条形 fuʻa-03

Oloa

Fa'atusatusaga o le Genomics

O le fa'atusatusaga o genomics e aofia ai le su'esu'eina ma le fa'atusatusaga o fa'asologa atoa ma fausaga o le genome i le va o ituaiga eseese. O lenei matata e taumafai e fa'aalia le evolusione o ituaiga, fa'ailoa galuega tauave o genes, ma fa'amalamalamaina auala fa'atonutonu o genes e ala i le fa'ailoaina o fausaga ma elemene o fa'asologa fa'asaoina pe eseese i meaola eseese. O se su'esu'ega atoatoa o genomics fa'atusatusaga e aofia ai au'ili'iliga e pei o aiga o genes, atina'e o le evolusione, mea tutupu fa'aluaina o le genome atoa, ma le a'afiaga o mamafa filifilia.


Fa'amatalaga o Auaunaga

Fa'ai'uga o le Fa'ata'ita'iga

Su'esu'ega o Mataupu

Fa'amanuiaga o Auaunaga

1 Fa'atusatusaga o le genomics

Fa'amaumauga Fa'apitoa ma Fa'asalalauga LauteleFaatasi ai ma le faaputuputuina, ua maeʻa e le BMKGene le silia ma le 90 galuega faatino faatusatusa genomics, faatasi ai ma le aofaʻi o aafiaga na oʻo atu i le 900.

Su'esu'ega atoatoa o le bioinformaticsO le afifi o au'ili'iliga o lo'o i ai au'ili'iliga e valu e sili ona mana'omia, e maua ai fuainumera ua mamanuina lelei ma ua sauni e lolomiina ma fa'atagaina ai se fa'amatalaga faigofie o i'uga

'Au fa'akomepiuta tomai fa'apitoa ma se ta'amilosaga pu'upu'u o su'esu'ega: faatasi ai ma le poto masani tele i le faatusatusaga o auiliiliga o genomics, o le au a le BMKGene e faataunuʻuina manaoga eseese o auiliiliga patino i se taimi puupuu e faatino ai.

Lagolago pe a uma ona fa'atau:O la matou tautinoga e sili atu nai lo le maeʻa o le galuega faatino faatasi ai ma se vaitaimi tautua e 3 masina pe a uma le faatauina atu. I le taimi lea, matou te ofoina atu le tuliloaina o le galuega faatino, fesoasoani i le foia o faafitauli, ma sauniga Fesili ma Tali e tali ai soo se fesili e fesoʻotaʻi ma taunuuga.

Fa'amatalaga o Auaunaga

Taimi fa'atatau e toe fa'afo'i ai

Numera o ituaiga

Su'esu'ega

30 aso faigaluega

6 - 12

Fa'aputuga o aiga kene

Fa'alauteleina ma le fa'apu'upu'uina o le aiga o kene

Fausiaina o le la'au phylogenetic

Fuafuaina o le taimi o le eseesega (Manaʻomia le faʻatulagaina o mea faʻasolo)

Taimi e fa'aofi ai le LTR (Mo la'au)

Fa'aluaina atoa o le genome (Mo la'au)

Mamafa filifilia

Su'esu'ega o le Synteny

Su'esu'ega o le Bioinformatics

● Aiga o kenera

● Filogenetika

● Taimi e eseese ai

● Mamafa filifilia

● Su'esu'ega o le Synthesis

流程图Comparative Genomics

Mana'oga Fa'ata'ita'i ma le Tu'uina Atu

Manaoga Faataitaiga:

Aano po'o le DNA mo le fa'asologa ma le fa'apotopotoina o le genome

Mo Aano o Manu

ituaiga

Aano o le tino

Su'esu'ega

PacBio CCS

Manu

Atigi toto

0.5 ~ 1 kalama

≥ 3.5 kalama

Masele o le tino

≥ 5.0 kalama

≥ 5.0 mL

Toto o manu fe'ai

≥ 0.5 mL

Toto o Manu/I'a

La'au

Lau Fou

1 ~ 2 kalama

≥ 5.0 kalama

 

Petal/Au

1 ~ 2 kalama

≥ 10.0 kalama

 

A'a/Fatu

1 ~ 2 kalama

≥ 20.0 kalama

Sela

Sela fa'ato'aga

-

≥ 1 x 108

Fa'amaumauga

Faila o le faasologa o le genome (.fasta) ma faila o faʻamatalaga (.gff3) o ituaiga e fesoʻotaʻi vavalalata

Tafega o Galuega Auaunaga

Fa'ata'ita'iga o le QC

Fuafuaga o fa'ata'ita'iga

fa'ao'oina atu o fa'ata'ita'iga

Fa'ata'ita'iga o le tu'uina atu

Sauniuniga o le Faletusi

Fausiaina o le faletusi

Fa'asologa

Fa'asologa

Su'esu'ega o fa'amaumauga

Su'esu'ega o fa'amaumauga

Auaunaga pe a uma le fa'atau atu

Auaunaga pe a uma le fa'atau atu


  • Muamua:
  • Sosoo ai:

  • *O fa'ai'uga fa'ata'ita'i o lo'o fa'aalia iinei e mai genomes uma na lolomiina ma Biomarker Technologies

    1. Fuafuaina o le taimi e fa'aofi ai le LTR: O le ata o lo'o fa'aalia ai se tufatufaina tulaga ese o le bimodal i taimi e fa'aofi ai le LTR-RTs i le genome o le Weining rye, pe a fa'atusatusa i isi ituaiga. O le tumutumuga lata mai na aliali mai i le pe tusa o le 0.5 miliona tausaga talu ai.

    3LTR-fa'atatauga-o-le-taimi-e-fa'aofi-i-le-Weining-rye

    Li Guang ma isi,Genetics o le Natura, 2021

     

     

    2. Su'esu'ega o le phylogeny ma le aiga o kenera i luga o le chayote (Sechium edule): I le su'esu'eina o le chayote ma isi ituaiga e 13 e feso'ota'i i le aiga o kenera, na maua ai o le Chayote e sili ona vavalalata ma le gata (Trichosanthes anguina). O le Chayote e maua mai le gata i le pe tusa o le 27-45 Mya ma le whole genome duplication (WGD) na matauina i le chayote i le 25±4 Mya, o le lona tolu lea o mea na tutupu i le WGD i le cucuibitaceae.

    4La'au-filogenetika-o-le-chayote

    Fu A ma isi,Su'esu'ega o Fa'ato'aga, 2021

     

     

    3. Su'esu'ega o le fa'asologa o fua: O nisi o kene e feso'ota'i ma phytohormones i le atina'eina o fuala'au na maua i le chayote, le snake gourd ma le squash. O le fesoota'iga i le va o le chayote ma le squash e maualuga teisi atu nai lo le va o le chayote ma le snake gourd.

    4La'au-filogenetika-o-le-chayote

    Fu A ma isi,Su'esu'ega o Fa'ato'aga, 2021

     

     

    4. Su'esu'ega o le aiga o kene: O le fa'aleleia atili o le KEGG i le fa'alauteleina ma le fa'aitiitia o aiga o kene i le genomes o le G.thurberi ma le G.davidsonii ua fa'aalia ai ua fa'alauteleina le biosynthesis o steroid ma genes e feso'ota'i ma le biosynthesis o le brassinosteroid.

    4La'au-filogenetika-o-le-chayote

    Yang Z ma isi,BMC Biology, 2021

     

     

    5. Su'esu'ega o le toe faaluaina o le genome atoa: O le su'esu'ega o le tufatufaina atu o le 4DTV ma le Ks na fa'aalia ai le toe faaluaina o le genome atoa. O le tumutumuga o ituaiga i totonu o le ituaiga na fa'aalia ai le toe faaluaina. O le tumutumuga o ituaiga i le va o ituaiga na fa'aalia ai le toe faaluaina o ituaiga. O le su'esu'ega na fa'aalia ai o le fa'atusatusaga ma isi ituaiga e tolu e feso'ota'i vavalalata, na o'o atu ai le O. europaea i se toe faaluaina tele o kene talu ai nei.

    4La'au-filogenetika-o-le-chayote

    Rao G ma isi,Su'esu'ega o Fa'ato'aga, 2021

    Mataupu BMK

    Rose e aunoa ma le tui: malamalamaga genomic e fesoʻotaʻi ma le fetuʻunaʻiga o le susu

    Lomia: Iloiloga o le Saienisi a le Atunuu, 2021

    Fuafuaga fa'asologa:

    'O Basye'sLeai se La'au' (R.Wichurainan) genome:
    E tusa ma le 93 X PacBio + e tusa ma le 90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Iʻuga autū

    1. O le genome R.wichuraiana e maualuga lona tulaga na fausia e faʻaaoga ai metotia faʻasologa e faitau umi, lea e maua ai le faʻapotopotoga o le 530.07 Mb (O le tele o le genome e tusa ma le 525.9 Mb e ala i le flow cytometry ma le 525.5 e ala i le suʻesuʻega o le genome; O le Heterozygosity e tusa ma le 1.03%). O le togi faʻatatau a le BUSCO e 93.9%. Pe a faʻatusatusa i le "Old blush" (haploOB), o le lelei ma le atoatoa o lenei genome na faʻamaonia e le saʻo o le faʻavae e tasi ma le faʻasinomaga o le faʻapotopotoga LTR (LAI=20.03). O le genome R.wichuraiana o loʻo i ai le 32,674 protein coding genes.

    2. O le au'ili'iliga soofaatasi a le Multi-omics, e aofia ai le fa'atusatusaga o genomics, transcriptomics, au'ili'iliga QTL o le faitau aofa'i o kenera, na fa'aalia ai le taua o le fa'avasegaina i le va o le R. wichuraiana ma le Rosa chinensis. E le gata i lea, o le eseesega o le fa'aalia o kenera e feso'ota'i i le QTL e foliga mai e feso'ota'i ma le mamanu o le la'au.

    7KEGG-fa'amauoa-i-le-fa'alauteleina-ma-le-fa'aitiitia-o-le-aiga-o-gene

    O suʻesuʻega faʻatusatusa o genomics i le va o Basye's Thornless ma Rosa chinensis e aofia ai le suʻesuʻega o le synteny, le faʻaputuga o aiga genes, le suʻesuʻega o le faʻalauteleina ma le faʻapuʻupuʻuina, na faʻaalia ai le tele o eseesega, e fesoʻotaʻi ma uiga taua i rosa. O le faʻalauteleina tulaga ese i le aiga genes o le NAC ma le FAR1/FRS e foliga mai e fesoʻotaʻi ma le teteʻe atu i le black spot.

    81Su'esu'ega-fa'atusatusa-o-genomics-i le va o-BT-ma-OB 82Su'esu'ega-fa'atusatusa-o-genomics-i le va o-BT-ma-OB 83Su'esu'ega-fa'atusatusa-o-genomics-i le va o-BT-ma-OB

    Su'esu'ega fa'atusatusa o genomics i le va o genomes BT ma haploOB.

    Fa'asinomaga

    Zhong, M., ma isi. “Rose e aunoa ma ni tui: malamalamaga fa'asolopito o le genomic e feso'ota'i ma le fetu'una'iga o le susu”Iloiloga o le Saienisi a le Atunuu, 2021;, nwab092.

    maua se tau

    Tusi lau savali iinei ma lafo mai ia i matou

    Auina mai lau savali ia i matou: