Dolgo nekodirajoče sekvenciranje-Illumina
Prednosti storitve
● Prednosti storitve
● Specifičen za celice in tkiva
● Specifična stopnja izraža in predstavlja dinamično izrazno spremembo
● Natančni vzorci izražanja časa in prostora
● Skupna analiza s podatki mRNA.
● Dostava rezultatov na podlagi BMKCloud: prilagojeno podatkovno rudarjenje je na voljo na platformi.
● Poprodajne storitve veljajo 3 mesece po zaključku projekta
Zahteve za vzorce in dostava
| Knjižnica | Platforma | Priporočeni podatki | QC podatkov |
| izčrpanost rRNA | Ilumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85 % |
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK. | Za rastline: RIN≥6,5; Za živali: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; omejena ali brez osnovne višine |
Nukleotidi:
Tkivo: Teža (suho): ≥1 g
*Za tkivo, manjše od 5 mg, priporočamo pošiljanje hitro zamrznjenega (v tekočem dušiku) vzorca tkiva.
Suspenzija celic: Število celic = 3×107
*Priporočamo pošiljanje zamrznjenega celičnega lizata.V primeru, da je ta celica manjša od 5×105, priporočamo hitro zamrzovanje v tekočem dušiku.
Vzorci krvi:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol in 2mL krvi (TRIzol:Kri=3:1)
Priporočena dostava vzorcev
Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Pošiljka:
1. Suhi led: Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. Epruvete stabilne RNA: vzorce RNA lahko posušite v epruveti za stabilizacijo RNA (npr. RNAstable®) in jih pošljete pri sobni temperaturi.
Potek storitvenega dela
Oblikovanje eksperimenta
Dostava vzorcev
Ekstrakcija RNA
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Bioinformatika
1. Klasifikacija LncRNA
LncRNA, predvidena s štirimi zgornjimi programi, je bila razvrščena v 4 kategorije: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;smiselna LncRNA.Klasifikacija LncRNA je bila prikazana v spodnjem histogramu.
Razvrstitev LncRNA
2.Cis-ciljani geni analize obogatitve DE-lncRNA
ClusterProfiler je bil uporabljen pri analizi obogatitve GO na cis-ciljnih genih diferencialno izražene lncRNA (DE-lncRNA) v smislu bioloških procesov, molekularnih funkcij in celičnih komponent.Analiza obogatitve GO je postopek za identifikacijo DEG-usmerjenih znatno obogatenih izrazov GO v primerjavi s celotnim genomom.Obogateni izrazi so bili predstavljeni v histogramu, mehurčastem grafikonu itd., kot je prikazano spodaj.
Cis-ciljani geni analize obogatitve DE-lncRNA - Mehurčasti grafikon
3. S primerjavo dolžine, števila eksonov, ORF in količine ekspresije mRNA in lncRNA lahko razumemo razlike v strukturi, zaporedju itd. med njima in tudi preverimo, ali nova lncRNA, ki smo jo predvideli, ustreza splošnim značilnostim.
Zadeva BMK
Dereguliran profil izražanja lncRNA v adenokarcinomih mišjih pljuč z mutacijo KRAS-G12D in izločitvijo P53
Objavljeno:Revija za celično in molekularno medicino，2019
Strategija zaporedja
Illumina
Zbirka vzorcev
Celice NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) in celice negativne kontrole (sh-Scr) so bile pridobljene 6. dan specifične virusne okužbe.
Ključni rezultati
Ta študija raziskuje aberantno izražene lncRNA v adenokarcinomu mišjih pljuč z izločitvijo P53 in mutacijo KrasG12D.
1,6424 lncRNA je bilo različno izraženih (≥ 2-kratna sprememba, P <0,05).
2. Med vsemi 210 lncRNA (FC≥8) je izražanje 11 lncRNA reguliral P53, 33 lncRNA s KRAS in 13 lncRNA s hipoksijo v primarnih celicah KP.
3.NONMMUT015812, ki je bil izjemno reguliran navzgor v adenokarcinomu mišjih pljuč in negativno reguliran s ponovno ekspresijo P53, je bil odkrit za analizo njegove celične funkcije.
4. Razbijanje NONMMUT015812 s shRNA je zmanjšalo proliferacijo in migracijske sposobnosti celic KP.NONMMUT015812 je bil potencialni onkogen.
 Analiza poti KEGG diferencialno izraženih genov v NONMMUT015812-knockdown KP celicah |  Analiza genske ontologije diferencialno izraženih genov v NONMMUT015812-knockdown KP celicah |
Referenca
Dereguliran profil ekspresije lncRNA v adenokarcinomih mišjih pljuč z mutacijo KRAS-G12D in izločitvijo P53 [J].Revija za celično in molekularno medicino, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
