Oloa

Fa'asologa o le DNA/RNA – Fa'asologa o le Nanopore

Fa'asologa o le DNA/RNA – Ata Fa'apitoa o le Fa'asologa o le Nanopore

O le fa'asologa o le ONT o se tekinolosi fa'asologa o fa'ailoga eletise i le taimi moni e tasi e fa'avae i luga o nanopores, o le mataupu faavae o le fa'asologa o fa'avae ta'itasi e tutusa. O le DNA/RNA e lua-filifiliga o le a fusifusia i le porotini nanoporous o lo'o fa'apipi'iina i le biofilm ma tatala i lalo o le ta'ita'iga o le porotini afi, i lalo o le gaioiga o le eseesega o le voltage mai itu uma e lua o le biofilm, o manoa DNA/RNA e ui atu i le porotini auala nanopore i se fua fa'atatau patino. Ona o le eseesega o meatotino fa'akemikolo o fa'avae eseese i luga o le manoa DNA/RNA, pe a ui atu se fa'avae e tasi po'o se mole DNA i le auala nanopore, o le a mafua ai le suiga o fa'ailoga eletise eseese. I le iloa ma le fetaui ma nei fa'ailoga, e mafai ona fuafuaina ituaiga fa'avae talafeagai, ma mafai ona fa'amae'aina le iloa moni o le fa'asologa.

Faafesootai matou

Fa'amatalaga o Auaunaga

I'uga o le Fa'ata'ita'iga

Fa'amatalaga o Auaunaga

Fa'avae	Tele o le Faletusi	Aofa'iga o Fa'amaumauga Fa'ateorē (i le Sela)	Sa'o Fa'avae Tasi	Talosaga
Nanopore	8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR	70-90Gb/Sela	85-92%	Vala'auina o le SV, De novo, Fa'asologa atoa, Iso-Seq, Fa'amatalaga o kene, Iloa o le DNA methylation

Fa'amanuiaga o Auaunaga

● E silia ma le 5 tausaga o le poto masani i luga o le fausaga o le PacBio sequencing faatasi ai ma le faitau afe o galuega faatino ua tapunia faatasi ai ma ituaiga eseese.
● O le BMKGENE o se pa'aga aloaia a Oxford Nanopore, fa'atasi ai ma le fa'amaoniga RNA/DNA fa'avae lua.
● O lo'o i ai fa'ata'ita'iga lauiloa o sequencers e atoatoa meafaigaluega ma lava le saoasaoa o le fa'asologa.
● E faʻavae i luga o le fausaga Nanopore, e silia ma le 10 suʻesuʻega a Denovo e uiga i manu ma laʻau ua lolomiina i mekasini lauiloa faavaomalo.

Manaoga Fa'ata'ita'i

Ituaiga Fa'ata'ita'iga

Aofa'i

Fa'aputuga (Qubit ®)

Leo

Mama

Isi

DNA o le kenera

Fa'alagolago i le Mana'oga o Fa'amaumauga

≥20ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;

OD260/230≥1.5；

Manuia le tumutumu i le 260 nm, leai ni mea leaga

E manaʻomia ona fuaina le faʻaputuga e ala i le Qubit ma le Qubit/Nanopore ≤ 2

RNA atoa

≥1.2μg

≥100μg/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;

OD260/230=0.5-2.5; leai ni mea leaga

Tau o le RIN ≥7.5

Fa'asologa o Galuega Tautua

Sauniuniga o faʻataʻitaʻiga

Fausiaina o le faletusi

Fa'asologa

Su'esu'ega o fa'amaumauga

Tu'uina atu o le galuega faatino

Muamua: Faletusi ua uma ona faia e Illumina

Sosoo ai: Fa'asologa o Vaega Fa'ateleina o le Locus Fa'apitoa (SLAF-Seq)

Iloiloga o le Tulaga Lelei o Faʻamaumauga o le Faʻataʻitaʻiga o le DNA

Laulau 1. Fuainumera i faʻamaumauga mama.

BMKID	rawSeqNum	rawSumBase	Numera o le Fa'asologa Mama	mamaSumBase	mamaN50Len	mamaN90Len	mamaMeanLen	mamaMaxLen	mamaMeanQual
DNA_BMK01	1,218,239	26.37	1,121,736	25.90	28,014	15,764	23,090	143,181	9

Iloiloga o le Tulaga Lelei o Faʻamaumauga o le Faʻataʻitaʻiga RNA

Laulau 1. Fuainumera i faʻamaumauga mama.

Igoa o le Faila	ID o le Tagata Fa'aoga	FaitauNumera	Numera Fa'avae	N50	Umi Averesi	Umi Maualuga	Sikoa Fa'atatau
RNA_BMK001	C2	8,947,708	4,047,230,083	398	452	129,227	Q12