-
De novo sekvenciranje genoma rastlin/živali
De novosekvenciranje se nanaša na konstrukcijo celotnega genoma vrste z uporabo tehnologij sekvenciranja, npr. PacBio, Nanopore, NGS itd., v odsotnosti referenčnega genoma.Izjemno izboljšanje dolžine branja pri tehnologijah zaporedja tretje generacije je prineslo nove priložnosti pri sestavljanju kompleksnih genomov, kot so tisti z visoko heterozigotnostjo, visokim razmerjem ponavljajočih se regij, poliploidi itd. razreševanje ponavljajočih se elementov, regij z nenormalno vsebnostjo GC in drugih zelo kompleksnih regij.
Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Sklop genoma na osnovi Hi-C
Hi-C je metoda, zasnovana za zajemanje kromosomske konfiguracije s kombinacijo sondiranja interakcij, ki temeljijo na bližini, in visoko zmogljivega zaporedja.Verjame se, da je intenzivnost teh interakcij negativno povezana s fizično razdaljo na kromosomih.Zato bi lahko podatki Hi-C usmerjali združevanje, razvrščanje in orientacijo sestavljenih sekvenc v osnutku genoma in zasidranje le-teh na določeno število kromosomov.Ta tehnologija omogoča sestavo genoma na ravni kromosomov v odsotnosti genetske karte, ki temelji na populaciji.Vsak genom potrebuje Hi-C.
Platforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolucijska genetika
Evolucijska genetika je zapakirana storitev zaporedja, ki je zasnovana za zagotavljanje celovite razlage o evolucijskih informacijah danih materialov na podlagi genetskih variacij, vključno s SNP, InDels, SV in CNV.Zagotavlja vse temeljne analize, potrebne za opis evolucijskih sprememb in genetskih značilnosti populacij, kot so struktura populacije, genetska raznovrstnost, filogenski odnosi itd. Vsebuje tudi študije o pretoku genov, ki omogočajo oceno efektivne velikosti populacije, časa divergence.
-
Primerjalna genomika
Primerjalna genomika dobesedno pomeni primerjavo celotnih zaporedij in struktur genoma različnih vrst.Cilj te discipline je razkriti evolucijo vrst, delovanje genov, genski regulativni mehanizem na ravni genoma z identifikacijo zaporednih struktur in elementov, ki so se ohranili ali razlikovali med različnimi vrstami.Tipična primerjalna genomska študija vključuje analize družine genov, evolucijskega razvoja, podvajanja celotnega genoma, selektivnega pritiska itd.
-
Skupna analiza Segregant
Skupna segregantna analiza (BSA) je tehnika, ki se uporablja za hitro prepoznavanje genetskih označevalcev, povezanih s fenotipom.Glavni potek dela BSA vključuje izbiro dveh skupin posameznikov z izjemno nasprotujočimi si fenotipi, združevanje DNK vseh posameznikov, da tvori dva dela DNK, identifikacijo diferencialnih zaporedij med dvema skupinama.Ta tehnika je bila obsežno uporabljena pri identifikaciji genetskih markerjev, ki so močno povezani s ciljnimi geni v rastlinskih/živalskih genomih.
