Sestavljanje genoma na osnovi Hi-C
Hi-C je metoda, zasnovana za zajemanje konfiguracije kromosomov s kombiniranjem interakcij na podlagi bližine in visokozmogljivega sekvenciranja. Domneva se, da je intenzivnost teh interakcij negativno povezana s fizično razdaljo na kromosomih. Zato se podatki Hi-C uporabljajo za vodenje združevanja, urejanja in orientacije sestavljenih zaporedij v osnutku genoma ter zasidranja le-teh na določeno število kromosomov. Ta tehnologija omogoča sestavljanje genoma na ravni kromosomov brez populacijskega genetskega zemljevida. Vsak posamezen genom potrebuje Hi-C.
Značilnosti storitve
● Sekvenciranje na Illumina NovaSeq s PE150.
● Storitev zahteva vzorce tkiva, namesto ekstrahiranih nukleinskih kislin, za zamreženje s formaldehidom in ohranitev interakcij DNK-beljakovine.
● Hi-C eksperiment vključuje restrikcijo in popravilo lepljivih koncev z biotinom, ki mu sledi kroženje nastalih topih koncev ob ohranjanju interakcij. DNK se nato potegne s streptavidinskimi kroglicami in prečisti za nadaljnjo pripravo knjižnice.
Prednosti storitve
Pregled Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Znanost, 2009)
●Odprava potrebe po genetskih podatkih o populaciji:Hi-C nadomešča bistvene informacije, potrebne za sidranje kontigov.
●Visoka gostota markerjev:kar vodi do visokega razmerja sidranja kontigov nad 90 %.
●Obsežno strokovno znanje in objave:BMKGene ima bogate izkušnje z več kot 2000 primeri sestavljanja genoma Hi-C iz 1000 različnih vrst in različnimi patenti. Več kot 200 objavljenih primerov ima kumulativni faktor vpliva več kot 2000.
●Visoko usposobljena ekipa bioinformatikov:Z lastnimi patenti in avtorskimi pravicami za programsko opremo za Hi-C eksperimente in analizo podatkov, lastno razvita programska oprema za vizualizacijo podatkov omogoča ročno premikanje blokov, obračanje, preklic in ponavljanje.
●Poprodajna podpora:Naša zaveza sega tudi po zaključku projekta, saj nudimo 3-mesečno poprodajno servisno obdobje. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in seje vprašanj in odgovorov, na katerih lahko odgovorimo na vsa vprašanja v zvezi z rezultati.
●Celovita opomba: uporabljamo več podatkovnih baz za funkcionalno označevanje genov z identificiranimi variacijami in izvajanje ustrezne analize obogatitve, kar zagotavlja vpogled v več raziskovalnih projektov.
Specifikacije storitve
| Priprava knjižnice | Strategija sekvenciranja | Priporočeni izhodni podatki | Nadzor kakovosti |
| Hi-C knjižnica | Illumina NovaSeq PE150 | 100-krat | Q30 ≥ 85 % |
Zahteve za vzorec
| Tkivo | Zahtevani znesek |
| Živalski drobovi | ≥ 2 g |
| Živalske mišice | |
| Sesalska kri | ≥ 2 ml |
| Perutninska/ribja kri | |
| Rastlina - svež list | ≥ 3 g |
| Gojene celice | ≥ 1x107 |
| Žuželka | ≥ 2 g |
Potek dela storitve
Zasnova eksperimenta
Dostava vzorca
Gradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
1) Kontrola kakovosti surovih podatkov
2) Hi-C knjižnica QC: ocena veljavnih Hi-C interakcij
3) Sestavljanje Hi-C: združevanje kontigov v skupine, ki mu sledi urejanje kontigov znotraj vsake skupine in dodeljevanje orientacije kontigov
4) Ocena visokega C
Hi-C knjižnica QC – ocena veljavnih interakcijskih parov Hi-C
Hi-C montaža – statistika
Vrednotenje po sestavljanju – toplotni zemljevid intenzivnosti signala med posodami
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve montaže Hi-C podjetja BMKGene, s pomočjo izbrane zbirke publikacij.
Tian, T. et al. (2023) »Sestavljanje genoma in genetska disekcija pomembne na sušo odporne zarodne plazme koruze«, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), str. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) »Sestava genoma azijske čebele Apis cerana na kromosomski ravni«, Frontiers in Genetics, 11, str. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) »Razkrivanje evolucije biosinteze tropanskih alkaloidov z analizo dveh genomov v družini Solanaceae«, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), str. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) »Genomi banjanovega drevesa in ose opraševalke ponujajo vpogled v koevolucijo fig in os«, Cell, 183(4), str. 875–889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
