Poudarki
Na ta dvourni spletni seminar nam je v veliko čast povabiti šest strokovnjakov s področja genomike pridelkov.Naši govorci bodo podali poglobljeno interpretacijo dveh raziskav genoma rži, ki sta bili pred kratkim objavljeni naNaravna genetika:
1. Sestavljanje genoma na ravni kromosomov zagotavlja vpogled v biologijo, razvoj in agronomski potencial rži
2. Visokokakovosten sestav genoma poudarja genomske značilnosti rži in agronomsko pomembne gene
Prav tako smo veseli, da imamo višjega znanstvenika za raziskave in razvoj Biomarker Technologies, ki deli svoje izkušnje pri sestavljanju genoma de novo.
Dnevni red
09:00 CET
Pozdravne besede
Zheng Hong-kun
Ustanovitelj in izvršni direktor Biomarker Technologies
Deng Xing-wang
Predsednik Šole za napredne kmetijske znanosti Univerze v Pekingu
09:15 zjutraj
Izboljšanje izboljšanja rži, tritikale in pšenice z uporabo visokokakovostnega referenčnega zaporedja genoma
Na tem spletnem seminarju nam je prof. Wang predstavil splošne posodobitve trenutnega statusa genomskih raziskav triticeae in pokazal uspeh in preboj dveh izjemnih del o študijah genoma rži, ki sta bili nedavno objavljeni na Nature Genetics in predstavljata celotno raziskavo skupine, ki vodijo in prispevajo k delu.
09:25 zjutraj
Genomika žit @ IPK Gatersleben
Žitne trave iz plemena Triticeae so bile glavni vir hrane v zmernih območjih, ki so že dolgo veljale za vročo točko pri izboljšanju in vzreji pridelkov.Med vsemi gojenimi vrstami je to pleme znano po izjemno zapletenih genomskih značilnostih, vključno z velikimi velikostmi genoma, visoko vsebnostjo TE, poliploidijo itd. Na tej seji nam je prof. Nils Stein podal splošen uvod o IPK Gatersleben in trenutnem statusu žit. genomske raziskave@IPK Gatersleben.
09:35 zjutraj
Sestavljanje genoma na ravni kromosomov zagotavlja vpogled v biologijo, evolucijo in agronomski potencial rži
Dr. M Timothy Rabanus-Wallace, Leibniz Inštitut za rastlinsko genetiko in raziskave načrta posevkov (IPK)Rž (Secale cereale L.) je izjemno odporen na podnebje žitni pridelek, ki se v veliki meri uporablja za pridelavo izboljšanih sort pšenice z introgresivno hibridizacijo in ima celoten repertoar genov, ki so potrebni za omogočanje hibridnega žlahtnjenja.Rž je alogamna in šele pred kratkim udomačena, kar daje gojenim ržim dostop do raznolikega in izkoriščenega divjega genskega sklada.Da bi dodatno povečali agronomski potencial rži, smo izdelali označen sklop 7,9 Mbp rženega genoma na ravni kromosomov in obsežno validirali njegovo kakovost z uporabo niza molekularnih genetskih virov.Uporabe tega vira prikazujemo s širokim spektrom preiskav.Predstavljamo ugotovitve o nepopolni genetski izolaciji gojene rži od divjih sorodnikov, mehanizmih evolucije strukture genoma, odpornosti na patogene, toleranci na nizke temperature, sistemih nadzora plodnosti za hibridno žlahtnjenje in koristih pridelka introgresij rži in pšenice.
10:05 zjutraj
Visokokakovosten sestav genoma poudarja genomske značilnosti rži in agronomsko pomembne gene
Rž je dragocen živilski in krmni pridelek, pomemben genski vir za izboljšanje pšenice in tritikale ter nepogrešljiv material za učinkovite primerjalne genomske študije trav.Tukaj smo sekvencirali genom rži Weining, elitne kitajske sorte rži.Sestavljeni kontigi (7,74 Gb) so predstavljali 98,47 % ocenjene velikosti genoma (7,86 Gb), pri čemer je 93,67 % kontigov (7,25 Gb) dodeljenih sedmim kromosomom.Ponavljajoči se elementi so predstavljali 90,31 % sestavljenega genoma.V primerjavi s predhodno sekvenciranimi genomi Triticeae so retrotranspozoni Daniela, Sumaya in Sumana pokazali močno ekspanzijo v rži.Nadaljnje analize Weiningovega sklopa so osvetlile podvajanja genov v celotnem genomu in njihov vpliv na gene za biosintezo škroba, fizične organizacije kompleksnih prolaminskih lokusov, značilnosti izražanja genov, ki so osnova zgodnje glavne lastnosti, in domnevne kromosomske regije in lokuse, povezane z udomačitvijo, v rži.To zaporedje genoma obljublja pospešitev študij genomike in vzreje rži in sorodnih žitnih pridelkov.
10:35 zjutraj
Izzivi, rešitve in prihodnost sestavljanja genoma de novo
Genom visoke kakovosti je osnova genomskih študij.Čeprav je hiter razvoj sekvenciranja in algoritmov omogočil veliko enostavnejše in učinkovitejše sestavljanje genoma, se s poglabljanjem raziskovalnih ciljev povečujejo tudi zahteve po točnosti in popolnosti sestavljanja.V tem predavanju bom razpravljal o trenutno priljubljenih tehnologijah pri sestavljanju genoma z več uspešnimi primeri in si ogledal prihodnji razvoj.
Čas objave: 8. januarja 2022