Prijava v BMKCloud

Izdelki

Sekvenciranje metatranskriptomov

Izpostavljena slika sekvenciranja metatranskriptoma

Storitev sekvenciranja metatranskriptomov BMKGENE z uporabo tehnologije sekvenciranja Illumina razkriva dinamično izražanje genov raznolikih mikrobov, od evkariontov do prokariontov in virusov, v naravnih okoljih, kot so zemlja, voda, morje, blato in črevesje. Naša celovita storitev raziskovalcem omogoča, da se poglobijo v celotne profile izražanja genov kompleksnih mikrobnih združb. Poleg taksonomske analize naša storitev sekvenciranja metatranskriptomov omogoča raziskovanje funkcionalne obogatitve in osvetljuje različno izražene gene ter njihove vloge. Odkrijte bogastvo bioloških vpogledov, ko se boste pomikali po kompleksnih pokrajinah izražanja genov, taksonomske raznolikosti in funkcionalne dinamike znotraj teh raznolikih okoljskih niš.

Kontaktirajte nas

Podrobnosti o storitvi

Bioinformatika

Rezultati predstavitve

Izbrane publikacije

Značilnosti storitve

● Izčrpavanje rRNA, ki mu sledi priprava usmerjene knjižnice mRNA.

● Sekvenciranje na Illumina NovaSeq.

Prednosti storitve

●Preučite spremembe kompleksnih mikrobnih združb:To se dogaja na transkripcijski ravni in raziskuje potencialne nove gene.

●Pojasnilo interakcij mikrobne skupnosti z gostiteljem ali okoljem.

●Celovita bioinformatična analizaTo zagotavlja vpogled v taksonomsko in funkcionalno sestavo združb ter analizo diferencialne genske ekspresije.

●Obsežna genska anotacija:Uporaba posodobljenih podatkovnih baz o genskih funkcijah za informativne informacije o izražanju genov v mikrobnih združbah.

●Poprodajna podpora:Naša zaveza sega tudi po zaključku projekta, saj nudimo 3-mesečno poprodajno servisno obdobje. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in seje vprašanj in odgovorov, na katerih lahko odgovorimo na vsa vprašanja v zvezi z rezultati.

Specifikacije storitve

Platforma za sekvenciranje	Strategija sekvenciranja	Priporočeni podatki	Nadzor kakovosti podatkov
Illumina NovaSeq	PE150	12 GB	Q30≥85%

Zahteve za vzorec

Koncentracija (ng/µL)	Skupna količina (µg)	Prostornina (µL)	OD260/280	OD260/230	RIN
≥50	≥1,0	≥20	1,8–2,0	1,0–2,5	≥6,5

Potek dela storitve

Dostava vzorca

Gradnja knjižnice

Sekvenciranje

Analiza podatkov

Poprodajne storitve

Prejšnje: De novo sestavljanje genoma gliv

Naprej: Sekvenciranje prokariontske RNA

Vključuje naslednjo analizo:

● Nadzor kakovosti podatkov sekvenciranja

● Sestavljanje prepisov

● Taksonomska opomba in številčnost

● Funkcionalna opomba in obilje

● Kvantifikacija izražanja in diferencialna analiza

Taksonomska porazdelitev vsakega vzorca:

Analiza beta raznolikosti: UPGMA

Funkcionalna opomba – številčnost GO

Diferencialna taksonomska številčnost – LEFSE

Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve meta transkriptomskega sekvenciranja BMKGene, s pomočjo kurirane zbirke publikacij.

Lu, Z. et al. (2023) »Kislinska toleranca bakterij reda Bacteroidales, ki uporabljajo laktat, prispeva k preprečevanju acidoze v vampu pri kozah, prilagojenih na prehrano z visoko vsebnostjo koncentratov«,Prehrana živali, 14, str. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.

Song, Z. et al. (2017) »Razkrivanje osrednje funkcionalne mikrobiote v tradicionalni fermentaciji v trdnem stanju z visokozmogljivimi amplikoni in metatranskriptomskim sekvenciranjem«,Meje v mikrobiologiji, 8(JUL). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.

Wang, W. et al. (2022) »Novi mikovirusi, odkriti z metatranskriptomsko raziskavo fitopatogene glive Alternaria«,Virusi, 14(11), str. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.

Wei, J. et al. (2022) »Vzporedna analiza metatranskriptoma razkriva razgradnjo sekundarnih metabolitov rastlin s strani hroščev in njihovih črevesnih simbiontov«,Molekularna Ekologija, 31(15), str. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.