Fa'asologa-NGS o le mRNA e le fa'avae i luga o se fa'asinomaga
Fa'aaliga
● Pu'eina o le poly mRNA a'o le'i saunia le faletusi
● Tuto'atasi mai so'o se genome fa'asino: e fa'avae i luga o le fa'apotopotoga fou o tusitusiga, e faia ai se lisi o unigenes ua fa'ailoa mai i fa'amaumauga eseese (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Su'esu'ega atoatoa o le bioinformatics o le fa'aalia o kene ma le fausaga o le tusitusiga
Fa'amanuiaga o Auaunaga
●Tomai Faapitoa TeleFaatasi ai ma se faamaumauga o le fa'agasoloina o fa'ata'ita'iga e silia ma le 600,000 i le BMKGENE, e aofia ai ituaiga fa'ata'ita'iga eseese e pei o aganu'u o sela, aano, ma vai o le tino, o la matou 'au e aumaia le tele o le poto masani i galuega ta'itasi. Ua matou fa'amae'aina ma le manuia galuega fa'atino e silia ma le 100,000 mRNA-Seq i vaega eseese o su'esu'ega.
●Pulea Lelei o le Tulaga LeleiMatou te faʻatinoina vaega autu o le pulea i laʻasaga uma, mai le sauniuniga o faʻataʻitaʻiga ma le faletusi i le faʻasologa o suʻesuʻega ma faʻamatalaga faʻapitoa. O lenei mataʻituina maeʻaeʻa e faʻamautinoa ai le tuʻuina atu o taunuuga maualuga le tulaga lelei.
● Fa'amatalaga Atoa: matou te faʻaaogaina le tele o faʻamaumauga e faʻailoa ai galuega faatino o Differentially Expressed Genes (DEGs) ma faʻatino le auʻiliʻiliga faʻamauoa talafeagai, ma maua ai ni malamalamaaga i faiga faʻaselula ma molecular o loʻo faʻavae i luga o le tali atu o le transcriptome.
●Lagolago pe a uma le fa'atauga: o la matou tautinoga e sili atu nai lo le maeʻa o le galuega faatino faatasi ai ma se vaitaimi tautua e 3 masina pe a uma le faatauina atu. I le taimi lea, matou te ofoina atu le tuliloaina o le galuega faatino, fesoasoani i le foia o faafitauli, ma sauniga Fesili ma Tali e tali ai soo se fesili e fesoʻotaʻi ma taunuuga.
Mana'oga Fa'ata'ita'i ma le Tu'uina Atu
| Faletusi | Fuafuaga fa'asologa | Fa'amaumauga fautuaina | Puleaina o le Tulaga Lelei |
| Fa'amauoa le Poly A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Manaoga Faataitaiga:
Nukleotida:
| Fa'aputuga (ng/μl) | Aofa'i (μg) | Mama | Fa'amaoni |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 E fa'atapula'aina pe leai fo'i se fa'aleagaina o le porotini po'o le DNA o lo'o fa'aalia i le gel. | Mo la'au: RIN≥4.0; Mo manu: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; fa'atapula'aina pe leai fo'i se si'itia fa'avae |
● La'au:
A'a, Ogālaau po'o le Petal: 450 mg
Lau po'o le fatu: 300 mg
Fua: 1.2 kalama
● Manu:
Fatuga o le fatu po'o le manava: 300 mg
Togavao po'o le Fai'ai: 240 mg
Masele: 450 mg
Ponaivi, Lauulu po'o le Pa'u: 1g
● O Arthropods:
Iniseti: 6g
Mea'ai Fa'asusu: 300 mg
● Toto atoa1 paipa
● Sela: 106 sela
Fa'ata'ita'iga Fautuaina mo le Tu'uina Atu
Pusa: Paipa fa'aputu 2 ml (E le fautuaina le fa'aaogaina o le pepa apamemea)
Fa'ailoga fa'ata'ita'i: Vaega+fa'ata'ita'i e pei o le A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Felauaiga:
1. Aisa mago: E manaʻomia ona teuina faʻataʻitaʻiga i totonu o taga ma tanu i le aisa mago.
2. Paipa RNAstable: E mafai ona fa'amago fa'ata'ita'iga RNA i totonu o le paipa fa'amautu RNA (e pei o le RNAstable®) ma lafo i le vevela o le potu.
Tafega o Galuega Auaunaga
Fuafuaga o fa'ata'ita'iga
Fa'ata'ita'iga o le tu'uina atu
Aveeseina o le RNA
Fausiaina o le faletusi
Fa'asologa
Su'esu'ega o fa'amaumauga
Auaunaga pe a uma le fa'atau atu
Fa'amatalaga Fa'a-Bio
Fa'apotopotoga o le transcriptome ma le filifiliga o le unigene
Fa'amatalaga Unigene
Feso'ota'iga fa'ata'ita'i ma le iloiloga o fa'ata'ita'iga fa'aolaola
Genes Fa'aalia Eseese (DEGs)
Fa'amatalaga Fa'atino o DEGs
Fa'aleleia Atili o Galuega a DEGs
Su'esu'e ia alualu i luma na fa'afaigofieina e auaunaga fa'asologa o le eukaryotic NGS mRNA a le BMKGene e ala i se fa'aputuga o lomiga ua filifilia.
Shen, F. et al. (2020) 'Fa'apotopotoga o le transcriptome fou ma le fa'aalia o kenera e fa'aitu'au i itupa i totonu o gonads o le Amur catfish (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), itulau 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Su'esu'ega o le tusitusiga o le metabolism o le sucrose i le taimi o le fulafula ma le tuputupu a'e o le pulumu i le aniani (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7(Setema), i. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. ma isi. (2017) 'Fa'apotopotoga fou, fa'amatalaga ma fa'amatalaga mo le transcriptome o Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'O le su'esu'ega o le transcriptome de novo e maua ai ni malamalamaga i le onosa'i o le Podocarpus macrophyllus i le masima i lalo o le fa'alavelave o le masima', BMC Plant Biology, 21(1), itulau 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
