mRNA-sekvenciranje (NGS) – De novo

Sekvenciranje mRNA omogoča profiliranje vseh transkriptov mRNA v celicah pod določenimi pogoji in je široko uporabljena tehnologija na različnih raziskovalnih področjih. Cevovod BMKCloud De novo mRNA-seq je zasnovan za analizo knjižnic sekvenciranja, obogatenih s poli-A, kadar referenčni genom ni na voljo. Cevovod se začne s kontrolo kakovosti, ki ji sledina novosestavljanje transkriptov in izbira unigenskega nabora. Analiza unigenske strukture napoveduje kodirajoče zaporedje (CDS) in preproste zaporedne ponovitve (SSR). Nato analiza diferencialne ekspresije poišče diferencialno izražene gene (DEG) med testiranimi pogoji, čemur sledi funkcionalna anotacija in obogatitev DEG za pridobitev bioloških spoznanj.