Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Specifikacije storitve
Platforma: platforma NovaSeq, PE150
Vrsta knjižnice: 200–400 bp vstavljena knjižnica DNK, obdelana z bisulfitom
Strategija zaporedja: Paired-End 150 bp
Priporočen izhod podatkov: 10 Gb neobdelanih podatkov/vzorec
Vzorčne zahteve
Količina DNK: ≥ 2ug
Koncentracija DNA: ≥ 20 ng/μl.
Čistost: OD260/280 = 1,8 do 2,0 brez razgradnje ali kontaminacije z RNA
Bioinformatska analiza
Potek storitvenega dela
Dostava vzorcev
Gradnja knjižnice
Zaporedje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
a.Referenčna statistika poravnave genoma
Statistika branj kartiranja
Sstatistika globine sekvenciranja in pokritosti mesta C
Aakumulirano pokritost
Dučinkovitost prebave vsakega vzorca
b.Detekcija mesta metilacije
Seznam ravni metilacije na mestu C
BS pretvorba
Metilirani citozin
Porazdelitev stopnje metilacije
c.Zemljevid metilacije
Gceloten enome
Genome element
d.Primerjava stopenj metilacije med vzorci
PAirwise Korelacija metilacije CG
PCA-CG metilacija
Csijaj metilacije CG
d.Diferencialna metilacijska analiza
Sstatistika DMR
Dolžinska porazdelitev DMR
Hjesti zemljevid
DPorazdelitev MR v ciljni regiji
