Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore
Prednosti storitve
● Visokokakovostna montaža - Izboljšanje natančnosti identifikacije vrst in napovedi delovanja genov
● Zaprta izolacija bakterijskega genoma
● Zmogljivejša in zanesljivejša uporaba na različnih področjih, npr. odkrivanje patogenih mikroorganizmov ali genov, povezanih z odpornostjo na antibiotike
● Primerjalna analiza metagenoma
Specifikacije storitve
| Platforma | Zaporedje | Priporočeni podatki | Čas obračanja |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 delovnih dni |
Bioinformatske analize
● Nadzor kakovosti neobdelanih podatkov
● Sestavljanje metagenoma
● Neredundantni nabor genov in opombe
● Analiza vrstne pestrosti
● Analiza raznolikosti genetske funkcije
● Medskupinska analiza
● Asociacijska analiza glede na eksperimentalne dejavnike
Zahteve za vzorce in dostava
Vzorčne zahteve in dostava
Vzorčne zahteve:
Zaizvlečki DNK:
| Vrsta vzorca | Znesek | koncentracija | Čistost |
| izvlečki DNK | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za okoljske vzorce:
| Vrsta vzorca | Priporočeni postopek vzorčenja |
| Prst | Količina vzorca: pribl.5 g;Preostanek ovenele snovi je treba odstraniti s površine;Velike kose zmeljemo in preidemo skozi 2 mm filter;Alikvotni vzorci v sterilni EP-epruveti ali ciroepruveti za rezervacijo. |
| Iztrebki | Količina vzorca: pribl.5 g;Zberite in alikvotirajte vzorce v sterilno EP-epruveto ali krioepruveto za rezervacijo. |
| Črevesna vsebina | Vzorce je treba obdelati v aseptičnih pogojih.Zbrano tkivo sperite s PBS;Centrifugirajte PBS in zberite usedlino v EP-epruvete. |
| Blato | Količina vzorca: pribl.5 g;Zberite in alikvotirajte vzorec blata v sterilno EP-epruveto ali krioepruveto za rezervacijo |
| Vodno telo | Za vzorec z omejeno količino mikrobov, kot je voda iz pipe, voda iz vodnjaka itd., Zberite vsaj 1 L vode in jo prepustite skozi filter 0,22 μm, da obogatite mikrobe na membrani.Membrano shranjujte v sterilni epruveti. |
| koža | S sterilno vatirano palčko ali kirurškim rezilom previdno postrgajte površino kože in jo položite v sterilno epruveto. |
Priporočena dostava vzorcev
Zamrznite vzorce v tekočem dušiku za 3-4 ure in jih shranite v tekočem dušiku ali -80 stopinj za dolgoročno rezervacijo.Zahtevano je pošiljanje vzorcev s suhim ledom.
Potek storitvenega dela
Dostava vzorcev
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
1.Toplotni zemljevid: združevanje bogastva vrst
2. Funkcionalni geni, označeni s presnovnimi potmi KEGG
3.Korelacijsko omrežje vrst
4. Circos genov za odpornost na antibiotike CARD
Zadeva BMK
Nanopore metagenomika omogoča hitro klinično diagnozo bakterijske okužbe spodnjih dihal
Objavljeno:Nature Biotechnology, 2019
Tehnični poudarki
Sekvenciranje: Nanopore MinION
Klinična metagenomika, bioinformatika: izčrpanje DNK gostitelja, analiza WIMP in ARMA
Hitro odkrivanje: 6 ur
Visoka občutljivost: 96,6 %
Ključni rezultati
Leta 2006 je okužba spodnjih dihal (LR) povzročila 3 milijone človeških smrti po vsem svetu.Tipična metoda za odkrivanje patogena LR1 je gojenje, ki ima slabo občutljivost, dolg čas obračanja in pomanjkanje navodil za zgodnjo antibiotično terapijo.Hitra in natančna mikrobna diagnoza je že dolgo nujna.Dr. Justin z Univerze East Anglia in njegovi partnerji so uspešno razvili metagenomsko metodo za odkrivanje patogenov, ki temelji na nanoporih.Glede na njihov potek dela se lahko izčrpa 99,99 % DNK gostitelja.Odkrivanje patogenov in genov, odpornih na antibiotike, je lahko končano v 6 urah.
Referenca
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomika omogoča hitro klinično diagnozo bakterijske okužbe spodnjih dihal.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
