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Fa'asologa o le RNA nuclei e tasi
O le atina'eina o le pu'e tasi-selau ma faiga masani fau faletusi, fa'atasi ai ma le fa'asologa maualuga, ua toe fa'afouina su'esu'ega fa'aaliga o kene i le tulaga sela. O lenei lavelave e mafai ai ona loloto ma sili atu le auiliiliga auiliili o le faitau aofaʻi o sela lavelave, faʻatoʻilaloina tapulaʻa e fesoʻotaʻi ma le averesi o faʻamatalaga o kenera i luga o sela uma ma faʻasaoina le eseesega moni i totonu o nei tagata. E ui o le fa'asologa o le RNA sela tasi (scRNA-seq) e le mafai ona fa'afitia, e feagai ma lu'itau i nisi o masini lea e fa'amaonia ai le faigata o le fa'atūina o se fa'amalologa e tasi ma mana'omia ni fa'ata'ita'iga fou. I le BMKGene, matou te faʻatalanoaina lenei faʻalavelave e ala i le ofoina atu o le faʻasologa o le RNA tasi-nucleus (snRNA-seq) e faʻaaoga ai le tekonolosi 10X Genomics Chromium. O lenei faiga e fa'alauteleina ai le alaleo o fa'ata'ita'iga e mafai ona fa'atatau ile su'esu'ega transcriptome ile tulaga tasi le sela.
O le fa'aesea o nuclei e fa'ataunu'uina e ala i le 10X Genomics Chromium chip fou, fa'aalia ai se masini microfluidics e valu-auala fa'atasi ai ma kolosi fa'alua. I totonu o lenei faiga, o loʻo faʻapipiʻi gel faʻapipiʻi faʻamaufaʻailoga, primers, enzymes, ma se nucleus e tasi o loʻo faʻapipiʻiina i mataua suauʻu nanoliter-sized, e fai ai Gel Bead-in-Emulsion (GEM). A maeʻa le faʻavaeina o le GEM, faʻamama le cell lysis ma faʻasalalauga faʻamaufaʻailoga e tupu i totonu o GEM taʻitasi. Mulimuli ane, o le mRNA moleki e toe faʻaliliuina i cDNAs, faʻatasi ai le 10X barcodes ma Unique Molecular Identifiers (UMIs). O nei cDNA o lo'o tu'uina atu i lalo o le fa'atulagaina o faletusi fa'asologa, fa'afaigofieina se su'esu'ega malosi ma fa'amalamalamaga o fa'amatalaga fa'amatalaga o kenera i le tulaga tasi le sela.
Fa'avae: 10× Genomics Chromium ma Illumina NovaSeq Platform
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10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics ose tekonolosi fa'aonaponei e mafai ai e tagata su'esu'e ona su'esu'e fa'ata'ita'iga fa'aaliga o kenera i totonu o masini a'o fa'asaoina a latou fa'afanua fa'afanua. O le tasi tulaga mamana i lenei vaega o le 10x Genomics Visium faʻatasi ma le faʻasologa o le Illumina. O le mataupu faavae o le 10X Visium o loʻo taoto i luga o se vaʻa faʻapitoa faʻatasi ai ma se nofoaga e puʻeina e tuʻuina ai vaega o mea. O le vaega lea e pu'e ai o lo'o iai ni fa'ailoga fa'ailoga, e tutusa uma ma se nofoaga fa'apitoa fa'apitoa i totonu ole aano. O mole mole RNA na pu'eina mai le aano o lo'o fa'ailogaina i fa'amatalaga mole mole tulaga ese (UMIs) i le taimi o le fa'aliliuga fa'aliliuga. O nei fa'ailoga fa'ailoga ma UMI e mafai ai ona fa'ata'atia sa'o fa'afanua ma fa'atatauina o fa'amatalaga o kenera i se fa'ai'uga e tasi le sela. O le tu'ufa'atasiga o fa'ata'ita'iga fa'ailoga va'ava'ai ma UMI e fa'amautinoa ai le sa'o ma le fa'apitoa o fa'amaumauga na gaosia. I le faʻaaogaina o lenei Spatial Transcriptomics technology, e mafai ai e tagata suʻesuʻe ona maua se malamalama loloto atu i le faʻalapotopotoga faʻapitoa o sela ma fesoʻotaʻiga mole mole lavelave o loʻo tutupu i totonu o masini, e ofoina atu ai faʻamatalaga taua i le faʻaogaina o faiga faʻavae i le tele o vaega, e aofia ai le oncology, neuroscience, developmental biology, immunology. , ma su'esu'ega fa'ato'aga.
Fa'avae: 10X Genomics Visium ma Illumina NovaSeq
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MRNA Fa'asologa atoa-Nanopore
E ui o le fa'asologa o le mRNA fa'avae NGS o se mea faigaluega fa'apitoa mo le fa'atusatusaina o fa'amatalaga o kenera, o lona fa'alagolago i faitauga pupuu e fa'atapulaaina ai lona aoga i su'esu'ega fa'aliliuga lavelave. I le isi itu, o le nanopore sequencing e faʻaaogaina tekinolosi umi-faitau, e mafai ai le faʻasologa o tusitusiga mRNA atoa. O lenei faiga e faafaigofie ai se suʻesuʻega atoatoa o isi faʻaogaina, fusi o gene, poly-adenylation, ma le faʻatusatusaina o mRNA isoforms.
Nanopore sequencing, o se metotia e faʻalagolago i le nanopore tasi-molole faʻailoga eletise taimi moni, e maua ai iʻuga i le taimi moni. E taʻitaʻia e polotini afi, faʻapipiʻi faʻalua le DNA i polotini nanopore o loʻo faʻapipiʻiina i totonu o se biofilm, faʻamalolo aʻo ui atu i le auala nanopore i lalo o se eseesega voltage. O fa'ailoga eletise fa'apitoa e fa'atupuina e fa'avae 'ese'ese i luga o le strand DNA e iloa ma fa'avasegaina i le taimi moni, fa'afaigofie le fa'asologa sa'o ma fa'aauau le nucleotide. O lenei faiga fou e fa'ato'ilaloina tapula'a pu'upu'u faitau ma maua ai se fa'avae malosi mo su'esu'ega genomic lavelave, e aofia ai su'esu'ega transcriptomic lavelave, ma fa'ai'uga vave.
Fa'avae: Nanopore PromethION 48
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MRNA fa'asologa atoa -PacBio
E ui o le fa'asologa o le mRNA fa'avae NGS ose meafaigaluega fa'apitoa mo le fa'atusatusaina o fa'amatalaga o kenera, o lona fa'alagolago i faitauga pupuu e fa'atapula'aina ai lona fa'aogaina i su'esu'ega fa'aliliuga lavelave. I le isi itu, o le PacBio sequencing (Iso-Seq) e faʻaaogaina tekinolosi ua leva ona faitau, e mafai ai ona faʻasolosolo faʻasologa o tusitusiga mRNA atoa. O lenei faiga e fa'afaigofie ai se su'esu'ega atoatoa o isi fa'asola'iga, fusi fa'atupu, ma poly-adenylation. Ae ui i lea, o loʻo i ai isi filifiliga mo le faʻavasegaina o faʻamatalaga ona o le maualuga o faʻamaumauga e manaʻomia. Tekinolosi fa'asologa o PacBio e fa'alagolago i le fa'asologa mole mole tasi, taimi moni (SMRT), e maua ai se avanoa fa'apitoa i le pu'eina o tusitusiga mRNA atoa. O lenei faiga fou e aofia ai le fa'aogaina o le zero-mode waveguides (ZMWs) ma microfabricated wells e mafai ai ona mata'ituina le taimi moni o le DNA polymerase gaioiga i le fa'asologa. I totonu o nei ZMWs, o le PacBio's DNA polymerase e fa'apipi'iina se fusi fa'atasi o le DNA, fa'atupuina le umi o faitau e fa'atatau i le atoaga o tusitusiga mRNA. PacBio fa'agaioiga i le Circular Consensus sequencing (CCS) mode e fa'aleleia ai le sa'o e ala i le fa'asolosolo fa'asolosolo o le mole e tasi. O le fa'atupuina o le HiFi faitau e iai le sa'o fa'atusa e fa'atusa i le NGS, e fa'aopoopo atili i se su'esu'ega atoatoa ma fa'atuatuaina o uiga lavelave fa'aliliuga.
Fa'avae: PacBio Sequel II; PacBio Revio
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Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
mRNA sequencing, o se tekinolosi tele, faʻamalosia le faʻamalamalamaina atoatoa o tusitusiga mRNA uma i totonu o sela i lalo o tulaga faʻapitoa. Faatasi ai ma ana faʻaoga lautele, o lenei mea faigaluega faʻapitoa e faʻaalia ai faʻamatalaga lavelave faʻaalia o kenera, fausaga o kene, ma masini mole e fesoʻotaʻi ma faʻagasologa o meaola eseese. Fa'aaoga lautele i su'esu'ega fa'avae, su'esu'ega fa'apitoa, ma le atina'eina o vaila'au, o le mRNA sequencing e maua ai fa'amatalaga i le lavelave o le fa'aogaina o le telefoni feavea'i ma le fa'atonutonuina o kenera, fa'aosofia ai le fia iloa e uiga i lona gafatia i vaega eseese.
Fa'avae: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
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Le fa'asinomaga fa'avae mRNA Sequencing-NGS
MRNA sequencing e faʻamalosia ai le faʻamalamalamaina atoatoa o tusitusiga mRNA uma i totonu o sela i lalo o tulaga faʻapitoa. O lenei tekonolosi fa'aonaponei e avea o se meafaigaluega malosi, fa'aalia fa'amatalaga lavelave fa'aaliga o kenera, fausaga o kenera, ma masini mole mole e feso'ota'i ma faiga fa'aola eseese. Fa'aaoga lautele i su'esu'ega fa'avae, su'esu'ega fa'afoma'i, ma le atina'eina o vaila'au, fa'asologa o le mRNA e maua ai fa'amatalaga i le lavelave o le fa'aogaina o le telefoni feavea'i ma le fa'atonutonuina o kenera.
Fa'avae: Illumina NovaSeq X; DNSSEQ-T7
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Long Non-coding Sequencing-Illumina
O RNA e le fa'asinomaga umi (lncRNAs) e umi atu nai lo le 200 nucleotides o lo'o i ai sina mea e mafai ona fa'aogaina ma o elemene taua i totonu ole RNA e le fa'ailoga. O loʻo maua i totonu o le nucleus ma le cytoplasm, o nei RNA e taua tele i le epigenetic, transcriptional, ma le post-transcriptional tulafono faatonutonu, faʻamaonia lo latou taua i le faʻatulagaina o gaioiga feaveaʻi ma mole. LncRNA sequencing o se meafaigaluega mamana i Cell eseesega, Ontogenesis, ma faamaʻi Tagata.
Fa'avae: Illumina NovaSeq
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Laititi RNA Sequencing-Illumina
Laiti RNA (sRNA) molelaʻau, e aofia ai microRNAs (miRNAs), RNAs faʻalavelave laiti (siRNAs), ma piwi-interacting RNAs (piRNAs). Faatasi ai ma nei mea, miRNAs, e tusa ma le 18-25 nucleotides le umi, e sili ona mataʻina mo a latou matafaioi faʻatulafonoina i le tele o gaioiga feaveaʻi. Fa'atasi ai ma fa'ata'ita'iga fa'amatalaga fa'apitoa ma tulaga fa'apitoa, fa'aalia e miRNA le fa'asao maualuga i ituaiga eseese.
Fa'avae: Illumina NovaSeq
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CircRNA Sequencing-Illumina
O le fa'asologa o le RNA Circular (circRNA-seq) o le fa'avasegaina ma le au'ili'ili o RNA li'o, o se vasega o molela'au RNA e fausia ai fa'amaufa'ailoga tapuni ona o mea e le fa'apipi'iina, e maua ai le RNA fa'ateleina le mautu. E ui o nisi circRNAs ua faʻaalia e galue e pei o microRNA sponges, faʻapipiʻi microRNAs ma puipuia i latou mai le faʻatonutonuina o latou mRNA taulaʻi, o isi circRNAs e mafai ona fegalegaleai ma polotini, faʻaogaina le faʻaaliga o gene, pe iai ni matafaioi i gaioiga feaveaʻi. circRNA fa'amatalaga su'esu'ega e maua ai fa'amatalaga i matafaioi fa'atulafonoina o nei mole mole ma lo latou taua i le tele o gaioiga feavea'i, tulaga o le atina'e, ma tulaga fa'ama'i, e saofagā i se malamalama loloto atu i le lavelave o tulafono faatonutonu a le RNA i le tulaga o faʻamatalaga o kenera.
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Fa'asologa Transcriptome Atoa - Illumina
O le fa'asologa atoa o tusitusiga e ofoina atu ai se fa'ata'ita'iga atoatoa i le fa'avasegaina o mole mole RNA eseese, e aofia ai le coding (mRNA) ma le RNA e le o fa'ailoga (lncRNA, circRNA, ma le miRNA). O lenei metotia e pu'eina le transcriptome atoa o sela patino i se taimi atofaina, e mafai ai ona maua se malamalamaga atoa o faiga feavea'i. Ua lauiloa foi o le "total RNA sequencing," e faʻamoemoe e faʻaalia fesoʻotaʻiga faʻatonutonu lavelave i le transcriptome level, faʻataga ai suʻesuʻega loloto e pei o le tauvaga RNA endogenous (ceRNA) ma suʻesuʻega RNA faʻatasi. E fa'ailogaina le laasaga muamua i le fa'atinoina o galuega, aemaise i le fa'ailoaina o feso'ota'iga fa'atonutonu e aofia ai feso'ota'iga circRNA-miRNA-mRNA-fa'avae ceRNA.
