-
Metagenomsko zaporedje (NGS)
Metagenom se nanaša na zbirko celotnega genskega materiala mešane skupnosti organizmov, kot je okoljski metagenom, človeški metagenom itd. Vsebuje genome tako gojljivih kot nekulturnih mikroorganizmov.Metagenomsko sekvenciranje je molekularno orodje, ki se uporablja za analizo mešanih genomskih materialov, pridobljenih iz okoljskih vzorcev, ki zagotavlja podrobne informacije o raznolikosti in številčnosti vrst, strukturi populacije, filogenetskem odnosu, funkcionalnih genih in korelacijski mreži z okoljskimi dejavniki.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore
Metagenomika je molekularno orodje, ki se uporablja za analizo mešanih genomskih materialov, pridobljenih iz okoljskih vzorcev, ki zagotavlja podrobne informacije o raznolikosti in številčnosti vrst, strukturi populacije, filogenetskem odnosu, funkcionalnih genih in korelacijski mreži z okoljskimi dejavniki itd. Pred kratkim je bila predstavljena platforma za sekvenciranje nanopore. na metagenomske študije.Njegova izjemna zmogljivost pri dolžini branja je v veliki meri izboljšala nadaljnje metagenomske analize, zlasti sestavljanje metagenoma.Ob izkoriščanju prednosti dolžine branja je metagenomska študija, ki temelji na Nanopore, sposobna doseči bolj neprekinjeno sestavljanje v primerjavi z metagenomiko s puško.Objavljeno je bilo, da je metagenomika, ki temelji na Nanopore, uspešno ustvarila popolne in zaprte bakterijske genome iz mikrobiomov (Moss, EL, et. al,Narava Biotech, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podenota na 16S in 18S rRNA, ki vsebuje tako zelo ohranjene kot hiper-variabilne regije, je popoln molekularni prstni odtis za identifikacijo prokariontskih in evkariontskih organizmov.S pomočjo zaporedja je mogoče te amplikone ciljati na podlagi ohranjenih delov, hiper-variabilne regije pa je mogoče v celoti označiti za identifikacijo mikrobov, kar prispeva k študijam, ki zajemajo analizo mikrobne raznolikosti, taksonomijo, filogenijo itd. Enomolekularna v realnem času (SMRT ) sekvenciranje platforme PacBio omogoča pridobivanje zelo natančnih dolgih odčitkov, ki bi lahko pokrili amplikone celotne dolžine (cca. 1,5 Kb).Razširjen pogled na genetsko polje je močno izboljšal ločljivost pri označevanju vrst v skupnosti bakterij ali gliv.
Platforma:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-NGS
Cilj sekvenciranja amplikona 16S/18S/ITS je razkriti filogenijo, taksonomijo in številčnost vrst v mikrobni skupnosti z raziskovanjem PCR produktov gospodinjskih genetskih markerjev, ki vsebujejo tako zelo konverzirane kot hipervariabilne dele.Uvedba teh popolnih molekularnih prstnih odtisov s strani Woeses et al (1977) omogoča profiliranje mikrobioma brez izolacije.Zaporedje 16S (bakterije), 18S (glive) in notranjega prepisanega distančnika (ITS, glive) omogoča identifikacijo tako bogatih vrst kot tudi redkih in neidentificiranih vrst.Ta tehnologija je postala široko uporabljeno in glavno orodje pri prepoznavanju diferencialne mikrobne sestave v različnih okoljih, kot so človeška usta, črevesje, blato itd.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Ponovno sekvenciranje celotnega genoma bakterij in gliv
Ponovno sekvenciranje celotnega genoma bakterij in gliv je ključno orodje za dokončanje genomov znanih bakterij in gliv, pa tudi za primerjavo več genomov ali za preslikavo genomov novih organizmov.Zelo pomembno je sekvencirati celotne genome bakterij in gliv, da bi ustvarili natančne referenčne genome, opravili mikrobno identifikacijo in druge primerjalne študije genoma.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Genom gliv
Biomarker Technologies zagotavlja raziskavo genoma, fini genom in pene-popoln genom gliv, odvisno od specifičnega raziskovalnega cilja.Zaporedje genoma, sestavljanje in funkcionalno beleženje je mogoče doseči s kombinacijo sekvenciranja naslednje generacije + zaporedja tretje generacije, da se doseže visoko raven sestavljanja genoma.Hi-C tehnologija se lahko uporabi tudi za olajšanje sestavljanja genoma na ravni kromosomov.
Platforma:PacBio Sequel II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Popoln genom bakterij
Biomarker Technologies zagotavlja storitev sekvenciranja za konstruiranje celotnega genoma bakterij z ničelno vrzeljo.Glavni potek izdelave celotnega genoma bakterij vključuje zaporedje tretje generacije, sestavljanje, funkcionalno beleženje in napredno bioinformatično analizo, ki izpolnjuje posebne raziskovalne cilje.Bolj celovito profiliranje genoma bakterij omogoča razkrivanje temeljnih mehanizmov, na katerih temeljijo njihovi biološki procesi, kar bi lahko zagotovilo tudi dragoceno referenco za genomske raziskave pri višjih evkariontskih vrstah.
Platforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Sequel II
