Sekvenciranje ojačanih fragmentov s specifičnim lokusom (SLAF-Seq)
Potek dela
Storitev ima nekaj predhodne zasnove in silico, da se zagotovi optimalna izbira encimov pri pripravi knjižnice.
Tehnična shema
Značilnosti storitve
● Sekvenciranje na NovaSeq s PE150.
● Priprava knjižnice z dvojnim črtnim kodiranjem, ki omogoča združevanje več kot 1000 vzorcev.
● Neodvisno od referenčnega genoma:
Z referenčnim genomom: odkritje SNP in InDel
Brez referenčnega genoma: združevanje vzorcev in odkrivanje SNP
● Vin-silicoV fazi pred načrtovanjem se pregledajo več kombinacij restrikcijskih encimov, da se najdejo tiste, ki ustvarijo enakomerno porazdelitev oznak SLAF vzdolž genoma.
● Med predhodnim poskusom se v treh vzorcih testirajo tri kombinacije encimov za ustvarjanje 9 knjižnic SLAF, te informacije pa se uporabijo za izbiro optimalne kombinacije restrikcijskih encimov za projekt.
Prednosti storitve
●Odkrivanje visokih genetskih markerjevIntegrirali smo visokozmogljiv sistem dvojnih črtnih kod, ki omogoča sočasno sekvenciranje velikih populacij in povečuje učinkovitost amplifikacije, specifične za lokus, s čimer zagotavljamo, da številke oznak ustrezajo raznolikim zahtevam različnih raziskovalnih vprašanj.
● Nizka odvisnost od genomaUporablja se lahko za vrste z referenčnim genomom ali brez njega.
●Prilagodljiva zasnova shemeZa različne raziskovalne cilje ali vrste je mogoče izbrati enoencimsko, dvoencimsko, večencimsko razgradnjo in različne vrste encimov.
● Visoka učinkovitost pri encimski prebaviPrevajanjein-silicoPredhodna zasnova in predhodni eksperiment zagotavljata optimalno zasnovo z enakomerno porazdelitvijo oznak SLAF na kromosomu (1 oznaka SLAF/4Kb) in zmanjšanim ponavljajočim se zaporedjem (<5%).
●Obsežno strokovno znanjeV vsak projekt vnašamo bogate izkušnje, saj imamo za seboj več kot 5000 projektov SLAF-Seq na stotinah vrst, vključno z rastlinami, sesalci, pticami, žuželkami in vodnimi organizmi.
● Samostojno razvit bioinformatični delovni procesRazvili smo integriran bioinformatični potek dela za SLAF-Seq, da bi zagotovili zanesljivost in natančnost končnega rezultata.
Specifikacije storitve
| Vrsta analize | Priporočena populacijska lestvica | Strategija sekvenciranja | |
| Globina zaporedja oznak | Številka oznake | ||
| Genetski zemljevidi | 2 starša in >150 potomcev | Starši: 20x WGS Potomci: 10x | Velikost genoma: <400 Mb: Priporočljiv je WGS <1 GB: 100 tisoč oznak 1–2 GB: 200 tisoč oznak >2 GB: 300 tisoč oznak Največ 500 tisoč oznak |
| Študije asociacij na ravni celotnega genoma (GWAS) | ≥200 vzorcev | 10-krat | |
| Genetska evolucija | ≥30 vzorcev, z >10 vzorci iz vsake podskupine | 10-krat | |
Zahteve glede storitev
Koncentracija ≥ 5 ng/µL
Skupna količina ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarozni gel: brez ali omejeno razgradnjo ali kontaminacijo
Priporočena dostava vzorca
Posoda: 2 ml centrifugalna epruveta
(Za večino vzorcev priporočamo, da jih ne shranjujete v etanolu.)
Označevanje vzorcev: Vzorci morajo biti jasno označeni in enaki predloženemu obrazcu z informacijami o vzorcu.
Pošiljka: Suhi led: Vzorce je treba najprej zapakirati v vreče in jih zakopati v suhi led.
Potek dela storitve
Vzorec QC
Pilotni poskus
SLAF-poskus
Priprava knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podatkov
Poprodajne storitve
Naša bioinformatična analiza obsega:
Kontrola kakovosti podatkov in obrezovanje podatkov za odstranitev odčitkov, bogatih z N, odčitkov adapterjev ali odčitkov nizke kakovosti.
Druga kontrola kakovosti čistih odčitkov za preverjanje porazdelitve baz, kakovosti zaporedja in ocene podatkov, pa tudi za preverjanje učinkovitosti prebave in pridobljenih vložkov.
Ko so odčitki preverjeni, obstajata dve možnosti:
- Preslikava na referenčni genom
- Brez referenčnega genoma: združevanje v grozde
Po tem se analiza oznak SLAF uporabi za klicanje variant, ki pomagajo pri odkrivanju markerjev: klicanje SNP, InDel, SNV, CV in anotacija.
Porazdelitev SLAF oznak na kromosomih:
Porazdelitev SNP-jev na kromosomih:
Opomba SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X in Shi C (2023) Kartiranje QTL in transkriptomska analiza vsebnosti sladkorja med zorenjem plodovPyrus pyrifolia.Spredaj. Rastlinska znanost.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. in Sun, L. (2022). Identifikacija st1 razkriva selekcijo, ki vključuje spreminjanje morfologije semen in vsebnosti olja med udomačitvijo soje.Revija za rastlinsko biotehnologijo, 20(6), 1110–1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Zaporedje genoma in genetska raznolikost navadnega krapa,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Genom gojenih arašidov ponuja vpogled v kariotip stročnic, poliploidno evolucijo in udomačitev poljščin.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Leto | Dnevnik | IF | Naslov | Aplikacije |
| 2022 | Komunikacije v naravi | 17.694 | Genomska osnova gigakromosomov in gigagenoma drevesne potonike Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novi fitolog | 7.433 | Sledi udomačitve zasidrajo genomske regije agronomskega pomena v soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Revija za napredne raziskave | 12.822 | Umetne introgresije Gossypium barbadense v G. hirsutum na ravni celotnega genoma razkrivajo superiorne lokuse za hkratno izboljšanje kakovosti bombažnih vlaken in pridelka lastnosti | SLAF - Evolucijska genetika |
| 2019 | Molekularna rastlina | 10,81 | Analiza populacijskega genoma in De Novo sestavljanje razkrivata izvor plevela Riž kot evolucijska igra | SLAF - Evolucijska genetika |
| 2019 | Naravna genetika | 31.616 | Zaporedje genoma in genetska raznolikost navadnega krapa, Cyprinus carpio | Zemljevid povezav SLAF |
| 2014 | Naravna genetika | 25.455 | Genom gojenih arašidov ponuja vpogled v kariotip stročnic, poliploidne evolucija in udomačitev poljščin. | Zemljevid povezav SLAF |
| 2022 | Revija za rastlinsko biotehnologijo | 9.803 | Identifikacija ST1 razkriva selekcijo, ki vključuje prehajanje morfologije semen in vsebnost olja med gojenjem soje | Razvoj SLAF-Markerja |
| 2022 | Mednarodni časopis za molekularne znanosti | 6.208 | Identifikacija in razvoj DNK markerjev za pšenico - Leymus mollis 2Ns (2D) Disomska kromosomska substitucija | Razvoj SLAF-Markerja |
| Leto | Dnevnik | IF | Naslov | Aplikacije |
| 2023 | Meje v rastlinski znanosti | 6.735 | QTL kartiranje in transkriptomska analiza vsebnosti sladkorja med zorenjem plodov vrste Pyrus pyrifolia | Genetski zemljevid |
| 2022 | Revija za rastlinsko biotehnologijo | 8.154 | Identifikacija ST1 razkriva selekcijo, ki vključuje spreminjanje morfologije semen in vsebnosti olja med udomačitvijo soje
| Klic SNP |
| 2022 | Meje v rastlinski znanosti | 6.623 | Kartiranje asociacij na ravni celotnega genoma fenotipov Hulless Barely v sušnem okolju.
| GWAS |
