Dolgo nekodirajoče sekvenciranje - Illumina
Prednosti storitve
●Skupna analiza mRNA in lncRNAZ združevanjem kvantifikacije transkriptov mRNA s preučevanjem dolge nekrotične RNA in njihovih tarč je mogoče dobiti poglobljen pregled regulativnega mehanizma, ki je podlaga za celični odziv.
●Obsežno strokovno znanjeObdelali smo več kot 230.000 vzorcev, ki so zajemali različne vzorce in cilje projektov. V vsak projekt vnašamo bogato strokovno znanje.
●Skupna analiza mRNA in lncRNAKvantifikacijo transkriptov mRNA združujemo s preučevanjem dolge nekrotične RNA in njihovih tarč, kar omogoča poglobljen pregled regulatornega mehanizma, ki je podlaga za celični odziv.
●Strog nadzor kakovostiV vseh fazah, od priprave vzorcev do priprave knjižnic, sekvenciranja in bioinformatike, izvajamo ključne kontrolne točke. Naše natančno spremljanje zagotavlja dosledno visokokakovostne rezultate.
●Celovita opombaZa funkcionalno označevanje diferencialno izraženih genov (DEG) in izvajanje ustreznih analiz obogatitve uporabljamo več podatkovnih baz. Ta celovit pristop omogoča vpogled v celične in molekularne procese, ki so podlaga za transkriptomski odziv, in zagotavlja, da dobite vse možne informacije o podatkih vašega poskusa.
●Poprodajna podporaRazumemo, kako pomembna je prisotnost, zato naša zaveza sega tudi po zaključku projekta s 3-mesečnim poprodajnim servisom. V tem času ponujamo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in seje vprašanj in odgovorov, na katerih lahko odgovorimo na vsa vprašanja v zvezi z rezultati.
Zahteve glede vzorca in dostava
| Knjižnica | Platforma | Priporočeni podatki | Kontrola kakovosti podatkov |
| rRNA osiromašena usmerjena knjižnica | Illumina PE150 | 10–16 GB | Q30≥85% |
Nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistost | Integriteta |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Na gelu je vidna omejena ali nobena kontaminacija z beljakovinami ali DNK. | RIN ≥ 6,0; 5,0 ≥ 28S/18S ≥ 1,0; omejena ali brez dviga izhodiščne točke |
● Rastline:
Korenina, steblo ali cvetni list: 450 mg
List ali seme: 300 mg
Sadje: 1,2 g
● Žival:
Srce ali črevesje: 450 mg
Notranji organi ali možgani: 240 mg
Mišice: 600 mg
Kosti, lasje ali koža: 1,5 g
● Členonožci:
Žuželke: 9 g
Raki: 450 mg
● Polna kri:2 cevi
● Celice: 106 celice
● Serum in plazma6 ml
Priporočena dostava vzorca
Posoda: 2 ml centrifugalna epruveta (kositra folija ni priporočljiva)
Vzorčno označevanje: Združi + ponovi, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. Epruvete za stabilizacijo RNA: Vzorce RNA lahko posušimo v epruveti za stabilizacijo RNA (npr. RNAstable®) in jih shranimo pri sobni temperaturi.
Potek dela storitve
Zasnova eksperimenta
Dostava vzorca
Ekstrakcija RNK
Gradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Bioinformatika
- Surovi podatki
- Kontrola kakovosti podatkov
- Poravnava genoma
- Genska struktura (alternativno spajanje, optimizacija genske strukture in napovedovanje novih genov)
- Kvantifikacija izražanja genov
- Analiza diferencialne ekspresije
- Opomba in obogatitev DEG + Diferencialno izraženi ciljni geni lncRNA
- Identifikacija prepisa
- Identifikacija lncRNA (ohranitev lncRNA in znana lncRNA)
- Napoved ciljnih genov lncRNA
- Kvantifikacija izražanja lncRNA
- Skupna analiza s podatki mRNA
Analiza diferencialne genske ekspresije (DEG)
Kvantifikacija izražanja lncRNA – združevanje v skupine
Obogatitev ciljnih genov lncRNA
Analiza skupnega položaja mRNA in lncRNA – Circos diagram (srednji krog je mRNA, notranji krog pa lncRNA)
Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve sekvenciranja lncRNA podjetja BMKGene, s pomočjo izbrane zbirke publikacij.
Ji, H. et al. (2020) „Identifikacija, funkcionalna napoved in ključna verifikacija lncRNA lncRNA, povezanih s hladnim stresom, v jetrih podgan“,Znanstvena poročila2020 10:1, 10(1), str. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) »Integrativna transkriptomska analiza razkriva imunski mehanizem seva navadnega krapa, odpornega na CyHV-3«,Meje v imunologiji, 12, str. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) „Prioriteta konkurenčnih endogenih regulacijskih omrežij RNA pri drobnoceličnem pljučnem raku na podlagi integracije več omik: molekularne značilnosti in kandidati za zdravila“,Meje v onkologiji, 12, str. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) „Genetska disekcija mreže koekspresije genov, ki je podlaga za fotosintezo pri Populus“,Revija za rastlinsko biotehnologijo, 18(4), str. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) „Globalna regulativna mreža za disregulirano izražanje genov in nenormalno presnovno signalizacijo v imunskih celicah v mikrookolju Gravesove bolezni in Hashimotovega tiroiditisa“,Meje v imunologiji, 13, str. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
