Metagenomsko sekvenciranje -NG
Metagenom je zbirka celotnega genetskega materiala mešane skupnosti organizmov, kot so okoljski in človeški metagenomi. Vsebuje genome obdelovalnih in neobdelanih mikroorganizmov. Metagenomsko sekvenciranje puške z NGS omogoča preučevanje teh zapletenih genomskih pokrajin, vgrajenih v okoljske vzorce z zagotavljanjem več kot taksonomskega profiliranja, daje tudi zrnati vpogled v raznolikost vrst, dinamiko številčnosti in zapletene populacijske strukture. Poleg taksonomskih študij metagenomika puške ponuja tudi funkcionalno genomično perspektivo, ki omogoča raziskovanje kodiranih genov in njihove domnevne vloge v ekoloških procesih. Nazadnje vzpostavitev korelacijskih omrežij med genetskimi elementi in okoljskimi dejavniki prispeva k celostnemu razumevanju zapletene medsebojne interakcije med mikrobnimi skupnostmi in njihovim ekološkim ozadjem. Za zaključek je metagenomsko sekvenciranje kot ključni instrument za razkritje genomskih pretankosti raznolikih mikrobnih skupnosti, ki osvetljujejo večplastne razmerja med genetiko in ekologijo znotraj teh zapletenih ekosistemov.
Platforme: Illumina Novaseq in DNBSEQ-T7
Prednosti storitev
●Metoda izolacije in gojenja za profiliranje mikrobnih skupnosti: Omogočanje zaporedja genetskega materiala iz neobdelanih organizmov.
●Visoka ločljivost: V okoljskih vzorcih odkrijte vrste z nizko jabolko.
●Obsežna analiza bioinformatike:Osredotočen ne le na taksonomsko raznolikost, ampak tudi na funkcionalno raznolikost skupnosti.
●Obsežne izkušnje:S uspešnostjo uspešnega zaključka več projektov Metagenomics na različnih raziskovalnih področjih in obdelavo več kot 200.000 vzorcev, naša ekipa prinaša veliko izkušenj vsakemu projektu.
Specifikacije storitev
| Zaporedna platforma | Strategija zaporedja | Priporočeni podatki | Nadzor kakovosti |
| Illumina novaseq ali dnbseq-t7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Zahteve za storitve
| Koncentracija (ng/µl) | Skupni znesek (NG) | Prostornina (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Tla/blata: 2-3G
● črevesna vsebina-kina: 0,5-2 g
● črevesna vsebina-INSECT: 0,1-0,25G
● Rastlinska površina (obogatena usedlina): 0,5-1g
● Fermentacijska juha, obogatena s sedimentom): 0,2-0,5 g
● Izluščini (velike živali): 0,5-2 g
● Izluščini (miška): 3-5Grains
● Pljučna alveolarna tekočina za izpiranje: filtrirni papir
● vaginalni bris: 5-6 brisov
● Kožni/genitalni bris/slina/peroralno mehko tkivo/faringealni bris/rektalni bris: 2-3 brise
● Površinski mikroorganizem: 5-6 brisov
● Waterbody/Air/Biofilm: filtrirni papir
● Endofiti: 2-3G
● Zobna plaka: 0,5-1g
Servisni delovni tok
Dostava vzorca
Konstrukcija knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Po prodajnih storitvah
Vključuje naslednjo analizo:
● Zaporedje nadzora kakovosti podatkov
● Montage in napovedovanje genov metagenoma
● GENA OBVESTILO
● Taksonomska analiza raznolikosti alfa
● Funkcionalna analiza skupnosti: biološka funkcija, presnovna, odpornost na antibiotike
● Analiza funkcionalne in taksonomske raznolikosti:
Analiza beta raznolikosti
Med skupinami analize
Korelacijska analiza: med okoljskimi dejavniki in sestavo in raznolikostjo
Funkcionalna analiza: odpornost na antibiotike na kartici
Diferencialna analiza metaboličnih poti KEGG: toplotna karta pomembnih poti
Alfa raznolikost taksonomske distribucije: indeks ACE
Beta raznolikost taksonomske distribucije: PCOA
Raziščite napredek, ki ga omogočajo BMKGenejeve storitve metagenome zaporedja z Illumino s pomočjo kurirane zbirke publikacij.
Hai, Q. et al. (2023) „Metagenomska in metabolomična analiza sprememb črevesne vsebnosti mavrične postrvi (oncorhynchus mykiss), okuženih z nalezljivim virusom hematopoetske nekroze pri različnih temperaturah vode“,,,Meje v mikrobiologiji, 14, str. 1275649. Doi: 10.3389/fMicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) „mikrobne skupnosti, odpornosti in odpornosti v mestnih jezerih različnih trofičnih stanj: notranje povezave in zunanji vplivi“,Časopis za napredek nevarnih materialov, 9, str. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) „Metagenomska analiza je pokazala razlike v sestavi in delovanju med tekočinsko povezano in trdno povezano mikroorganizmi ovac ',Meje v mikrobiologiji, 13, str. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. "Inovacija, 4 (5), str. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) „Metagenomski vpogled v potencialna tveganja reprezentativnih bio/nerazgradljivih plastičnih in neplastičnih naplavin v zgornjem in spodnjem toku ustja Haihe, Kitajska“,Znanost o celotnem okolju, 887, str. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
