Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore
Prednosti storitev
ØVisokokakovostno sestavljanje - Izboljšanje natančnosti identifikacije vrst in napovedovanja funkcionalnih genov
ØZaprta izolacija bakterijskega genoma
ØMočnejša in zanesljivejša uporaba na različnih področjih, npr. odkrivanje patogenih mikroorganizmov ali genov, povezanih z odpornostjo na antibiotike
ØPrimerjalna analiza metagenoma
Specifikacije storitve
| ZaporedjePlatforma | Knjižnica | Priporočen donos podatkov | Predviden čas obdelave |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Oznake 50K/100K/300K | 30 dni |
Bioinformatične analize
üNadzor kakovosti neobdelanih podatkov
üSestavljanje metagenoma
üNeodvečni nabor genov in opomba
üAnaliza vrstne raznolikosti
üAnaliza raznolikosti genetske funkcije
üAnaliza med skupinami
üAnaliza asociacije proti eksperimentalnim dejavnikom
Zahteve za vzorce in dostava
Zahteve za vzorce in dostava
Vzorčne zahteve:
ZaDNK izvlečki:
| Vrsta vzorca | Znesek | Koncentracija | Čistost |
| DNK izvlečki | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za okoljske vzorce:
| Vrsta vzorca | Priporočen postopek vzorčenja |
| Prst | Količina vzorčenja: pribl.5 g;Preostalo posušeno snov je treba odstraniti s površine;Zmeljemo velike kose in prehajamo skozi 2 mm filter;Alikvotni vzorci v sterilni EP-epruveti ali cirotubi za rezervacijo. |
| Iztrebki | Količina vzorčenja: pribl.5 g;Zberite in alikvotne vzorce v sterilni EP-epruveti ali krioepruveti za rezervacijo. |
| Črevesna vsebina | Vzorce je treba obdelati v aseptičnih pogojih.Zbrano tkivo speremo s PBS;Centrifugirajte PBS in precipitant zberite v EP-epruvete. |
| Blato | Količina vzorčenja: pribl.5 g;Zberite in alikvotni vzorec blata v sterilno EP-epruveto ali kriocevko za rezervacijo |
| Vodno telo | Za vzorec z omejeno količino mikrobov, kot so voda iz pipe, voda iz vodnjaka itd., Zberite vsaj 1 L vode in prepustite 0,22 μm filter, da obogatite mikrob na membrani.Membrana shranjujte v sterilni epruveti. |
| Koža | S sterilno vatirano palčko ali kirurškim rezilom previdno postrgajte površino kože in jo položite v sterilno epruveto. |
Priporočena dostava vzorca
Zamrznite vzorce v tekočem dušiku za 3-4 ure in jih shranite v tekočem dušiku ali -80 stopinj za dolgoročno rezervacijo.Potrebno je pošiljanje vzorcev s suhim ledom.
Potek dela storitve
Dostava vzorca
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
1.Heatmap: združevanje bogastva vrst
2. Funkcionalni geni, označeni s KEGG presnovnimi potmi
3. Korelacijska mreža vrst
4. Circos genov za odpornost na antibiotike CARD
Primer BMK
Nanopore metagenomika omogoča hitro klinično diagnozo bakterijske okužbe spodnjih dihal
Objavljeno:Biotehnologija narave, 2019
Tehnični poudarki
Zaporedje: Nanopore MinION
Klinična metagenomska bioinformatika: izčrpavanje DNK gostitelja, analiza WIMP in ARMA
Hitro zaznavanje: 6 ur
Visoka občutljivost: 96,6 %
Ključni rezultati
Leta 2006 je okužba spodnjih dihal (LR) povzročila 3 milijone smrti ljudi po vsem svetu.Tipična metoda za odkrivanje patogena LR1 je gojenje, ki ima slabo občutljivost, dolg čas obratovanja in pomanjkanje navodil za zgodnjo antibiotično terapijo.Hitra in natančna diagnoza mikrobov je že dolgo nujna.Dr. Justin z univerze East Anglia in njegovi partnerji so uspešno razvili metagenomsko metodo, ki temelji na Nanopore za odkrivanje patogenov.Glede na njihov potek dela je lahko izčrpanih 99,99 % gostiteljske DNK.Odkrivanje patogenov in genov, odpornih na antibiotike, se lahko zaključi v 6 urah.
Referenca
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomika omogoča hitro klinično diagnozo bakterijske okužbe spodnjih dihal.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
