BMKCloud Prijavite se

Izdelki

Sekvenciranje metatranskriptoma

Predstavljena slika sekvenciranja metatranskriptoma

S pomočjo tehnologije sekvenciranja Illumina storitev sekvenciranja metatranskriptoma BMKGENE razkriva dinamično izražanje genov raznolikega nabora mikrobov, ki zajema evkarionte do prokariontov in virusov, v naravnih okoljih, kot so prst, voda, morje, blato in črevesje. Naša celovita storitev omogoča raziskovalcem, da se poglobijo v popolne profile izražanja genov kompleksnih mikrobnih skupnosti. Poleg taksonomske analize naša storitev sekvenciranja metatranskriptoma olajša raziskovanje funkcionalne obogatitve, osvetljuje različno izražene gene in njihove vloge. Odkrijte bogastvo bioloških vpogledov, ko krmarite po zapletenih krajinah izražanja genov, taksonomske raznolikosti in funkcionalne dinamike znotraj teh raznolikih okoljskih niš.

Kontaktirajte nas

Podrobnosti storitve

Bioinformatika

Demo rezultati

Predstavljene publikacije

Funkcije storitve

● Pomanjkanje rRNA, ki mu sledi usmerjena priprava knjižnice mRNA.

● Sekvenciranje na Illumina NovaSeq.

Prednosti storitve

●Preučite spremembe kompleksnih mikrobnih skupnosti:To se zgodi na transkripcijski ravni in razišče potencialne nove gene.

●Razlaga interakcij mikrobne skupnosti z gostiteljem ali okoljem.

●Celovita bioinformatska analiza: To zagotavlja vpogled v taksonomske in funkcionalne sestave skupnosti ter analizo diferencialne genske ekspresije.

●Obsežna genska opomba:Uporaba posodobljenih baz podatkov o funkcijah genov za informativne informacije o izražanju genov mikrobnih skupnosti.

●Poprodajna podpora:Naša zaveza sega preko zaključka projekta s 3-mesečnim obdobjem poprodajnih storitev. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in srečanja z vprašanji in odgovori za obravnavo kakršnih koli vprašanj v zvezi z rezultati.

Specifikacije storitve

Platforma za sekvenciranje	Strategija zaporedja	Priporočeni podatki	Nadzor kakovosti podatkov
Illumina NovaSeq	PE150	12 Gb	Q30≥85%

Vzorčne zahteve

Koncentracija (ng/µL)	Skupna količina (µg)	Prostornina (µL)	OD260/280	OD260/230	RIN
≥50	≥1,0	≥20	1,8-2,0	1,0-2,5	≥6,5

Potek storitvenega dela

Dostava vzorcev

Gradnja knjižnice

Zaporedje

Analiza podatkov

Poprodajne storitve

Prejšnja: De novo sestavljanje genoma gliv

Naprej: Sekvenciranje prokariontske RNA

Vključuje naslednjo analizo:

● Nadzor kakovosti podatkov zaporedja

● Prepisni sklop

● Taksonomske oznake in številčnost

● Funkcionalna opomba in številčnost

● Kvantifikacija izražanja in diferencialna analiza

Taksonomska porazdelitev vsakega vzorca:

Analiza beta raznolikosti: UPGMA

Funkcionalna opomba – GO obilje

Številčnost diferencialne taksonomije – LEFSE

Raziščite napredek, ki ga omogočajo storitve sekvenciranja metatranskriptomike BMKGene prek izbrane zbirke publikacij.

Lu, Z. et al. (2023) „Kislinska toleranca bakterij iz reda Bacteroidales, ki izkoriščajo laktat, prispeva k preprečevanju acidoze v želodcu pri kozah, prilagojenih prehrani z visoko vsebnostjo koncentratov“,Prehrana živali, 14, str. 130–140. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.

Song, Z. idr. (2017) 'Razpletanje jedrne funkcionalne mikrobiote v tradicionalni fermentaciji v trdnem stanju z visokozmogljivimi amplikoni in metatranskriptomičnim sekvenciranjem',Meje v mikrobiologiji, 8. JUL. doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/POLNO.

Wang, W. et al. (2022) 'Novi mikovirusi, odkriti iz raziskave metatranskriptomike fitopatogene glive alternaria',Virusi, 14(11), str. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.

Wei, J. et al. (2022) "Vzporedna analiza metatranskriptoma razkriva razgradnjo rastlinskih sekundarnih presnovkov s hrošči in njihovimi črevesnimi simbionti",Molekularno Ekologija, 31(15), str. 3999–4016. doi: 10.1111/MEC.16557.