Genomski sklop na osnovi Hi-C
Prednosti storitve
Pregled Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Znanost, 2009)
● Ni potrebe po konstruiranju genetske populacije za sidranje kontigov;
● Večja gostota markerjev vodi do višjega razmerja sidranja kontigov nad 90 %;
● Omogoča vrednotenje in popravke na obstoječih genomskih sklopih;
● Krajši čas obratovanja z večjo natančnostjo pri sestavljanju genoma;
● Bogate izkušnje z več kot 1000 Hi-C knjižnicami, izdelanimi za več kot 500 vrst;
● Več kot 100 uspešnih primerov s skupnim objavljenim faktorjem vpliva nad 760;
● Sestavljanje genoma na osnovi Hi-C za poliploidni genom, 100-odstotna stopnja sidranja je bila dosežena v prejšnjem projektu;
● Interni patenti in avtorske pravice programske opreme za Hi-C poskuse in analizo podatkov;
● Samorazvita programska oprema za vizualizirano nastavitev podatkov, omogoča ročno premikanje blokov, obračanje, preklic in ponovno ustvarjanje.
Specifikacije storitve
|
Vrsta knjižnice
|
Platforma | Preberi dolžino | Priporoči strategijo |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatske analize
● Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov
● Nadzor kakovosti knjižnice Hi-C
● Sestavljanje genoma na osnovi Hi-C
● Ocena po montaži
Zahteve za vzorce in dostava
Vzorčne zahteve:
| žival | Glivice | Rastline
|
| Zamrznjeno tkivo: 1-2 g na knjižnico Celice: 1x 10^7 celic na knjižnico | Zamrznjeno tkivo: 1 g na knjižnico | Zamrznjeno tkivo: 1-2 g na knjižnico
|
| *Močno priporočamo, da pošljete vsaj 2 alikvota (po 1 g) za poskus Hi-C. | ||
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Za večino vzorcev ne priporočamo konzerviranja v etanolu.
Označevanje vzorcev: Vzorci morajo biti jasno označeni in enaki predloženemu obrazcu z informacijami o vzorcu.
Pošiljka: suhi led: vzorce je treba najprej zapakirati v vreče in jih zakopati v suhi led.
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija DNK
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
*Tu prikazani predstavitveni rezultati so vsi iz genomov, objavljenih s tehnologijo Biomarker Technologies
1. Toplotni zemljevid interakcije Hi-CCamptotheca acuminatagenom.Kot je prikazano na zemljevidu, je intenzivnost interakcij v negativni korelaciji z linearno razdaljo, kar kaže na zelo natančno sestavo na ravni kromosoma.(Razmerje sidranja: 96,03 %)
Kang M et al.,Nature Communications, 2021
2.Hi-C je olajšal validacijo inverzij medGossypium hirsutumL. TM-1 A06 inG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Nature Communications, 2019
3. Sestavljanje in bialelna diferenciacija genoma kasave SC205.Toplotni zemljevid Hi-C jasno prikazuje razcep v homolognih kromosomih.
Hu W et al.,Molekularna rastlina, 2021
4. Toplotni zemljevid Hi-C na sestavu genoma dveh vrst fikusa:F.microcarpa(razmerje sidranja: 99,3 %) inF.hispida (razmerje zasidranja: 99,7 %)
Zhang X et al.,Celica, 2020
Zadeva BMK
Genoma banyanca in ose opraševalca zagotavljata vpogled v koevolucijo figove ose
Objavljeno: Celica, 2020
Strategija zaporedja:
F. microcarpa genom: pribl.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: pribl.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: pribl.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Ključni rezultati
1. Dva genoma banyan drevesa in en genom ose opraševalca sta bila zgrajena z uporabo PacBio sekvenciranja, Hi-C in zemljevida povezav.
(1)F. microcarpagenom: Določen je bil sklop 426 Mb (97,7 % ocenjene velikosti genoma) s kontigom N50 908 Kb, ocena BUSCO 95,6 %.Skupaj 423 Mb sekvenc je bilo zasidranih na 13 kromosomov s Hi-C.Anotacija genoma je prinesla 29.416 genov, ki kodirajo beljakovine.
(2)F. Hispidagenom: Sklop 360 Mb (97,3 % ocenjene velikosti genoma) je bil donos s kontigom N50 492 Kb in rezultatom BUSCO 97,4 %.Skupaj 359 Mb zaporedij je bilo zasidranih na 14 kromosomov s Hi-C in zelo identičnih zemljevidu povezav z visoko gostoto.
(3)Eupristina verticillatagenom: Določen je bil sklop 387 Mb (ocenjena velikost genoma: 382 Mb) s kontigom N50 3,1 Mb in rezultatom BUSCO 97,7 %.
2. Primerjalna genomska analiza je pokazala veliko število strukturnih variacij med dvemaFikusigenomov, ki so zagotovili neprecenljiv genski vir za študije prilagodljive evolucije.Ta študija je prvič zagotovila vpogled v koevolucijo fig-ose na genomski ravni.
 Circosov diagram o genomskih značilnostih dvehFikusigenomi, vključno s kromosomi, segmentnimi duplikacijami (SD), transpozoni (LTR, TE, DNA TE), izražanjem genov in sintenije |  Identifikacija kromosoma Y in gena kandidata za določanje spola |
Zhang, X., et al."Genoma drevesa banyan in ose opraševalca zagotavljata vpogled v koevolucijo smokve in ose."Cell 183.4 (2020).
