Izdelki

Nereferenčno zaporedje mRNA-Illumina

Nereferenčno sekvenciranje mRNA-Predstavljena slika Illumina

Sekvenciranje mRNA sprejme tehniko sekvenciranja naslednje generacije (NGS) za zajemanje sporočilne RNA (mRNA) iz evkarionta v določenem obdobju, ko se aktivirajo nekatere posebne funkcije.Najdaljši spojeni prepis je bil imenovan 'Unigene' in uporabljen kot referenčno zaporedje za kasnejšo analizo, ki je učinkovito sredstvo za preučevanje molekularnega mehanizma in regulativne mreže vrste brez sklicevanja.

Po sestavljanju podatkov transkriptoma in funkcionalni opombi unigene

(1) Izvedena bo analiza SSR, napoved CDS in struktura genov.

(2) Izvedena bo kvantifikacija izražanja unigena v vsakem vzorcu.

(3) Različno izraženi unigeni med vzorci (ali skupinami) bodo odkriti na podlagi izražanja unigenov

(4) Izvedeno bo grozdenje, funkcionalna anotacija in analiza obogatitve diferencialno izraženih unigenov

Kontaktiraj nas

Podrobnosti storitve

Bioinformatika

Demo rezultati

Študija primera

Lastnosti

● Neodvisno od katerega koli referenčnega genoma,

● Podatke bi lahko uporabili za analizo strukture in izražanja transkriptov

● Identificirajte spremenljiva mesta rezanja

Prednosti storitve

● Dostava rezultatov na podlagi BMKCloud: Rezultati so dostavljeni kot podatkovna datoteka in interaktivno poročilo prek platforme BMKCloud, ki omogoča uporabniku prijazno branje izhodov kompleksne analize in prilagojeno rudarjenje podatkov na podlagi standardne bioinformatske analize.

● Poprodajne storitve: Poprodajne storitve, ki veljajo 3 mesece po zaključku projekta, vključno s spremljanjem projekta, odpravljanjem težav, rezultati vprašanj in odgovorov itd.

Zahteve za vzorce in dostava

Vzorčne zahteve:

Nukleotidi:

Konc. (ng/μl)

Količina (μg)

Čistost

Integriteta

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Na gelu je prikazana omejena ali nikakršna kontaminacija beljakovin ali DNK.

Za rastline: RIN≥6,5;

Za živali: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

omejena ali brez osnovne višine

Tkivo: Teža (suho): ≥1 g
*Za tkivo, manjše od 5 mg, priporočamo pošiljanje hitro zamrznjenega (v tekočem dušiku) vzorca tkiva.

Suspenzija celic: Število celic = 3×10⁷
*Priporočamo pošiljanje zamrznjenega celičnega lizata.V primeru, da je ta celica manjša od 5×10⁵, priporočamo hitro zamrzovanje v tekočem dušiku.

Vzorci krvi:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol in 2mL krvi (TRIzol:Kri=3:1)

Priporočena dostava vzorcev

Vsebnik:
2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Označevanje vzorca: skupina + ponovitev, npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Pošiljka:
1. Suhi led: Vzorce je treba zapakirati v vrečke in zakopati v suhi led.
2. Epruvete stabilne RNA: vzorce RNA lahko posušite v epruveti za stabilizacijo RNA (npr. RNAstable®) in jih pošljete pri sobni temperaturi.

Potek storitvenega dela

Oblikovanje eksperimenta

Dostava vzorcev

Ekstrakcija RNA

Gradnja knjižnice

Zaporedje

Analiza podatkov

Poprodajne storitve

Prejšnja: Dolgo nekodirajoče sekvenciranje-Illumina

Naslednji: Sekvenciranje evkariontske mRNA-Illumina

Bioinformatika

1.mRNA(denovo) Princip sestavljanja

Trinity so berila razdrobljena na manjše dele, znane kot K-mer.Ti K-meri se nato uporabijo kot semena za razširitev v kontige in nato komponente na podlagi prekrivanja kontigov.Končno je bil tukaj uporabljen De Bruijn za prepoznavanje transkriptov v komponentah.

mRNA-(De-novo)-Pregled-Trinityja

mRNA (De novo) Pregled Trinity

2.mRNA (De novo) Porazdelitev ravni izražanja genov

RNA-Seq lahko doseže zelo občutljivo oceno izražanja genov.Običajno je zaznavno območje izražanja transkriptov FPKM v razponu od 10^-2 do 10^6

mRNA-(De-novo)-Distribucija-gostote-FPKM-v-vsakem-vzorcu

mRNA (De novo) Porazdelitev gostote FPKM v vsakem vzorcu

3.mRNA (De novo) GO obogatitvena analiza DEG

Baza podatkov GO (Gene Ontology) je strukturiran sistem bioloških oznak, ki vsebuje standardni besednjak funkcij genov in genskih produktov.Vsebuje več ravni, pri čemer nižja kot je raven, bolj specifične so funkcije.

mRNA-(De-novo)-GO-razvrstitev-DEG-na-drugi ravni

mRNA (De novo) GO klasifikacija DEG na drugi ravni

Zadeva BMK

Transkriptomska analiza presnove saharoze med nabrekanjem in razvojem čebulnice pri čebuli (Allium cepa L.)

Objavljeno: meje v znanosti o rastlinah2016

Strategija zaporedja

Ilumina HiSeq2500

Zbirka vzorcev

V tej študiji je bila uporabljena sorta Utah Yellow Sweet Spain »Y1351«.Število zbranih vzorcev je bilo
15. dan po nabrekanju (DAS) čebulice (premer 2 cm in teža 3–4 g), 30. dan po nabrekanju (premer 5 cm in teža 100–110 g) in ~3 na 40. dan DAS (premer 7 cm in 260–300 gramov).

Ključni rezultati

1. v Vennovem diagramu je bilo zaznanih skupno 146 DEG v vseh treh parih razvojnih stopenj.
2.»Transport in metabolizem ogljikovih hidratov«je predstavljalo samo 585 unigenov (tj. 7 % označenega COG).
3. Unigenes, ki so bili uspešno označeni v bazi podatkov GO, so bili razvrščeni v tri glavne kategorije za tri različne stopnje razvoja čebulice.Najbolj zastopani v glavni kategoriji »bioloških procesov« so bili »presnovni procesi«, ki mu sledi »celični proces«.V glavni kategoriji »molekularne funkcije« sta bili najbolj zastopani kategoriji »vezavna« in »katalitična aktivnost«.

PB-full-length-RNA-Sekvenciranje-študija-primera

Histogram klastrov klasifikacije ortoloških skupin (COG).

Histogram klasifikacije genske ontologije (GO) za unigene, pridobljene iz čebulic v treh razvojnih stopnjah

Vennov diagram, ki prikazuje gene, ki so različno izraženi v katerih koli dveh stopnjah razvoja čebulnice

Referenca

Zhang C, Zhang H, Zhan Z et al.Transkriptomska analiza presnove saharoze med nabrekanjem čebulice in razvojem čebule (Allium cepa L.) [J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425