条形 fu'a-03

Oloa

La'au/Manu Fa'asologa o Genome Atoa

Whole Genome Sequencing (WGS), e ta'ua foi o le resequencing, e faasino i le fa'asologa atoa o le genome o tagata eseese o ituaiga o lo'o i ai fa'amatalaga fa'asinomaga. I luga o lenei faʻavae, e mafai ona iloa atili le eseesega o le genomic o tagata taʻitoʻatasi poʻo tagata. O le WGS e mafai ai ona faʻamaonia le Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure variation (SV), ma Copy Number Variation (CNV). O SV e aofia ai se vaega tele o le fesuiaiga faavae nai lo SNPs ma e sili atu lona aafiaga i le genome, e matua afaina ai meaola ola. E ui e aoga le faʻasologa o le faitau puʻupuʻu i le faʻailoaina o SNPs ma InDels, o le faʻasologa umi o le faitau e mafai ai ona faʻamaonia saʻo o vaega tetele ma fesuiaiga lavelave.


Au'aunaga Fa'amatalaga

Bioinformatics

Fa'aaliga Fa'aaliga

Lomiga Fa'apitoa

Vaega Auaunaga

● Sauniuniga faletusi e mafai ona fa'ata'atia pe leai se PCR

● E maua ile 4 fa'asologa fa'asologa: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, po'o PacBio Revio.

● Bioinformatic suʻesuʻega e taulaʻi i le suʻeina o fesuiaiga: SNP, InDel, SV ma CNV

Tulaga Auaunaga

Tomai Tele ma Faamaumauga Lomiga: O le fa'aputuina o le poto masani i le fa'asologaina o le genome mo le silia ma le 1000 ituaiga ua i'u ai i le silia ma le 1000 fa'asalalauga fa'asalalau fa'atasi ai ma le fa'atuputeleina o a'afiaga e sili atu i le 5000.

Au'ili'iliga Bioinformatics: E aofia ai fesuiaiga o le valaau ma galuega fa'amatalaga.

● Lagolago ina ua uma ona faatau atu:O la matou tautinoga e faʻalautele atu i tua atu o le faʻamaeʻaina o galuega faʻatasi ma le 3-masina pe a maeʻa le faʻatau atu vaitaimi auaunaga. I le taimi lea, matou te ofoina atu le tulitatao o poloketi, fesoasoani faʻafitauli, ma Q&A sauniga e faʻafeiloaʻi ai soʻo se fesili e fesoʻotaʻi ma iʻuga.

Fa'amatalaga Atoa: Matou te fa'aogaina le tele o fa'amaumauga e fa'ailoa ai genes ma suiga fa'aalia ma fa'atino le su'esu'ega fa'atamaoaigaina talafeagai, maua ai fa'amatalaga i le tele o galuega su'esu'e.

Fa'amatalaga Auaunaga

Vaaiga eseese e iloagofie

Fuafuaga fa'asologa

Fautuaina loloto

SNP ma InDel

Illumina NovaSeq PE150

poʻo le MGI T7

10x

SV ma le CNV (le sa'o)

30x

SV ma CNV (sili atu sa'o)

Nanopore Prom P48

20x

SNPs, Indels, SV ma CNV

PacBio Revio

10x

Fa'ata'ita'iga Manaoga

Tisu po'o su'esu'e nucleic acids

Illumina/MGI

Nanopore

PacBio

 

Manu Viscera

0.5-1 g

≥ 3.5 g

 

≥ 3.5 g

 

Musele Manu

≥ 5 g

 

≥ 5 g

 

Toto Mamalia

1.5 mL

≥ 0.5 mL

 

≥ 5 mL

 

Toto moa/I'a

≥ 0.1 mL

 

≥ 0.5 mL

 

La'au- Laulau fou

1-2 g

≥ 2 g

 

≥ 5 g

 

Selula Aganuu

 

≥ 1x107

 

≥ 1x108

 

Iniseti aano vaivai/Taitoatasi

0.5-1 g

≥ 1 g

 

≥ 3 g

 

DNA aumai

 

Fa'atonuga: ≥ 1 ng/ µL

Aofaiga: ≥ 30 ng

Fa'atapula'a pe leai se fa'aleagaina po'o le fa'aleagaina

 

Fa'atotonuga

Aofaiga

 

OD260/280

 

OD260/230

 

Fa'atapula'a pe leai se fa'aleagaina po'o le fa'aleagaina

 

≥ 40 ng/ µL

4 µg/fesosolo sela/fa'ata'ita'iga

 

1.7-2.2

 

≥1.5

Fa'atotonuga

Aofaiga

 

OD260/280

 

OD260/230

 

Fa'atapula'a pe leai se fa'aleagaina po'o le fa'aleagaina

≥ 50 ng/ µL

10 µg/fela solo/fa'ata'ita'iga

 

1.7-2.2

 

1.8-2.5

Sauniuniga Faletusi e leai se PCR:

Fa'atotonuga≥ 40 ng/ µL

Aofaiga≥ 500 ng

Auala o Galuega Au'aunaga

fa'ata'ita'iga tu'uina atu

Fa'ata'ita'iga tu'uina atu

Fa'ata'ita'iga pailate

Su'ega DNA

Sauniuniga Faletusi

Fausia faletusi

Fa'asologa

Fa'asologa

Iloiloga fa'amaumauga

Iloiloga fa'amaumauga

数据上传-03

Tuuina atu o faʻamatalaga


  • Muamua:
  • Sosoo ai:

  • 流程图7-02

    E aofia ai le au'ili'iliga nei:

    • Fa'atonuga lelei o Fa'amaumauga
    • Fuainumera o le fa'aogaina ile genome fa'asino
    • Fa'ailoga eseese: SNP, InDel, SV ma CNV
    • Fa'amatalaga fa'atino o eseesega

    Fuainumera o le fa'aogaina i fa'asinoga genome - fa'asologa o le loloto o le tufatufaina

     

    图片26

     

    SNP valaau i le tele o faʻataʻitaʻiga

     

    图片27

     

    Fa'ailoga InDel - fa'amaumauga o le umi o InDel i le itulagi CDS ma le genome-lautele itulagi

     

    图片28

     

    Fa'asoa eseese i le genome - Circos plot

    图片29

    Fa'amatalaga fa'atino o kenera fa'atasi ai ma suiga fa'ailoa - Gene Ontology

     

    图片30

    Chai, Q. et al. (2023) 'O le glutathione S-transferase GhTT19 e fuafua ai le fa'a'ofuina o laula'au fuga e ala i le fa'atonutonuina o le fa'aputuina o le anthocyanin i totonu o le cotton', Plant Biotechnology Journal, 21(2), itulau. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.

    Cheng, H. et al. (2023) 'Chromosome-level wild Hevea brasiliensis genome e maua ai meafaigaluega fou mo le fa'atupuina o le genomic-fesoasoani ma nofoaga taua e siitia ai fua pa'u', Plant Biotechnology Journal, 21(5), itulau 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.

    Li, A. et al. (2021) 'Genome of the estuarine oyster e maua ai fa'amatalaga i aafiaga o le tau ma fetuutuuna'i palasitika', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), itulau 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.

    Zeng, T. et al. (2022) 'Su'esu'ega o suiga o le genome ma le methylation i moa fa'aSaina i le aluga o taimi e maua ai le fa'amatalaga i le fa'asaoina o ituaiga', Communications Biology, 5(1), itulau 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.

    maua se upusii

    Tusi lau savali iinei ma lafo mai ia i matou

    Auina mai lau savali ia i matou: