Analiza asociacij na ravni celotnega genoma
Potek dela
Prednosti storitve
●Obsežno strokovno znanje in objaveZ nabranimi izkušnjami na področju GWAS je BMKGene zaključil na stotine vrstnih projektov v raziskavah populacij GWAS, pomagal raziskovalcem objaviti več kot 100 člankov, kumulativni faktor vpliva pa je dosegel 500.
● Celovita bioinformatična analiza: potek dela vključuje analizo asociacij SNP-značilnosti, ki zagotavlja nabor kandidatnih genov in njihovo ustrezno funkcionalno opombo.
●Visoko usposobljena ekipa bioinformatikov in kratek analitični cikelZ bogatimi izkušnjami na področju napredne genomske analize ekipa BMKGene zagotavlja celovite analize s hitrim časom izvedbe.
●Poprodajna podpora:Naša zaveza sega tudi po zaključku projekta, saj nudimo 3-mesečno poprodajno servisno obdobje. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in seje vprašanj in odgovorov, na katerih lahko odgovorimo na vsa vprašanja v zvezi z rezultati.
Specifikacije in zahteve storitve
| Vrsta zaporedja | Priporočena populacijska lestvica | Strategija sekvenciranja | Zahteve po nukleotidih |
| Sekvenciranje celotnega genoma | 200 vzorcev | 10-krat | Koncentracija: ≥ 1 ng/µL Skupna količina ≥ 30 ng Omejena ali brez razgradnje ali kontaminacije |
| Specifičen lokus ojačan fragment (SLAF) | Globina oznake: 10x Število oznak: < 400 Mb: Priporočljiv je WGS < 1 GB: 100 tisoč oznak 1 GB > 2 GB: 300 tisoč oznak Največ 500 tisoč oznak | Koncentracija ≥ 5 ng/µL Skupna količina ≥ 80 ng Agarozni gel: brez ali omejeno razgradnjo ali kontaminacijo
|
Izbira materiala
Različne sorte, podvrste, avtohtone sorte/genske banke/mešane družine/divji viri
Različne sorte, podvrste, avtohtone sorte
Družina polsorodcev/družina polsorodcev/divji viri
Potek dela storitve
Zasnova eksperimenta
Dostava vzorca
Ekstrakcija RNK
Gradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Vključuje naslednjo analizo:
- Analiza asociacij na ravni celotnega genoma: model LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Funkcionalna anotacija kandidatnih genov
Analiza asociacije SNP-lastnosti – Manhattanski diagram
Analiza asociacije SNP-značilnosti – QQ diagram
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve de GWAS podjetja BMKGene, s pomočjo izbrane zbirke publikacij:
Lv, L. et al. (2023) »Vpogled v genetsko osnovo tolerance na amonijak pri školjki Sinonovacula constricta s študijo asociacij na ravni celotnega genoma«,Akvakultura, 569, str. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) »Multi-omske analize 398 pristopov lisičjega repa razkrivajo genomske regije, povezane z udomačitevjo, metabolitnimi lastnostmi in protivnetnimi učinki«,Molekularna rastlina, 15(8), str. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) »Genome-Wide Association Mapping of Hulless Barely Fenotypes in Drought Environment«,Meje v rastlinski znanosti, 13, str. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) „GmST1, ki kodira sulfotransferazo, daje odpornost na seva virusa mozaika soje G2 in G3“,Rastlina, celica in okolje, 44(8), str. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
