page_head_bg

Izdelki

Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore

Metagenomika je molekularno orodje, ki se uporablja za analizo mešanih genomskih materialov, pridobljenih iz okoljskih vzorcev, ki zagotavlja podrobne informacije o raznolikosti in številčnosti vrst, strukturi populacije, filogenetskem odnosu, funkcionalnih genih in korelacijski mreži z okoljskimi dejavniki itd. Pred kratkim je bila predstavljena platforma za sekvenciranje nanopore. na metagenomske študije.Njegova izjemna zmogljivost pri dolžini branja je v veliki meri izboljšala nadaljnje metagenomske analize, zlasti sestavljanje metagenoma.Ob izkoriščanju prednosti dolžine branja je metagenomska študija, ki temelji na Nanopore, sposobna doseči bolj neprekinjeno sestavljanje v primerjavi z metagenomiko s puško.Objavljeno je bilo, da je metagenomika, ki temelji na Nanopore, uspešno ustvarila popolne in zaprte bakterijske genome iz mikrobiomov (Moss, EL, et. al,Narava Biotech, 2020)

Platforma:Nanopore PromethION P48


Podrobnosti o storitvi

Demo rezultati

Primer BMK

Prednosti storitev

ØVisokokakovostno sestavljanje - Izboljšanje natančnosti identifikacije vrst in napovedovanja funkcionalnih genov

ØZaprta izolacija bakterijskega genoma

ØMočnejša in zanesljivejša uporaba na različnih področjih, npr. odkrivanje patogenih mikroorganizmov ali genov, povezanih z odpornostjo na antibiotike

ØPrimerjalna analiza metagenoma

Specifikacije storitve

ZaporedjePlatforma

Knjižnica

Priporočen donos podatkov

Predviden čas obdelave

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Oznake 50K/100K/300K

30 dni

Bioinformatične analize

üNadzor kakovosti neobdelanih podatkov

üSestavljanje metagenoma

üNeodvečni nabor genov in opomba

üAnaliza vrstne raznolikosti

üAnaliza raznolikosti genetske funkcije

üAnaliza med skupinami

üAnaliza asociacije proti eksperimentalnim dejavnikom

2

Zahteve za vzorce in dostava

Zahteve za vzorce in dostava

Vzorčne zahteve:   

ZaDNK izvlečki:

Vrsta vzorca

Znesek

Koncentracija

Čistost

DNK izvlečki

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Za okoljske vzorce:

Vrsta vzorca

Priporočen postopek vzorčenja

Prst

Količina vzorčenja: pribl.5 g;Preostalo posušeno snov je treba odstraniti s površine;Zmeljemo velike kose in prehajamo skozi 2 mm filter;Alikvotni vzorci v sterilni EP-epruveti ali cirotubi za rezervacijo.

Iztrebki

Količina vzorčenja: pribl.5 g;Zberite in alikvotne vzorce v sterilni EP-epruveti ali krioepruveti za rezervacijo.

Črevesna vsebina

Vzorce je treba obdelati v aseptičnih pogojih.Zbrano tkivo speremo s PBS;Centrifugirajte PBS in precipitant zberite v EP-epruvete.

Blato

Količina vzorčenja: pribl.5 g;Zberite in alikvotni vzorec blata v sterilno EP-epruveto ali kriocevko za rezervacijo

Vodno telo

Za vzorec z omejeno količino mikrobov, kot so voda iz pipe, voda iz vodnjaka itd., Zberite vsaj 1 L vode in prepustite 0,22 μm filter, da obogatite mikrob na membrani.Membrana shranjujte v sterilni epruveti.

Koža

S sterilno vatirano palčko ali kirurškim rezilom previdno postrgajte površino kože in jo položite v sterilno epruveto.

Priporočena dostava vzorca

Zamrznite vzorce v tekočem dušiku za 3-4 ure in jih shranite v tekočem dušiku ali -80 stopinj za dolgoročno rezervacijo.Potrebno je pošiljanje vzorcev s suhim ledom.

Potek dela storitve

logo_02

Dostava vzorca

logo_04

Gradnja knjižnice

logo_05

Zaporedje

logo_06

Analiza podatkov

logo_07

Poprodajne storitve


  • Prejšnji:
  • Naslednji:

  • 1.Heatmap: združevanje bogastva vrst32. Funkcionalni geni, označeni s KEGG presnovnimi potmi43. Korelacijska mreža vrst54. Circos genov za odpornost na antibiotike CARD
    6

    Primer BMK

    Nanopore metagenomika omogoča hitro klinično diagnozo bakterijske okužbe spodnjih dihal

    Objavljeno:Biotehnologija narave, 2019

    Tehnični poudarki
    Zaporedje: Nanopore MinION
    Klinična metagenomska bioinformatika: izčrpavanje DNK gostitelja, analiza WIMP in ARMA
    Hitro zaznavanje: 6 ur
    Visoka občutljivost: 96,6 %

    Ključni rezultati

    Leta 2006 je okužba spodnjih dihal (LR) povzročila 3 milijone smrti ljudi po vsem svetu.Tipična metoda za odkrivanje patogena LR1 je gojenje, ki ima slabo občutljivost, dolg čas obratovanja in pomanjkanje navodil za zgodnjo antibiotično terapijo.Hitra in natančna diagnoza mikrobov je že dolgo nujna.Dr. Justin z univerze East Anglia in njegovi partnerji so uspešno razvili metagenomsko metodo, ki temelji na Nanopore za odkrivanje patogenov.Glede na njihov potek dela je lahko izčrpanih 99,99 % gostiteljske DNK.Odkrivanje patogenov in genov, odpornih na antibiotike, se lahko zaključi v 6 urah.

    Referenca
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomika omogoča hitro klinično diagnozo bakterijske okužbe spodnjih dihal.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    dobite ponudbo

    Tukaj napišite svoje sporočilo in nam ga pošljite

    Pošljite nam svoje sporočilo: