Fa'asologa o le mRNA Eukaryotic-NGS
Fa'aaliga
● Sauniuniga fa'aopoopo o le faletusi mRNA fa'atonutonu e mafai ai ona maua fa'amaumauga fa'asologa fa'apitoa o manoa
● O suʻesuʻega eseese a le BI e aofia ai manaʻoga uma a matou tagata faʻatau
Fa'amanuiaga
●Tomai Faapitoa TeleUa matou fa'agasoloina le silia ma le 600,000 fa'ata'ita'iga, e aofia ai ituaiga fa'ata'ita'iga eseese e pei o aganu'u o sela, a'ano, ma vai o le tino. Matou te aumaia le tele o tomai fa'apitoa i galuega ta'itasi.
●Pulea Lelei o le Tulaga LeleiMatou te faʻatinoina vaega autu o le pulea i laʻasaga uma, mai le sauniuniga o faʻataʻitaʻiga i le sauniuniga o le faletusi, faʻasologa o suʻesuʻega ma faʻamatalaga faʻapitoa. O la matou mataʻituina ma le faʻaeteete e faʻamautinoa ai le tuʻuina atu o taunuuga maualuga le tulaga lelei.
●Fa'amatalaga AtoaMatou te faʻaaogaina le tele o faʻamaumauga e faʻailoa ai galuega a Differentially Expressed Genes (DEGs) ma faʻatino ai auʻiliʻiliga faʻamauoa talafeagai. O lenei auala atoatoa e maua ai ni malamalamaaga i faiga faʻaselula ma molecular o loʻo faʻavae i luga o le tali atu o le transcriptome, ma ia mautinoa e te mauaina faʻamatalaga uma e mafai e uiga i faʻamaumauga o lau faʻataʻitaʻiga.
●Lagolago pe a uma le fa'ataugaMatou te malamalama i le tāua o le auai, o le mafuaʻaga lea e sili atu ai la matou tautinoga nai lo le maeʻa o le galuega faatino ma se vaitaimi e 3 masina pe a uma le faʻatau atu. I le taimi lea, matou te ofoina atu le faʻaauauina o le galuega faatino, fesoasoani i le foia o faʻafitauli, ma sauniga Fesili ma Tali e tali ai soʻo se fesili e fesoʻotaʻi ma iʻuga.
Mana'oga Fa'ata'ita'i ma le Tu'uina Atu
| Faletusi | Fuafuaga fa'asologa | Fa'amaumauga fautuaina | Puleaina o le Tulaga Lelei |
| Fa'amauoa le Poly A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Manaoga Faataitaiga:
Nukleotida:
Manaʻoga Faʻataʻitaʻi Maualalo:
| Fa'aputuga (ng/μl) | Aofa'i (μg) | Mama | Fa'amaoni | |
| Faletusi Masani | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 E fa'atapula'aina pe leai fo'i se fa'aleagaina o le porotini po'o le DNA o lo'o fa'aalia i le gel. | Mo la'au: RIN≥4.0; Mo manu: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; fa'atapula'aina pe leai fo'i se si'itia fa'avae |
| Faletusi Fa'asino | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 E fa'atapula'aina pe leai fo'i se fa'aleagaina o le porotini po'o le DNA o lo'o fa'aalia i le gel. | Mo la'au: RIN≥4.0; Mo manu: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; fa'atapula'aina pe leai fo'i se si'itia fa'avae |
| La'au | Manu | Arthropods | Toto atoa | Sela |
| A'a, Ogālaau po'o le Petal: 450 mg Lau po'o le fatu: 300 mg Fua: 1.2 kalama | Fatu po'o le Ga'au: 300 mg Togavao po'o le Fai'ai: 240 mg Masele: 450 mg Ponaivi, Lauulu po'o le Pa'u: 1g | Iniseti: 6g Mea'ai Fa'asusu: 300 mg | 1 paipa | 106 sela |
Fa'ata'ita'iga Fautuaina mo le Tu'uina Atu
Pusa: Paipa fa'aputu 2 ml (E le fautuaina le fa'aaogaina o le pepa apamemea)
Fa'ailoga fa'ata'ita'i: Vaega+toe fai fa'ata'ita'iga A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Felauaiga:
1. Aisa mago: E manaʻomia ona teuina faʻataʻitaʻiga i totonu o taga ma tanu i le aisa mago.
2. Paipa laulau RNA: E mafai ona fa'amago fa'ata'ita'iga RNA i totonu o le paipa fa'amautu RNA (e pei o le RNAstable®) ma lafo i le vevela o le potu.
Mana'oga Fa'ata'ita'i ma le Tu'uina Atu
Fuafuaga o fa'ata'ita'iga
Fa'ata'ita'iga o le tu'uina atu
Aveeseina o le RNA
Fausiaina o le faletusi
Fa'asologa
Su'esu'ega o fa'amaumauga
Auaunaga pe a uma le fa'atau atu
Fa'amatalaga Fa'a-Bio
Mo faʻataʻitaʻiga o loʻo i ai se genome faʻasinomaga o loʻo avanoa, o le auʻiliʻiliga BI e faʻapea:
ØPuleaina o le lelei o faʻamatalaga mata
ØFa'atulagaina o le genome fa'asino
ØSu'esu'ega o le fausaga o le tusitusiga
ØFuainumera o fa'aaliga
ØSu'esu'ega o fa'aaliga eseese
ØFa'amatalaga ma fa'amauoa o galuega
Mo faʻataʻitaʻiga e aunoa ma se genome faʻasino, o le filifiliga lenei o loʻo avanoa:
• Puleaina o le lelei o faʻamatalaga mata
•Fa'apotopotoga ma le fa'aleleia atili o le fausaga
•Su'esu'ega o fa'aaliga eseese
•Fa'amatalaga ma fa'amauoa o galuega
Fa'atulagaina o le Genome Fa'asino
Fa'atumuina o Fa'amaumauga
Feso'ota'iga fa'ata'ita'i ma le iloiloga o fa'ata'ita'iga fa'aolaola
Genes Fa'aalia Eseese (DEGs)
Fa'amatalaga Fa'atino o DEGs
Fa'aleleia Atili o Galuega a DEGs
Su'esu'e ia alualu i luma na fa'afaigofieina e auaunaga fa'asologa o le eukaryotic NGS mRNA a le BMKGene e ala i se fa'aputuga o lomiga ua filifilia.
Huang, L. et al. (2023) 'E fa'avaivaia e le Triclosan ma le triclocarban le gafatia o le manogi o le i'a auro e ala i le fa'atapula'aina o le iloaina o manogi, fa'alavelaveina le fa'aliliuina o fa'ailoilo manogi, ma fa'alavelaveina ai le fa'agasologa o fa'amatalaga manogi',Su'esu'ega i le Vai, 233, i. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Ua faoa e le Aspergillus fumigatus le p11 o le tagata e toe fa'asino atu ai phagosomes o lo'o i ai fungus i le auala e le fa'aleagaina',Sela ma le Maikorosi, 31(3), itulau 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'Mea e Aofia ai le TCP Transmission i le Atina'eina o le Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)',Tuaoi i le Saienisi o La'au, 13, itulau 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'O le genome o le Chrysanthemum lavandulifolium ma le faiga fa'amolekula e fa'avae ai ituaiga eseese o capitulum',Su'esu'ega o Fa'ato'aga, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'O se cascade nanoreactor mo le fa'aleleia atili o le sonodynamic therapy i le kanesa o le colorectal e ala i le synergistic ROS augment ma le autophagy blockage',Nano i le Aso, 49, itulau. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
