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Hi-C fa'avae Chromatin Interaction
O le Hi-C o se metotia ua fuafuaina e pu'e ai le fa'atulagaina o genomic e ala i le tu'ufa'atasia o le su'esu'eina o feso'ota'iga vavalalata ma le fa'asologa maualuga. O le auala e fa'avae i luga o le chromatin crosslinking ma formaldehyde, soso'o ai ma le fa'alapalapalaina ma le toe fa'afouina i se auala e na'o ni vaega e so'o fa'atasi o le a fausia ai ni oloa fa'amau. E ala i le faʻasologa o nei oloa ligation, e mafai ona suʻesuʻeina le faʻalapotopotoga 3D o le genome. O le Hi-C e mafai ai ona suʻesuʻeina le tufatufaina o vaega o le genome o loʻo faʻapipiʻiina mama (A vaega, euchromatin) ma sili atu ona faʻaogaina faʻaliliuga, ma itulagi e sili atu ona faʻapipiʻiina (B compartments, Heterochromatin). E mafai fo'i ona fa'aoga le Hi-C e fa'ailoa ai Topologically Associated Domains (TADs), vaega o le genome o lo'o gaugau fausaga ma e foliga mai e tutusa fa'atusa fa'aaliga, ma fa'ailoa ai fa'amaufa'ailoga chromatin, vaega DNA o lo'o taula fa'atasi e polotini ma e e masani ona faʻatamaoaigaina i elemene faʻatonutonu. O le BMKGene's Hi-C sequencing service e fa'amalosia ai tagata su'esu'e e su'esu'e le va'aiga fa'ava-o-malo o genomics, tatala auala fou mo le malamalama i tulafono faatonutonu genome ma ona a'afiaga i le soifua maloloina ma fa'ama'i.
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Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) o se metotia e faʻaogaina ai faʻamaʻi e faʻatamaoaigaina ai le DNA-binding proteins ma latou faʻatatau i genomics. O lona tu'ufa'atasia ma le NGS e mafai ai ona fa'ailoaina le genome-lautele o taula'iga DNA e feso'ota'i ma suiga fa'asolopito, fa'asologa o tusitusiga, ma isi polotini e fusifusia ai DNA. O lenei faiga fa'amalosi e mafai ai ona fa'atusatusaina nofoaga fa'apipi'i i ituaiga sela eseese, masini, po'o tulaga. O talosaga a le ChIP-Seq e amata mai i le suʻesuʻeina o tulafono faatonutonu tusitusi ma auala atinaʻe i le faʻamalamalamaina o faʻamaʻi faʻamaʻi, ma avea o se meafaigaluega taua mo le malamalama i laufanua faʻatonutonu genomic ma faʻalauteleina faʻamatalaga togafitiga.
Fa'avae: Illumina NovaSeq
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Fa'asologa atoa o le genome bisulfite (WGBS)
O le Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) o loʻo tu e pei o le faʻataʻitaʻiga auro mo suʻesuʻega loloto o le DNA methylation, aemaise o le tulaga lona lima i le cytosine (5-mC), o se faʻatonuga taua o le faʻaaliga o kene ma gaioiga feaveaʻi. O le mataupu faavae o le WGBS e aofia ai togafitiga bisulfite, faʻaosofia le liua o cytosines unmethylated i le uracil (C i U), ae tuʻu le methylated cytosines e le suia. O lenei metotia e ofoina atu ai le iugafono e tasi, e mafai ai e tagata suʻesuʻe ona suʻesuʻe atoatoa le methylome ma faʻaalia ai faʻasologa o le methylation e le masani ai e fesoʻotaʻi ma tulaga eseese, aemaise lava le kanesa. E ala i le fa'aaogaina o le WGBS, e mafai ai e saienitisi ona maua ni fa'amatalaga e le mafaatusalia i le genome-wide methylation landscapes, ma maua ai se malamalamaga fa'apitoa i le epigenetic mechanisms e fa'avaeina ai le tele o gaioiga fa'aletino ma fa'ama'i.
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Su'esu'ega mo le Transposase-Accessible Chromatin fa'atasi ai ma le fa'asologa maualuga (ATAC-seq)
ATAC-seq ose metotia fa'asologa maualuga e fa'aaogaina mo su'esu'ega fa'aogaina o le chromatin lautele. O loʻo faʻaaogaina e maua ai le malamalama loloto i le faʻalavelave faʻalavelave o le pulea epigenetic lalolagi i luga o faʻamatalaga o kenera. O le auala e fa'aogaina ai le Tn5 transposase e fa'atosina e fa'amavae ma fa'ailoga vaega o chromatin tatala e ala i le fa'aofiina o mea fa'asologa fa'asologa. O le fa'alauteleina o le PCR mulimuli ane e i'u ai i le fausiaina o se faletusi fa'asologa, lea e mafai ai ona fa'amaonia atoatoa vaega o le chromatin tatala i lalo o tulaga fa'apitoa avanoa-taimi. ATAC-seq e maua ai se vaaiga atoa o laufanua chromatin e mafai ona maua, e le pei o metotia e naʻo le taulaʻi i luga o nofoaga faʻapipiʻi faʻamaufaʻailoga poʻo ni vaega faʻapitoa faʻasologa o talafaasolopito. E ala i le fa'avasegaina o nei vaega chromatin tatala, ATAC-seq e fa'aalia ai itulagi e sili atu ona fa'agaoioia fa'atonuga fa'atonu ma nofoaga e mafai ona fa'amauina ai mea e mafai ona fa'aliliuina, e ofoina atu ai fa'amatalaga taua i le fa'aogaina o le fa'aaliga o gene i luga o le genome.
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Fa'aitiitiga Fa'atusa o le Bisulfite Sequencing (RRBS)
Fa'aititia le Fa'asologa o le Bisulfite Sequencing (RRBS) ua tula'i mai e avea o se fa'aoga taugofie ma le lelei i le Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) i su'esu'ega DNA methylation. Aʻo tuʻuina atu e le WGBS faʻamatalaga manino e ala i le suʻesuʻeina o le genome atoa i le faʻavae e tasi, o lona tau maualuga e mafai ona avea ma mea faʻatapulaʻa. O le RRBS e faʻaitiitia ai lenei luʻitau e ala i le faʻavasegaina o se vaega sui o le genome. O lenei metotia e fa'alagolago i le fa'atamaoaigaina o le CpG i le motu-oa'oa e ala i le MspI cleavage soso'o ai ma le lapopo'a filifilia o vaega 200-500/600 bps. O le mea la lea, e na'o itulagi e lata ane i motu CpG e fa'asologa, a'o i latou e mamao atu motu CpG e le o aofia i le su'esu'ega. O lenei faagasologa, faʻatasi ma le bisulfite sequencing, e mafai ai ona maua le maualuga o le suʻesuʻeina o le DNA methylation, ma le faʻasologa o le auala, PE150, e taulaʻi faʻapitoa i pito o faʻapipiʻi nai lo le ogatotonu, faʻateleina le lelei o le methylation profiling. O le RRBS o se meafaigaluega taua tele e mafai ai ona taugofie suʻesuʻega DNA methylation ma faʻalauteleina le malamalama o masini epigenetic.
