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Fa'asologa o le RNA o le nuclei e tasi
O le atinaʻeina o le puʻeina o sela e tasi ma metotia faufale faʻapitoa, faʻatasi ai ma le faʻasologa maualuga, ua suia ai suʻesuʻega o faʻaaliga o kene i le tulaga o sela. O lenei alualu i luma e mafai ai ona faia ni suʻesuʻega loloto ma sili atu ona atoatoa o vaega faigata o sela, e faʻatoʻilaloina ai tapulaʻa e fesoʻotaʻi ma le faʻaalia o kene i luga o sela uma ma faʻasaoina le eseesega moni i totonu o nei vaega. E ui o le faʻasologa o le RNA sela e tasi (scRNA-seq) e iai ni faʻamanuiaga e le mafaafitia, ae e feagai ma luʻitau i nisi o aano e faigata ai ona faia se faʻaputuga sela e tasi ma manaʻomia ai ni faʻataʻitaʻiga fou. I le BMKGene, matou te faʻafetaiaʻia lenei faʻafitauli e ala i le ofoina atu o le faʻasologa o le RNA nucleus e tasi (snRNA-seq) e faʻaaoga ai le tekinolosi faʻaonaponei 10X Genomics Chromium. O lenei auala e faʻalauteleina ai le tele o faʻataʻitaʻiga e mafai ona faia le suʻesuʻega o le transcriptome i le tulaga o sela e tasi.
O le vavaeʻeseina o nuclei e faʻatinoina e ala i le 10X Genomics Chromium chip fou, o loʻo i ai se faiga microfluidics e valu-channel ma ni faʻasologa faʻalua. I totonu o lenei faiga, o gel beads e aofia ai barcodes, primers, enzymes, ma se nucleus e tasi e faʻapipiʻiina i ni mataua suāuu e pei o le nanoliter, ma fausia ai le Gel Bead-in-Emulsion (GEM). A maeʻa le fausiaina o le GEM, e tupu le lysis o sela ma le faʻasaʻolotoina o barcode i totonu o GEM taʻitasi. Mulimuli ane, o molelaʻau mRNA e faia le reverse transcription i totonu o cDNAs, e aofia ai 10X barcodes ma Unique Molecular Identifiers (UMIs). Ona faʻatinoina lea o nei cDNAs i le fausiaina o le faletusi faʻasologa masani, e faʻafaigofie ai se suʻesuʻega malosi ma atoatoa o faʻamatalaga o le faʻaalia o genes i le tulaga o le sela e tasi.
Fa'avae: 10× Genomics Chromium ma le Illumina NovaSeq Fa'avae
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10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
O le Spatial transcriptomics o se tekinolosi fa'aonaponei e mafai ai e le au su'esu'e ona su'esu'e mamanu o fa'aaliga o kene i totonu o a'ano a'o fa'asaoina lo latou tulaga fa'ale-spatial. O se tasi o fa'avae mamana i lenei vaega o le 10x Genomics Visium fa'atasi ai ma le Illumina sequencing. O le mataupu faavae o le 10X Visium o lo'o taoto i luga o se chip fa'apitoa ma se nofoaga pu'eina ua fa'atulagaina lea e tu'u ai vaega o a'ano. O lenei nofoaga pu'eina o lo'o i ai ni vaega fa'ailoga, e tutusa ma se nofoaga tulaga ese i totonu o le a'ano. O molela'au RNA na pu'eina mai le a'ano e fa'ailogaina i ni fa'ailoga molela'au tulaga ese (UMIs) i le taimi o le fa'agasologa o le fa'aliliuga fa'afeagai. O nei vaega fa'ailoga ma UMI e mafai ai ona fa'afanua sa'o le fa'afanua ma le fa'atusatusaina o le fa'aaliga o kene i se iugafono e tasi le sela. O le tu'ufa'atasiga o fa'ata'ita'iga fa'ailoga fa'ale-spatial ma UMI e fa'amautinoa ai le sa'o ma le fa'apitoa o fa'amatalaga na gaosia. I le fa'aaogaina o lenei tekinolosi Spatial Transcriptomics, e mafai e le au su'esu'e ona maua se malamalamaga loloto i le fa'atulagaina fa'ale-spatial o sela ma fegalegaleaiga fa'ale-molela'au lavelave o lo'o tutupu i totonu o a'ano, e ofoina atu ai ni malamalamaga taua i faiga o lo'o i lalo o faiga fa'aolaola i le tele o vaega, e aofia ai le oncology, neuroscience, developmental biology, immunology, ma su'esu'ega fa'ato'aga.
Fa'avae: 10X Genomics Visium ma Illumina NovaSeq
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Fa'asologa atoa o le mRNA-Nanopore
E ui o le fa'asologa o le mRNA e fa'avae i luga o le NGS o se meafaigaluega aoga tele mo le fuaina o le fa'aalia o kene, o lona fa'alagolago i faitauga pupuu e fa'atapula'aina ai lona aoga i au'ili'iliga faigata o le transcriptomic. I le isi itu, o le fa'asologa o le nanopore e fa'aaogaina ai le tekinolosi faitau umi, e mafai ai ona fa'asologaina le fa'asologa o tusitusiga mRNA atoa. O lenei auala e fa'afaigofieina ai se su'esu'ega atoatoa o isi splicing, gene fusions, poly-adenylation, ma le fuaina o isoforms o le mRNA.
O le fa'asologa o le Nanopore, o se metotia e fa'alagolago i fa'ailoilo eletise o le nanopore e tasi le molecule i le taimi moni, e maua ai taunu'uga i le taimi moni. Ta'ita'ia e polotini afi, o le DNA e lua-filifiliga e fusifusia i polotini nanopore o lo'o fa'apipi'iina i totonu o se biofilm, ma tatala a'o ui atu i le auala nanopore i lalo o se eseesega o le voltage. O fa'ailoilo eletise tulaga ese na gaosia e fa'avae eseese i luga o le filo DNA e iloa ma fa'avasegaina i le taimi moni, e fa'afaigofie ai le fa'asologa sa'o ma fa'aauau pea o nucleotide. O lenei auala fou e fa'ato'ilaloina ai tapula'a pu'upu'u ma maua ai se fa'avae fa'agaoioia mo su'esu'ega genomic faigata, e aofia ai su'esu'ega transcriptomic faigata, fa'atasi ai ma taunu'uga vave.
Fa'avae: Nanopore PromethION 48
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Fa'asologa atoa o le mRNA -PacBio
E ui o le fa'asologa o le mRNA e fa'avae i luga o le NGS o se meafaigaluega aoga tele mo le fuaina o le fa'aalia o kene, o lona fa'alagolago i faitauga pupuu e fa'atapula'aina ai lona fa'aaogaina i au'ili'iliga faigata o le transcriptomic. I le isi itu, o le fa'asologa o le PacBio (Iso-Seq) e fa'aaogaina ai le tekinolosi faitau umi, e mafai ai ona fa'asologaina le fa'asologa o tusitusiga mRNA atoa. O lenei auala e fa'afaigofie ai se su'esu'ega atoatoa o isi splicing, gene fusions, ma le poly-adenylation. Peita'i, e iai isi filifiliga mo le fuaina o le fa'aalia o kene ona o le tele o fa'amatalaga e mana'omia. O le tekinolosi fa'asologa o le PacBio e fa'alagolago i le fa'asologa o le molecule e tasi, taimi moni (SMRT), e maua ai se tulaga lelei i le pu'eina o tusitusiga mRNA atoa. O lenei auala fou e aofia ai le fa'aogaina o le zero-mode waveguides (ZMWs) ma vaieli microfabricated e mafai ai ona matauina le taimi moni o le gaioiga o le DNA polymerase i le taimi o le fa'asologa. I totonu o nei ZMWs, o le DNA polymerase a le PacBio e fa'aputuina se manoa fa'aopoopo o le DNA, e fa'atupuina ai faitauga uumi e aofia ai le atoaga o tusitusiga mRNA. O le fa'agaioiga o le PacBio i le Circular Consensus sequencing (CCS) mode e fa'aleleia atili ai le sa'o e ala i le fa'asologa soo o le molecule lava e tasi. O le faitauga HiFi ua gaosia e tutusa le sa'o ma le NGS, ma e fesoasoani atili ai i se au'ili'iliga atoatoa ma fa'atuatuaina o foliga lavelave o le transcriptomic.
Fa'avae: PacBio Sequel II; PacBio Revio
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Fa'asologa o le mRNA Eukaryotic-NGS
O le faʻasologa o le mRNA o se metotia e faʻaaogaina ai le faʻasologa o le isi tupulaga e faʻaalia ai le i ai ma le aofaʻi o molelaʻau RNA i totonu o se faʻataʻitaʻiga faʻaola, ma maua ai se ata o le faʻaalia o kene i totonu o le faʻataʻitaʻiga.
Faatasi ai ma ona faʻaoga lautele, o lenei meafaigaluega faʻaonaponei ua faʻaalia ai talaaga lavelave o le faʻaalia o kene, fausaga o kene, ma faiga faʻamolekiu e fesoʻotaʻi ma faʻagasologa eseese o meaola.
O lenei metotia ua faʻaaogaina lautele i suʻesuʻega, faʻamaʻi pipisi, ma le atinaʻeina o vailaʻau, talu ai e ofoina atu ai ni malamalamaaga i le lavelave o le faʻagaioiga o sela ma le faʻatonutonuina o kenera, ma maua ai se faʻavae mautu e faʻaosofia ai le fia iloa e uiga i lona gafatia i matāʻupu eseese.
Fa'avae o lo'o avanoa: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
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Fa'asologa-NGS o le mRNA e le fa'avae i luga o se fa'asinomaga
O le fa'asologa o le mRNA e fa'amalosia ai le fa'avasegaina atoatoa o fa'amaumauga uma o le mRNA i totonu o sela i lalo o tulaga fa'apitoa. O lenei tekinolosi fa'aonaponei e avea o se meafaigaluega malosi, e fa'aalia ai fa'amatalaga lavelave o le fa'aalia o kene, fausaga o kene, ma faiga fa'amolekuli e feso'ota'i ma faiga fa'aola eseese. O lo'o fa'aaogaina lautele i su'esu'ega fa'avae, fa'ama'i fa'aklinikal, ma le atina'eina o vaila'au, o le fa'asologa o le mRNA e ofoina atu ai ni malamalamaga i le lavelave o le gaioiga o sela ma le fa'atonutonuina o kene.
Fa'avae: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
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Fa'asologa Umi e Le Fa'ailogaina-Illumina
O RNA uumi e le o ni fa'ailoga (lncRNAs) e umi atu nai lo le 200 nucleotides e itiiti lava le gafatia e fa'ailoga ai ma o ni elemene taua i totonu o le RNA e le o ni fa'ailoga. E maua i le nucleus ma le cytoplasm, o nei RNA e taua tele i le fa'atonutonuina o le epigenetic, transcriptional, ma le post-transcriptional, ma fa'amamafaina ai lo latou taua i le fa'atulagaina o faiga o sela ma molecular. O le fa'asologa o le LncRNA o se meafaigaluega mamana i le eseesega o sela, Ontogenesis, ma fa'ama'i o tagata.
Fa'avae: Illumina NovaSeq X
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Fa'asologa o le RNA Laiti-Illumina
O le RNA laʻititi o se vaega o mole mole RNA e aofia ai microRNAs (miRNAs), RNAs faʻalavelave laiti (siRNAs), ma RNAs fegalegaleai piwi (piRNAs). I totonu o nei mea, o miRNAs, e tusa ma le 18-25 nucleotides le umi, e matua iloga lava ona o latou matafaioi taua i le faʻatonutonuina o gaioiga eseese o sela. Faatasi ai ma mamanu faʻaalia faʻapitoa i aano ma tulaga faʻapitoa, o miRNAs e faʻaalia ai le puipuiga maualuga i ituaiga eseese.
Fa'avae: Illumina NovaSeq
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Fa'asologa o le CircRNA-Illumina
O le fa'asologa o le RNA fa'ata'amilomilo (circRNA-seq) e fa'amatala ma iloilo ai RNA fa'ata'amilomilo, o se vasega o molela'au RNA e fausia ai ni matasele tapuni ona o mea e le o ni fa'asologa masani, ma maua ai e lenei RNA le fa'ateleina o le mautu. E ui o nisi circRNA ua fa'aalia e galulue o ni siponi microRNA, e taofia ai microRNA ma taofia ai i latou mai le fa'atonutonuina o a latou mRNA fa'amoemoeina, ae o isi circRNA e ono fegalegaleai ma porotini, fa'atonutonu le fa'aalia o kene, pe i ai ni matafaioi i faiga o sela. O le auiliiliga o le fa'aalia o le circRNA e maua ai ni malamalamaga i matafaioi fa'atonutonu o nei molela'au ma lo latou taua i faiga eseese o sela, la'asaga o le atina'e, ma tulaga o fa'ama'i, e fesoasoani ai i se malamalamaga loloto i le lavelave o le fa'atonutonuina o le RNA i le tulaga o le fa'aalia o kene.
Fa'avae: Illumina Novaseq X
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Fa'asologa Atoa o le Transcriptome – Illumina
O le fa'asologa o le transcriptome a Wole e ofoina atu ai se auala atoatoa i le fa'avasegaina o molela'au RNA eseese, e aofia ai le fa'ailogaina (mRNA) ma RNA e le o fa'ailogaina (lncRNA, circRNA, ma le miRNA). O lenei metotia e pu'eina ai le transcriptome atoa o sela patino i se taimi atofaina, ma mafai ai ona malamalama atoatoa i faiga o sela.
Fa'avae o lo'o avanoa: Illumina Novaseq X
