10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Fuafuaga Fa'atekinolosi
Fa'aaliga
● Fa'ai'uga: 100 µM
● Lapo'a o le Itū: 55 µM
● Numera o nofoaga: 4992
● Nofoaga e pu'e ai: 6.5 x 6.5 mm
● O vaega taʻitasi ua faʻailogaina i le barcode ua faʻatumuina i primers e aofia ai vaega e 4:
- si'usi'u poly(dT) mo le fa'aosoina o le mRNA ma le fa'aputuga o le cDNA
- Fa'ailoga Molecular Tu'ufua (UMI) e fa'asa'o ai le fa'aitu'au fa'ateleina
- Barcode fa'ale-nofoaga
- Fa'asologa fa'apipi'i o le faitauga fa'asolosolo 1 o le fa'asologa muamua
● Valiina o vaega i le H&E
Fa'amanuiaga
●Auaunaga e Tasi le Taofi: e tu'ufa'atasia ai la'asaga uma e fa'avae i luga o le poto masani ma tomai, e aofia ai le cryo-sectioning, valivali, fa'aleleia atili o a'ano, fa'ailoga fa'apitoa o le va'aiga, sauniuniga o faletusi, fa'asologa o mea ma bioinformatics.
● 'Au Fa'atekinolosi e Maualuga le Tomai: faatasi ai ma le poto masani i le silia ma le 250 ituaiga aano ma le silia ma le 100 ituaiga e aofia ai tagata soifua, isumu, manu fe'ai, i'a ma la'au.
●Fa'afouga Taimi Moni i le Galuega Atoa: faatasi ai ma le pulea atoatoa o le alualu i luma o faataitaiga.
●Fa'amaumauga Fa'atekonolosi Fa'atulagaina Atoatoa:O le afifi e aofia ai auiliiliga e 29 ma fuainumera e silia ma le 100 e maualuga le tulaga.
●Su'esu'ega Fa'amaumauga Fa'apitoa ma le Va'aiga Fa'apitoa: avanoa mo talosaga eseese mo suʻesuʻega.
●Su'esu'ega Fa'atasi Fa'atasi ma le Fa'asologa o le mRNA e Tasi le Sela
Fa'amatalaga auiliili
| Manaoga Fa'ata'ita'i | Faletusi | Fuafuaga fa'asologa | Fa'amaumauga fautuaina | Puleaina o le Tulaga Lelei |
| Fa'ata'ita'iga o le cryo ua fa'apipi'iina i le OCT (Lapo'a sili ona lelei: pe tusa ma le 6x6x6 mm³) 2 poloka i le faʻataʻitaʻiga taʻitasi | Faletusi cDNA 10X Visium | Illumina PE150 | 50K faitauga PE i le nofoaga ta'itasi (60Gb) | RIN > 7 |
Mo nisi fa'amatalaga auiliili e uiga i le ta'iala mo le sauniaina o fa'ata'ita'iga ma le fa'agasologa o auaunaga, fa'amolemole talanoa i seTagata tomai faapitoa i le BMKGENE
Fa'asologa o Galuega Tautua
I le vaega o le sauniuniga o le faʻataʻitaʻiga, e faia ai se faʻataʻitaʻiga muamua o le aveeseina o le RNA tele e faʻamautinoa ai e mafai ona maua se RNA maualuga le tulaga lelei. I le vaega o le faʻaleleia atili o aano, e valivali ma vaʻaia vaega ma faʻaleleia atili tulaga o le permeabilization mo le faʻasaʻolotoina o le mRNA mai aano. Ona faʻaaogaina lea o le protocol faʻaleleia atili i le taimi o le fausiaina o le faletusi, sosoo ai ma le faʻasologa ma le auʻiliʻiliga o faʻamaumauga.
O le faagasologa atoa o auaunaga e aofia ai faʻafouga i le taimi moni ma faʻamaoniga a le kalani ina ia faʻatumauina pea se faʻasologa o manatu faaalia, ma faʻamautinoa ai le sologa lelei o le faʻatinoina o le galuega.
E aofia ai le auiliiliga lenei:
Puleaina o le Tulaga Lelei o Faʻamaumauga:
o Fa'amaumauga tu'uina atu ma le tufatufaina atu o togi lelei
o Iloaina o kenera i vaega ta'itasi
o Ufiufi o aano o le tino
Su'esu'ega o fa'ata'ita'iga i totonu:
o le tamaoaiga o kenera
o Fa'aputuga o vaega, e aofia ai le auiliiliga o le lapo'a ua fa'aitiitia
o Su'esu'ega o le eseesega o fa'aaliga i le va o vaega: fa'ailoaina o kenera fa'ailoga
o Fa'amatalaga fa'atino ma le fa'amauoa o kenera fa'ailoga
Su'esu'ega i le va o vaega
o Toe tu'ufa'atasia o ila mai fa'ata'ita'iga uma e lua (e pei o le mama'i ma le pulea) ma le toe fa'aputuina
o Fa'ailoaina o kenera fa'ailoga mo vaega ta'itasi
o Fa'amatalaga fa'atino ma le fa'amauoa o kenera fa'ailoga
o Fa'aaliga Eseese o le fa'aputuga tutusa i le va o vaega
Su'esu'ega o fa'ata'ita'iga i totonu
Fa'aputuga o nofoaga
Fa'ailoaina o kenera fa'ailoga ma le tufatufaina atu i le va o nofoaga
Su'esu'ega i le va o vaega
Tuufaatasiga o faʻamatalaga mai vaega uma e lua ma le toe faʻaputuga
Genes fa'ailoga o vaega fou
Su'esu'e ia alualu i luma na fa'afaigofieina e le auaunaga a le BMKGene i le fa'avasegaina o mea tau le mafaufau e ala i le 10X Visium I nei lomiga fa'apitoa:
Chen, D. et al. (2023) 'o le mthl1, o se Drosophila homologue e ono mafai ona faia i mammalian adhesion GPCRs, e aʻafia i tali atu i le tumo i sela oncogenic ua tuiina i lago',Fa'amaumauga a le A'oga Fa'aleatunuu o Saienisi a le Iunaite Setete o Amerika, 120(30), itulau e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'E mafai ai e le STEEL ona fa'amatalaina ma le manino lelei fa'amatalaga o le transcriptomic spatiotemporal',Fa'amatalaga pu'upu'u i le Bioinformatics, 24(2), itulau 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. ma isi. (2022) 'O se fa'afanua o le spatiotemporal o le organogenesis i le atina'eina o fugāla'au orchid',Su'esu'ega o Aseta Nukleika, 50(17), itulau 9724–9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'O le tu'ufa'atasia o le Spatial Transcriptomics ma le Single-nucleus RNA Sequencing e fa'aalia ai Fuafuaga Fa'afoma'i e ono mafai ona fa'aaogaina mo le Uterine Leiomyoma',Tusi Fa'avaomalo o Saienisi Fa'aola, 19(8), itulau 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
