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PacBio-Fa'asologa o Amplicon 16S/18S/ITS-umi atoa
O le fausaga o le Amplicon (16S/18S/ITS) ua atiaeina faatasi ma le tele o tausaga o le poto masani i le auiliiliga o galuega faatino o le eseesega o siama, lea e aofia ai auiliiliga faavae faatulagaina ma auiliiliga patino: o le auiliiliga faavae e aofia ai anotusi autu o auiliiliga o suesuega o siama i le taimi nei, o anotusi o auiliiliga e tamaoaiga ma atoatoa, ma o taunuuga o auiliiliga e tuuina atu i foliga o lipoti o galuega faatino; O anotusi o auiliiliga patino e eseese. E mafai ona filifilia faataitaiga ma e mafai ona faatulaga parakalafa i se auala fetuutuunai e tusa ai ma le lipoti auiliiliga faavae ma le faamoemoega o suesuega, ina ia ausia ai manaoga patino. Faiga faagaoioia o le Windows, faigofie ma vave.
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PacBio-Transcriptome atoa-umi (E le o se Fa'asinomaga)
I le fa'aaogaina o fa'amaumauga o le fa'asologa o le Isoform a le Pacific Biosciences (PacBio) e fai ma fa'amatalaga, ua mafai ai e lenei App ona fa'ailoa mai fa'asologa atoa o tusitusiga (e aunoa ma le fa'apotopotoina). E ala i le fa'afanua o fa'asologa atoa e fa'asaga i le genome fa'asino, e mafai ona fa'aleleia atili tusitusiga e ala i genes ua iloa, tusitusiga, vaega fa'ailoga, ma isi mea. I lenei tulaga, e mafai ona ausia le fa'ailoaina sili atu o fausaga mRNA, e pei o le splicing eseese, ma isi mea. O le au'ili'iliga fa'atasi ma fa'amaumauga o le fa'asologa o le transcriptome a le NGS e mafai ai ona sili atu le atoatoa o fa'amatalaga ma le sa'o o le fuaina o le fa'aalia i le tulaga o le tusitusiga, lea e tele lava ina aoga i le fa'aalia eseese ma le au'ili'iliga o galuega.
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Meafaigaluega
O le BMKCloud o se fa'avae ta'imua i le bioinformatics e tu'uina atu ai se fofo e tasi mo polokalame genomic, lea e fa'atuatuaina lautele e saienitisi i vaega eseese e aofia ai foma'i, fa'ato'aga, siosiomaga, ma isi. Ua tautino atu le BMKCloud e tu'uina atu auaunaga tu'ufa'atasia, fa'atuatuaina ma lelei e aofia ai fa'avae ma meafaigaluega mo su'esu'ega bioinformatics, punaoa fa'akomepiuta, fa'amaumauga lautele, vasega i luga ole laiga bioinformatics, ma isi. O lo'o i ai i le BMKCloud le tele o meafaigaluega bioinformatics e masani ona fa'aaogaina e aofia ai le fa'amatalaga o kene, meafaigaluega fa'asolopito o le evolusione, ncRNA, puleaina o le lelei o fa'amaumauga, fa'apotopotoga, fa'atulagaina, aveeseina o fa'amaumauga, fesuia'iga, fuainumera, fa'atupu fuainumera, su'esu'ega o fa'asologa, ma isi.
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RNA laiti
O RNA laiti o ituaiga RNA pupuu e le o ni coding ma le umi e averesi o le 18-30 nt, e aofia ai le miRNA, siRNA ma le piRNA. O nei RNA laiti ua lipotia tele o loo aafia i le tele o faagasologa fa'aolaola e pei o le fa'aleagaina o le mRNA, taofia o le fa'aliliuga, fausiaina o heterochromatin, ma isi. O le auiliiliga o le faasologa o le RNA laiti ua fa'aaogaina lautele i su'esu'ega i le atina'eina o manu/la'au, fa'ama'i, siama, ma isi. O le fausaga o auiliiliga o le faasologa o le RNA laiti e aofia ai auiliiliga masani ma le eliina o fa'amaumauga maualuluga. I luga o le fa'avae o fa'amaumauga RNA-seq, e mafai e le auiliiliga masani ona ausia le fa'ailoaina ma le vavaloina o le miRNA, vavaloina o le miRNA target gene, fa'amatalaga ma auiliiliga o le fa'aalia. O le auiliiliga maualuluga e mafai ai ona su'esu'e ma aveese fa'apitoa le miRNA, faia o ata Venn, miRNA ma fausia ai feso'ota'iga o le target gene.
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NGS-WGS (Illumina/BGI)
O le NGS-WGS o se fa'avae mo le toe fa'asologa o le genome atoa, lea ua atia'e i luga o le fa'avae o le poto masani i Biomarker Technologies. O lenei fa'avae faigofie ona fa'aoga e mafai ai ona vave tu'uina atu se faiga fa'atino o su'esu'ega tu'ufa'atasi e ala i le fa'atulagaina o ni nai fa'avae autu, lea e fetaui ma fa'amaumauga o le fa'asologa o le DNA na gaosia mai le fa'avae Illumina ma le fa'avae o le fa'asologa o le BGI. O lenei fa'avae ua fa'atinoina i luga o le 'au'aunaga komepiuta maualuga le fa'atinoga, lea e fa'amalosia ai le su'esu'eina o fa'amaumauga e matua'i lelei i se taimi fa'atapula'a tele. O le eliina o fa'amaumauga fa'apitoa e maua i luga o le fa'avae o su'esu'ega masani, e aofia ai le fesili o kene ua suia, mamanu o le PCR primer, ma isi.
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mRNA (Fa'asinomaga)
O le transcriptome o le sootaga lea i le va o faʻamatalaga tau kenera o le genomic ma le proteome o galuega faʻaola. O le faʻatonutonuina o le tulaga o le transcription o le auala sili ona taua ma sili ona suʻesuʻeina lautele o meaola. E mafai e le transcriptome sequencing ona faʻasologa le transcriptome i soʻo se taimi poʻo soʻo se tulaga, faʻatasi ai ma se iugafono saʻo i se nucleotide e tasi. E mafai ona atagia faʻafuaseʻi le tulaga o le transcription o kenera, faʻailoa ma faʻatusatusa i le taimi e tasi transcripts seasea ma masani, ma tuʻuina atu faʻamatalaga faʻatulagaina o transcripts faʻapitoa faʻataʻitaʻiga.
I le taimi nei, o le tekinolosi o le faʻasologa o le transcriptome ua faʻaaogaina lautele i le agronomy, vailaʻau ma isi matāʻupu suʻesuʻega, e aofia ai le faʻatonutonuina o le atinaʻeina o manu ma laʻau, fetuʻunaʻiga o le siosiomaga, fegalegaleaiga o le puipuiga o le tino, faʻavasegaina o kene, evolusione o ituaiga kene ma le iloa o le tumo ma faʻamaʻi kene.
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Metagenomics (NGS)
O lenei fausaga su'esu'ega ua mamanuina mo le su'esu'eina o fa'amaumauga metagenomic e fa'avae i luga o tausaga o le poto masani. E aofia ai le faiga fa'atino tu'ufa'atasi e aofia ai le tele o au'ili'iliga metagenomics e masani ona mana'omia e aofia ai le fa'agasologaina o fa'amaumauga, su'esu'ega i tulaga o ituaiga, su'esu'ega i tulaga o galuega fa'atino o kene, fa'asologa o metagenome, ma isi. E le gata i lea, o lo'o maua meafaigaluega fa'apitoa e su'e ai fa'amaumauga i luga o le faiga fa'atino masani o su'esu'ega, e aofia ai le su'esu'eina o kene ma ituaiga, fa'atulagaina o parakalafa, fa'atulagaina o fuainumera fa'apitoa, ma isi.
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LncRNA
O RNA uumi e le o ni fa'ailoga (lncRNA) o se ituaiga o tusitusiga e umi atu i le 200 nt, e le mafai ona fa'ailogaina ni polotini. O fa'amaoniga fa'aputu e fa'ailoa mai ai o le tele o lncRNA e foliga mai e aoga. O tekinolosi fa'asologa maualuga ma meafaigaluega su'esu'ega bioinformatic e fa'amalosia ai i matou e fa'aalia fa'asologa o lncRNA ma fa'amatalaga tulaga i se auala sili atu ona lelei ma ta'ita'ia ai i matou e su'e lncRNA ma galuega fa'atonutonu taua. E mitamita le BMKCloud e tu'uina atu i a matou tagata fa'atau le fa'avae su'esu'ega o le lncRNA e ausia ai le su'esu'ega lncRNA vave, fa'atuatuaina ma fetu'una'i.
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GWAS
O le suʻesuʻega o le sootaga lautele o le genome (GWAS) e faʻamoemoe e faʻailoa ai suiga o kenera (genotype) e fesoʻotaʻi ma uiga faʻapitoa (phenotype). O suʻesuʻega a le GWA e suʻesuʻeina faʻailoga kenera e sopoʻia le genome atoa o le toʻatele o tagata taʻitoʻatasi ma vavaloina sootaga o le genotype-phenotype e ala i le auʻiliʻiliga faʻamaumauga i le tulaga o le faitau aofaʻi. O le toe faʻasologa o le genome atoa e mafai ona maua ai suiga uma o kenera. Faʻatasi ai ma faʻamaumauga o le phenotypic, e mafai ona faʻagasoloina le GWAS e faʻailoa ai SNPs e fesoʻotaʻi ma le phenotype, QTLs ma sui tauva genes, lea e lagolagoina malosi ai le faʻatoʻaga o manu/laʻau i aso nei. O le SLAF o se fuafuaga faʻasolosolo faigofie o le genome na atiaʻe e ia lava, lea e maua ai faʻailoga tufatufaina lautele o le genome, SNP. O nei SNPs, o ni faʻailoga kenera molecular, e mafai ona faʻagasoloina mo suʻesuʻega fesoʻotaʻiga ma uiga faʻapitoa. O se fuafuaga taugofie i le faʻailoaina o uiga faigata e fesoʻotaʻi ma suiga o kenera.
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Fa'amaumauga atoa o le Nanopore
O isoforms eseese ma faigata i meaola o ni faiga taua tau kenera mo le faʻatonutonuina o le faʻaalia o kenera ma le eseesega o porotini. O le faʻailoaina saʻo o fausaga o tusitusiga o le faʻavae lea mo le suʻesuʻeina loloto o mamanu faʻatonutonu o faʻaaliga o kenera. Ua manuia le faʻavae o le Nanopore sequencing i le aumaia o le suʻesuʻega o le transcriptomic i le tulaga o le isoform. O lenei faʻavae auʻiliʻiliga ua mamanuina e iloilo ai faʻamaumauga RNA-Seq na gaosia i luga o le faʻavae Nanopore i luga o le faʻavae o le genome faʻasino, lea e ausia ai auʻiliʻiliga lelei ma le faʻatusatusaga i le tulaga o kenera ma le tulaga o tusitusiga.
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RNA li'o
O le RNA li'o (circRNA) o se ituaiga RNA e le o ni fa'ailoga, lea ua maua talu ai nei e taua tele i feso'ota'iga fa'atonutonu e aofia ai le atina'eina, tete'e atu i le siosiomaga, ma isi mea fa'apena. E ese mai molela'au RNA laina, e pei o le mRNA, lncRNA, o pito 3′ ma le 5′ o le circRNA ua so'ofa'atasi e fausia ai se fausaga li'o, lea e fa'asaoina ai i latou mai le fa'agae'eina o le exonuclease ma e sili atu ona mautu nai lo le tele o le RNA laina. Ua maua o le CircRNA e iai a latou galuega eseese i le fa'atonutonuina o le fa'aalia o kene. E mafai e le CircRNA ona fa'atino o se ceRNA, lea e fusifusia ai le miRNA i se tulaga tauva, e ta'ua o le miRNA sponge. O le fa'avae o le su'esu'ega o le fa'asologa o le CircRNA e fa'amalosia ai le fausaga ma le su'esu'ega o le fa'aalia o le circRNA, le vavaloina o sini ma le su'esu'ega fa'atasi ma isi ituaiga o molela'au RNA.
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BSA
O le fa'avae o le Bulked Segregant Analysis e aofia ai le au'ili'iliga masani e tasi le la'asaga ma le au'ili'iliga fa'apitoa fa'atasi ai ma le fa'atulagaina o parakalafa fa'apitoa. O le BSA o se metotia e fa'aaogaina e vave fa'ailoa ai fa'ailoga kenera e feso'ota'i ma le phenotype. O le galuega autu o le BSA e aofia ai: 1. filifilia o ni vaega se lua o tagata ta'ito'atasi e matua'i feteenai lava phenotypes; 2. tu'ufa'atasia o le DNA, RNA po'o le SLAF-seq (Atia'e e Biomarker) o tagata ta'ito'atasi uma e fausia ai ni vaega se lua o le DNA; 3. fa'ailoaina o fa'asologa eseese e fa'asaga i le genome fa'asino po'o le va, 4. vavaloina o itulagi so'otaga sui tauva e ala i le ED ma le SNP-index algorithm; 5. Au'ili'iliga fa'atino ma le fa'amauoa i luga o kenera i itulagi sui tauva, ma isi. O lo'o maua fo'i le eliina o fa'amatalaga sili atu ona alualu i luma e aofia ai le siakiina o fa'ailoga kenera ma le mamanu muamua.
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Amplicon (16S/18S/ITS)
O le fausaga o le Amplicon (16S/18S/ITS) ua atiaeina faatasi ma le tele o tausaga o le poto masani i le auiliiliga o galuega faatino o le eseesega o siama, lea e aofia ai auiliiliga faavae faatulagaina ma auiliiliga patino: o le auiliiliga faavae e aofia ai anotusi autu o auiliiliga o suesuega o siama i le taimi nei, o anotusi o auiliiliga e tamaoaiga ma atoatoa, ma o taunuuga o auiliiliga e tuuina atu i foliga o lipoti o galuega faatino; O anotusi o auiliiliga patino e eseese. E mafai ona filifilia faataitaiga ma e mafai ona faatulaga parakalafa i se auala fetuutuunai e tusa ai ma le lipoti auiliiliga faavae ma le faamoemoega o suesuega, ina ia ausia ai manaoga patino. Faiga faagaoioia o le Windows, faigofie ma vave.
