	15x skupaj

Prednosti storitve

● Več kot 8 let izkušenj na platformi za sekvenciranje PacBio s tisoči zaključenih projektov z različnimi vrstami.

● Popolnoma opremljen z najnovejšo platformo PacBio Sequencing, Revio, ki zagotavlja zadostno pretočnost zaporedja.

● Hitrejši čas obdelave, večji donos podatkov in natančnejši podatki.

● Sodeloval v stotinah odmevnih publikacij, ki temeljijo na PacBio.

Vzorčne zahteve

Vrsta vzorca

Znesek

Koncentracija （Qubit®）

Glasnost

Čistost

drugi

Genomska DNK

Odvisno od podatkovne zahteve

≥50 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5；
Jasen vrh pri 260 nm，brez kontaminacij

Koncentracijo je treba izmeriti s Qubit in Qubit/Nanopore = 0,8-2,5

Skupna RNA

≥1,2 μg

≥120 ng/μl

≥15 μl

OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;brez kontaminacij

Vrednost RIN ≥7,5

5≥28S/18S≥1

Potek dela storitve

Priprava vzorca

Gradnja knjižnice

Zaporedje

Analiza podatkov

Izvedba projekta

Prejšnja: Proizvajalec originalne opreme Mrna Sequencing Service - Dolgo nekodirajoče sekvenciranje-Illumina – Biomarker

Naslednji: Ilumina in BGI

1.Donos lastnih podatkov

Podatki, ustvarjeni iz 63 celic CCS (iz 26 vrst)

PODATKI-PacBio-CCS-15 Kb	Povprečje	Maks	Min	Mediana
Donos - podbranje (Gb)	421.12	544.27	221.38	426,58
Yiled - CCS (Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polimeraza N50	145.651	175.430	118.118	144.689
Podberi N50	17.509	23.924	12.485	17.584
CCS N50	14.490	19.034	9,876	14.747
Povprečna dolžina-Polimeraza	67.995	89.379	49.664	66.433
Povprečna dolžina-Subreads	15.866	21.036	11.657	16.012
Povprečna dolžina-CCS	14.489	19.074	8,575	14.655

Podatki, ustvarjeni iz 16 celic CLR (iz 76 vrst)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Povprečje	Maks	Min	Mediana
Donos - podbranje (Gb)	142.20	291,40	50,55	142,49
Polimeraza N50	39,456	121.191	15.389	35.231
Podberi N50	28.490	41.012	14.430	29.063
Povprečna dolžina-Polimeraza	22.063	48.886	8,747	21.555
Povprečna dolžina-Subreads	17.720	27.225	8,293	17.779

2.Data QC – DemoStatistični podatki o donosu podatkov

Vzorec	ccs Prebere št	Skupaj ccs baze (bp)	ccs Branje N50 (bp)	ccs povprečna dolžina (bp)	ccs najdaljše branje (bp)	subreads Bases (bp)	stopnja ccs (%)
PB_BMKxxx	3.444.159	54.164.122.586	15.728	15.726	36.110	863.326.330.465	6.27