BMKCloud Log in
条形banner-03

Izdelki

Rastlinsko/živalsko de novo sekvenciranje genoma

De Novosekvenciranje se nanaša na konstrukcijo celotnega genoma vrste z uporabo tehnologij sekvenciranja, npr. PacBio, Nanopore, NGS itd., v odsotnosti referenčnega genoma.Izjemno izboljšanje dolžine branja tehnologij sekvenciranja tretje generacije je prineslo nove priložnosti pri sestavljanju kompleksnih genomov, kot so tisti z visoko heterozigotnostjo, visokim razmerjem ponavljajočih se regij, poliploidi itd. Z dolžino branja na ravni desetine kilobaz ta branja sekvenciranja omogočajo razreševanje ponavljajočih se elementov, regij z nenormalno vsebnostjo GC in drugih zelo kompleksnih regij.

Platforma: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Platforma Illumina NovaSeq


Podrobnosti storitve

Demo rezultati

Študija primera

Prednosti storitve

1Razvoj-sekvenciranja-in-bioinformatike-v-sestavljanju-de-novo-genoma

Razvoj platform za sekvenciranje in bioinformatike vde novosestavljanje genoma

(Amarasinghe SL et al.,Biologija genoma, 2020)

● Konstruiranje novih genomov in izboljšanje obstoječih referenčnih genomov za zanimive vrste.

● Večja natančnost, kontinuiteta in popolnost pri montaži

● Konstruiranje temeljnega vira za raziskave polimorfizma zaporedja, QTL, urejanja genov, žlahtnjenja itd.

● Opremljen s celotnim spektrom platform za sekvenciranje tretje generacije: rešitev za sestavljanje genoma na enem mestu

● Prilagodljivo zaporedje in strategije sestavljanja, ki izpolnjujejo različne genome z različnimi lastnostmi

● Visoko usposobljena ekipa bioinformatikov z veliko izkušnjami na področju kompleksnih sestavov genomov, vključno s poliploidi, velikanskimi genomi itd.

● Več kot 100 uspešnih primerov s skupnim objavljenim faktorjem vpliva nad 900

● Obratovalni čas kar 3 mesece za sestavljanje genoma na ravni kromosoma.

● Trdna tehnična podpora z vrsto patentov in avtorskih pravic za programsko opremo na eksperimentalni strani in bioinformatiki.

Specifikacije storitve

 

Vsebina

 

 

Platforma

 

 

Preberi dolžino

 

 

Pokritost

 

Raziskava genoma

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

≥ 50X

 

 

Sekvenciranje genoma

 

PacBio Revio

 

15 kb HiFi branja

 

≥ 30X

 

Hi-C

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

100X

 

 

 

Potek dela

de novo

Zahteve za vzorce in dostava

Vzorčne zahteve:

Vrsta

Tkivo

Za PacBio

Za Nanopore

Živali

Visceralni organi (jetra, vranica itd.)

≥ 1,0 g

≥ 3,5 g

Mišice

≥ 1,5 g

≥ 5,0 g

Kri sesalcev

≥ 1,5 ml

≥ 5,0 ml

Kri rib ali ptic

≥ 0,2 ml

≥ 0,5 ml

Rastline

Sveži listi

≥ 1,5 g

≥ 5,0 g

Cvetni list ali steblo

≥ 3,5 g

≥ 10,0 g

Korenine ali semena

≥ 7,0 g

≥ 20,0 g

Celice

Kultura celic

≥ 3×107

≥ 1×108

Priporočena dostava vzorcev

Vsebnik: 2 ml centrifugalna epruveta (kositrna folija ni priporočljiva)
Za večino vzorcev ne priporočamo konzerviranja v etanolu.
Označevanje vzorcev: Vzorci morajo biti jasno označeni in enaki predloženemu obrazcu z informacijami o vzorcu.
Pošiljka: suhi led: vzorce je treba najprej zapakirati v vreče in jih zakopati v suhi led.

Potek storitvenega dela

Vzorec QC

Oblikovanje eksperimenta

dostava vzorca

Dostava vzorcev

Pilotni poskus

Ekstrakcija DNK

Priprava knjižnice

Gradnja knjižnice

Zaporedje

Zaporedje

Analiza podatkov

Analiza podatkov

Poprodajne storitve

Poprodajne storitve


  • Prejšnja:
  • Naslednji:

  • *Tukaj prikazani predstavitveni rezultati so vsi iz genomov, objavljenih s tehnologijo Biomarker Technologies

    1. Circos o sestavi genoma na ravni kromosomaG. rotundifoliums platformo za sekvenciranje Nanopore

    3Circos-na-genomske-značilnosti-genoma-bombaža

    Wang M et al.,Molekularna biologija in evolucija, 2021 

    2. Statistika sestavljanja genoma rži Weining in označevanje

    4Statistika-sestavljanja-in-označevanja-genoma

    Li G et al.,Naravna genetika, 2021

    3.Genska napovedSechium edulegenoma, ki izhaja iz treh metod napovedovanja:De novonapoved, napoved na podlagi homologije in napoved na podlagi podatkov RNA-Seq

    5Genska napoved

    Fu A et al.,Hortikulturne raziskave, 2021

    4. Identifikacija nedotaknjenih dolgih končnih ponovitev v treh genomih bombaža

    6Identifikacija-ponavljajočih-elementov-genoma

    Wang M et al.,Molekularna biologija in evolucija, 2021

    5.Hi-C toplotni zemljevidC. acuminatagenom, ki prikazuje interakcije med vsemi v celotnem genomu.Intenzivnost Hi-C interakcij je sorazmerna z linearno razdaljo med kontigi.Čista ravna črta na tem toplotnem zemljevidu kaže na zelo natančno sidranje kontigov na kromosomih.(Contig razmerje sidranja: 96,03 %)

    7Hi-C-toplotna karta-na-sestavljenem-zaporednem-sidranju

    kang M et al.,Nature Communications,2021

     

    Zadeva BMK

    Visokokakovosten sestav genoma poudarja genomske značilnosti rži in agronomsko pomembne gene

    Objavljeno: Naravna genetika, 2021

    Strategija zaporedja:

    Sestavljanje genoma: način PacBio CLR s knjižnico 20 kb (497 Gb, pribl. 63×)
    Popravek zaporedja: NGS s knjižnico DNK 270 bp (430 Gb, pribl. 54×) na platformi Illumina
    Sidranje kontigov: knjižnica Hi-C (560 Gb, pribl. 71×) na platformi Illumina
    Optični zemljevid: (779,55 Gb, pribl. 99×) na Bionano Irys

    Ključni rezultati

    1. Objavljen je bil sklop genoma rži Weining s skupno velikostjo genoma 7,74 Gb (98,74 % ocenjene velikosti genoma s pretočno citometrijo).Scaffold N50 tega sklopa je dosegel 1,04 Gb.93,67 % kontigov je bilo uspešno zasidranih na 7 psevdokromosomov.Ta sklop je bil ocenjen z zemljevidom povezav, LAI in BUSCO, kar je prineslo visoke ocene pri vseh ocenah.

    2. Na podlagi tega genoma so bile izvedene nadaljnje študije o primerjalni genomiki, zemljevidu genetske povezave, študijah transkriptomike.Odkrili so vrsto genomskih značilnosti, povezanih z lastnostmi, vključno s podvajanjem genov v celotnem genomu in njihovim vplivom na gene za biosintezo škroba;fizična organizacija kompleksnih prolaminskih lokusov, značilnosti izražanja genov, ki so podlaga za zgodnjo lastnost glave in domnevno z udomačitvijo povezane kromosomske regije in lokusi v rži.

    PB-full-length-RNA-Sekvenciranje-študija-primera

    Circosov diagram o genomskih značilnostih genoma rži Weining

    PB-polna-dolžina-RNA-alternativno spajanje

    Evolucijske analize in analize kromosomske sintenije genoma rži

    Referenca

    Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Visokokakovosten sestav genoma poudarja genomske značilnosti rži in agronomsko pomembne gene.Nat Genet 53,574–584 (2021).

    https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z

    pridobite ponudbo

    Tukaj napišite svoje sporočilo in nam ga pošljite

    Pošljite nam svoje sporočilo: