Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Prednosti storitve
● Brez izolacije in gojenja za profiliranje mikrobne skupnosti
● Visoka ločljivost pri odkrivanju redkih vrst v okoljskih vzorcih
● Ideja »meta-« združuje vse biološke lastnosti na funkcionalni ravni, ravni vrste in genski ravni, kar odraža dinamičen pogled, ki je bližje realnosti.
● BMK nabira ogromno izkušenj z različnimi vrstami vzorcev z več kot 10.000 obdelanimi vzorci.
Specifikacije storitve
| Platforma | Zaporedje | Priporočeni podatki | Čas obračanja |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 delovnih dni |
Bioinformatske analize
● Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov
● Sestavljanje metagenoma
● Neredundantni nabor genov in opombe
● Analiza vrstne pestrosti
● Analiza raznolikosti genetske funkcije
● Medskupinska analiza
● Asociacijska analiza glede na eksperimentalne dejavnike
Zahteve za vzorce in dostava
Vzorčne zahteve:
Zaizvlečki DNK:
| Vrsta vzorca | Znesek | koncentracija | Čistost |
| izvlečki DNK | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za okoljske vzorce:
| Vrsta vzorca | Priporočeni postopek vzorčenja |
| Prst | Količina vzorca: pribl.5 g;Preostanek ovenele snovi je treba odstraniti s površine;Velike kose zmeljemo in preidemo skozi 2 mm filter;Alikvotni vzorci v sterilni EP-epruveti ali ciroepruveti za rezervacijo. |
| Iztrebki | Količina vzorca: pribl.5 g;Zberite in alikvotirajte vzorce v sterilno EP-epruveto ali krioepruveto za rezervacijo. |
| Črevesna vsebina | Vzorce je treba obdelati v aseptičnih pogojih.Zbrano tkivo sperite s PBS;Centrifugirajte PBS in zberite usedlino v EP-epruvete. |
| Blato | Količina vzorca: pribl.5 g;Zberite in alikvotirajte vzorec blata v sterilno EP-epruveto ali krioepruveto za rezervacijo |
| Vodno telo | Za vzorec z omejeno količino mikrobov, kot je voda iz pipe, voda iz vodnjaka itd., Zberite vsaj 1 L vode in jo prepustite skozi filter 0,22 μm, da obogatite mikrobe na membrani.Membrano shranjujte v sterilni epruveti. |
| koža | S sterilno vatirano palčko ali kirurškim rezilom previdno postrgajte površino kože in jo položite v sterilno epruveto. |
Priporočena dostava vzorcev
Zamrznite vzorce v tekočem dušiku za 3-4 ure in jih shranite v tekočem dušiku ali -80 stopinj za dolgoročno rezervacijo.Zahtevano je pošiljanje vzorcev s suhim ledom.
Potek storitvenega dela
Dostava vzorcev
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
1.Histogram: Porazdelitev vrst
2. Funkcionalni geni, označeni s presnovnimi potmi KEGG
3.Toplotni zemljevid: Diferencialne funkcije na podlagi relativne številčnosti genov
4. Circos genov za odpornost na antibiotike CARD
Zadeva BMK
Razširjenost genov za odpornost na antibiotike in bakterijskih patogenov vzdolž koreninskega kontinuuma tla-mangrove
Objavljeno:Journal of Hazardous Materials, 2021
Strategija zaporedja:
Materiali: izvlečki DNK štirih fragmentov vzorcev, povezanih s korenino mangrove: nezasajena prst, rizosfera, episfera in predelki endosfere
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Tarče: Metagenome
Regija V3-V4 gena 16S rRNA
Ključni rezultati
Metagenomsko sekvenciranje in metabarkodiranje profiliranja na kontinuumu tla-korenine sadik mangrov so obdelali, da bi preučili širjenje genov za odpornost na antibiotike (ARG) iz zemlje v rastline.Metagenomski podatki so razkrili, da je bilo 91,4 % genov za odpornost na antibiotike običajno identificiranih v vseh štirih zgoraj omenjenih predelih tal, kar je pokazalo neprekinjen način.Sekvenciranje pomnožev 16S rRNA je ustvarilo 29.285 sekvenc, ki predstavljajo 346 vrst.V kombinaciji s profiliranjem vrst s sekvenciranjem amplikonov je bilo ugotovljeno, da je to širjenje neodvisno od mikrobiote, povezane s koreninami, vendar bi ga lahko olajšali mobilni genetski elementi.Ta študija je identificirala pretok ARG in patogenov iz tal v rastline skozi medsebojno povezan kontinuum prst-korenina.
Referenca
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. in Shu, L.(2020).Razširjenost genov za odpornost na antibiotike in bakterijskih patogenov vzdolž kontinuuma korenine tla–mangrove.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
