Sekvenciranje celotnega genoma rastlin/živali
Značilnosti storitve
De novo
Ta tehnika je še posebej uporabna pri zahtevnih genomih, kot so tisti z visoko stopnjo heterozigotnosti, ponavljajočimi se regijami, polipoloidnimi genomi, nenormalnimi vsebnostmi CG itd.
Naša celovita rešitev ponuja integrirane storitve sekvenciranja in bioinformatične analize, ki zagotavljajo visokokakovosten de novo sestavljen genom. Začetna raziskava genoma z Illumino zagotavlja ocene velikosti in kompleksnosti genoma, te informacije pa se uporabljajo za vodenje naslednjega koraka sekvenciranja dolgih bral s PacBio HiFi, ki mu sledina novosestavljanje kontigov. Nadaljnja uporaba sestavljanja HiC omogoča sidranje kontigov v genom, s čimer se dobi sestava na ravni kromosomov. Nazadnje se genom označi z napovedovanjem genov in sekvenciranjem izraženih genov, pri čemer se uporabijo transkriptomi s kratkimi in dolgimi odčitki.
-- Integracija več storitev sekvenciranja in bioinformatike v enotno rešitevStoritev, primerna za gradnjo romana
-- genomi ali izboljšanje obstoječih referenčnih genomov za vrste, ki nas zanimajo.
Ponovno zaporedje
-- Priprava knjižnice je lahko standardna ali brez PCR
-- Na voljo na 4 platformah za sekvenciranje: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 ali PacBio Revio.
-- Bioinformatična analiza, osredotočena na klicanje variant: SNP, InDel, SV in CNV
Prednosti storitve
●Obsežno strokovno znanje in objaveZana novoZ našimi storitvami smo si nabrali bogate izkušnje pri visokokakovostnem sestavljanju genomov različnih vrst, vključno z diploidnimi genomi in zelo kompleksnimi genomi poliploidnih in alopoliploidnih vrst. Od leta 2018 smo prispevali k več kot 300 publikacijam z visokim vplivom, od tega jih je več kot 20 objavljenih v reviji Nature Genetics. Pri ponovnem sekvenciranju genoma smo zbrali več kot 1000 vrst, kar je povzročilo več kot 1000 objavljenih primerov s kumulativnim faktorjem vpliva več kot 5000.
●Rešitev na enem mestu: Vklopljenona novosekvenciranje, naš integrirani pristop združuje več tehnologij sekvenciranja in bioinformatskih analiz v celovit potek dela, kar zagotavlja visokokakovostno sestavljen genom.
●Prilagojeno vašim potrebamNaš potek dela je prilagodljiv, kar omogoča prilagoditev genomom z različnimi značilnostmi in specifičnimi raziskovalnimi potrebami.
●Visoko usposobljena ekipa bioinformatikov in laboratorijevNe glede na to, ali gre zana novosekvenciranje ali ponovno sekvenciranje, naša ekipa ima nabor usposobljenih orodij in znanja, ki zagotavljajo uspeh projekta. To lahko potrdimo z vrsto patentov in avtorskih pravic za programsko opremo, ki so jih razvili.
● Poprodajna podpora:Naša zaveza sega tudi po zaključku projekta, saj nudimo 3-mesečno poprodajno servisno obdobje. V tem času nudimo spremljanje projekta, pomoč pri odpravljanju težav in seje vprašanj in odgovorov, na katerih lahko odgovorimo na vsa vprašanja v zvezi z rezultati.
●Celovita bioinformatična analizaVključno s klicanjem variacij in anotacijo funkcij.
●Celovita opomba za sekvenciranjeZa funkcionalno označevanje genov z identificiranimi variacijami in izvedbo ustrezne analize obogatitve uporabljamo več podatkovnih baz, kar nam zagotavlja vpogled v vaše raziskovalne projekte.
Specifikacije storitve
| Različice, ki jih je treba identificirati | Strategija sekvenciranja | Priporočena globina |
| SNP in InDel | Illumina NovaSeq PE150 ali MGI T7 | 10-krat |
| SV in CNV (manj natančno) | 30-krat | |
| SV in CNV (natančneje) | Nanopore Prom P48 | 20-krat |
| SNP-ji, Indeli, SV in CNV | PacBio Revio | 10-krat |
Zahteve za vzorec
| Tkivo ali ekstrahirane nukleinske kisline | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Živalski drobovi | 0,5–1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Živalske mišice | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sesalska kri | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Perutninska/ribja kri | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Rastlina - svež list | 1–2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Gojene celice |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Mehko tkivo žuželke/posameznik | 0,5–1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Izvlečena DNK
| Koncentracija: ≥ 1 ng/µL Količina: ≥ 30 ng Omejena ali brez razgradnje ali kontaminacije
| Koncentracija Znesek
OD260/280
OD260/230
Omejena ali brez razgradnje ali kontaminacije
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/pretočna celica/vzorec
1,7–2,2
≥1,5 | Koncentracija Znesek
OD260/280
OD260/230
Omejena ali brez razgradnje ali kontaminacije | ≥ 50 ng/µL 10 µg/pretočna celica/vzorec
1,7–2,2
1,8–2,5 |
| Priprava knjižnice brez PCR: Koncentracija ≥ 40 ng/µL Količina ≥ 500 ng | |||||
Potek dela storitve
Dostava vzorca
Ekstrakcija DNK
Gradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podatkov
Dostava podatkov
De novobioinformatični cevovod
Če si želite ogledati pregled naših različnih cevovodov za montažo:
Popolna bioinformatična analiza, razdeljena na 4 korake:
1. Raziskava genoma, ki temelji na analizi k-mer z odčitki NGS.Dalo nam bo informacije o:
- Ocena velikosti genoma
- Ocena heterozigotnosti
- Ocena ponavljajočih se območij
2. Sestavljanje genoma s PacBio HiFi.Uporaba dolgih branj nam bo dala:
- De novomontaža
- Ocena sestavljanja: vključno z analizo BUSCO za popolnost genoma in preslikavo odčitkov NGS in PacBio HiFi
3. Hi-C montaža.Ko bomo imeli sestavo, bodo informacije o 3D-strukturi genoma poglobile znanje in obogatile referenčni genom, ki ga gradimo.
- Kontrola kakovosti knjižnice Hi-C za oceno veljavnih interakcij Hi-C.
- Hi-C sestavljanje. Izvedli bomo združevanje kontigov v skupine, nato pa bomo kontige uredili znotraj vsake skupine in jim dodelili orientacijo.
- Vrednotenje Hi-C
4. Opomba genoma:
- Napoved nekodirajoče RNA
- Identifikacija ponavljajočih se zaporedij (transpozoni in tandemske ponovitve)
- Napovedovanje genov
- De novo: ab initio algoritmi
- Na podlagi homologije
- Na podlagi transkriptoma, z dolgimi in kratkimi odčitki: odčitki sona novosestavljen ali preslikan v osnutek genoma
- Označevanje predvidenih genov z več bazami podatkov
Ponovno zaporedjebioinformatični cevovod
Vključuje naslednjo analizo:
- Nadzor kakovosti surovih podatkov
- Statistika poravnave z referenčnim genomom
- Identifikacija variant: SNP, InDel, SV in CNV
- Funkcionalna opomba variant
Statistika poravnave z referenčnim genomom – porazdelitev globine sekvenciranja
SNP klicanje med več vzorci
Identifikacija InDel – statistika dolžine InDel v regiji CDS in regiji celotnega genoma
Porazdelitev variant po genomu – Circosov diagram
Funkcionalna anotacija genov z identificiranimi variantami – Genska ontologija
Chai, Q. et al. (2023) »Glutation S-transferaza GhTT19 določa pigmentacijo cvetnih listov z uravnavanjem kopičenja antocianinov v bombažu«,Revija za rastlinsko biotehnologijo, 21(2), str. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) »Genom divje vrste Hevea brasiliensis na ravni kromosomov zagotavlja nova orodja za genomsko podprto vzrejo in dragocene lokuse za povečanje pridelka kavčuka«,Revija za rastlinsko biotehnologijo, 21(5), str. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) »Genomska zaporedja razkrivajo globalne poti razpršitve in nakazujejo konvergentne genetske prilagoditve v evoluciji morskih konjičkov«,Naravne komunikacije, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) »Obsežne kromosomske spremembe vodijo do sprememb v izražanju na ravni genoma, prilagoditve okolju in speciacije pri gajalski ovčarki (Bos frontalis)«,Molekularna biologija in evolucija, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) „Sestavljanje genoma in genetska disekcija pomembne na sušo odporne koruzne zarodne plazme“,Naravoslovna genetika 202355:3, 55(3), str. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) »Razkrivanje evolucije biosinteze tropanskih alkaloidov z analizo dveh genomov v družini Solanaceae«,Naravne komunikacije2023 14:1, 14(1), str. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) »Analiza sprememb genoma in metilacije pri kitajskih avtohtonih piščancih skozi čas ponuja vpogled v ohranjanje vrste«,Komunikacijska biologija, 5(1), str. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Zahtevne študije primerov:
Sestavljanje telomer v telomer:Fu, A. et al. (2023) „Sestavljanje telomernega genoma grenke melone (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) razkriva razvoj, sestavo in genetske značilnosti zorenja plodov“,Raziskave v vrtnarstvu, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Sestavljanje haplotipa:Hu, W. et al. (2021) »Alelno definiran genom razkriva bialelično diferenciacijo med evolucijo kasave«,Molekularna rastlina, 14(6), str. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Velikanski sklop genoma:Yuan, J. et al. (2022) »Genomska osnova gigakromosomov in gigagenoma drevesne potonike Paeonia ostii«,Naravne komunikacije2022 13:1, 13(1), str. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Sestavljanje poliploidnega genoma:Zhang, Q. et al. (2022) »Genomski vpogledi v nedavno zmanjšanje števila kromosomov pri avtopoliploidnem sladkornem trsu Saccharum spontaneum«,Naravna genetika 202254:6, 54(6), str. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
