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MRNA fa'asologa atoa-Nanopore
O le fa'asologa o le RNA o se meafaigaluega taua tele mo le auiliiliga o tusitusiga.E mautinoa lava, o le fa'asologa masani o faitau pupuu na ausia le tele o atina'e taua iinei.Ae ui i lea, e masani ona feagai ma tapulaʻa i faʻamatalaga isoform umi, faʻatusatusaga, faʻaituau PCR.
O le fa'asologa o Nanopore e 'ese'ese mai isi fa'asologa fa'asologa, ona o le nucleotides e faitau sa'o e aunoa ma le fa'asologa o DNA ma maua ai le faitau umi i le sefulu kilobases.O lenei mea e fa'amalosia ai le faitau sa'o o le fa'asalalauina o fa'amaumauga atoa ma le fa'afetaia'ia o lu'itau i su'esu'ega tulaga fa'aisoform.
Fa'avae：Nanopore PromethION
Faletusi:cDNA-PCR
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De novo Fa'asologa Transcriptome atoa -PacBio
De novofa'asologa fa'asologa atoa, e ta'ua fo'iDe novoO le Iso-Seq e faʻaaogaina le faʻasologa o le PacBio i le umi faitau, lea e mafai ai ona faʻatulagaina mole mole cDNA atoa e aunoa ma se malologa.Ole mea lea e 'alofia atoatoa ai so'o se mea sese e fa'atupu ile fa'asologa o fa'asalalauga fa'asalalau ma fau ai seti unigene fa'atasi ai ma le fa'ai'uga ole tulaga ole isoform.O nei seti unigene e maua ai fa'amatalaga fa'atupu mamana e pei o le "reference genome" ile transcriptome-level.E le gata i lea, o le tuʻufaʻatasia ma faʻamaumauga faʻasologa o augatupulaga, o lenei 'auʻaunaga e faʻamalosia se faʻatusatusaga saʻo o le faʻaaliga o le isoform-level.
Tulaga: PacBio Sequel IIFaletusi: faletusi logo SMRT -
Eukaryotic mRNA fa'asologa-Illumina
mRNA fa'asologa e mafai ai ona fa'ailoaina uma mRNA fa'aliliu mai sela i lalo o tulaga fa'apitoa.Ose tekonolosi malosi mo le fa'aaliaina o fa'amatalaga fa'aaliga o ga'o, fa'asologa o kenera ma faiga mole mole o nisi gaioiga fa'aola.E oʻo mai i le taimi nei, o le mRNA sequencing ua faʻaaogaina lautele i suʻesuʻega faʻavae, suʻesuʻega falemaʻi, atinaʻeina o vailaʻau, ma isi.
Fa'avae: Illumina NovaSeq 6000
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Le fa'asinomaga fa'avae mRNA fa'asologa-Illumina
O le fa'asologa o le mRNA e fa'aogaina le fa'asologa o le fa'asologa o le isi augatupulaga (NGS) e pu'e ai le avefe'au RNA(mRNA) fomu Eukaryote i se vaitaimi patino o lo'o fa'agaoioia ai nisi o galuega fa'apitoa.O le tusitusiga sili ona umi na fa'apipi'iina sa ta'ua o le 'Unigene' ma fa'aaogaina e fai ma fa'asologa fa'asologa mo su'esu'ega mulimuli ane, o se auala aoga lea e su'esu'e ai le mole mole ma feso'ota'iga fa'atulafonoina o le ituaiga e aunoa ma se fa'amatalaga.
Ina ua mae'a fa'aputuga fa'amaumauga fa'amaumauga ma fa'amatalaga fa'atino unigene
(1) Su'esu'ega SNP, su'esu'ega SSR, va'aiga CDS ma le fa'atulagaina o gene o le a fa'amuamua.
(2) Fa'atatauina o fa'amatalaga unigene i fa'ata'ita'iga ta'itasi o le a faia.
(3) O le a maua ni unigenes eseese i le va o faʻataʻitaʻiga (poʻo vaega) e faʻavae i luga ole faʻamatalaga unigene.
(4) Fa'avasegaina, fa'amatalaga fa'atino ma le fa'atamaoaigaina o su'esu'ega o unigenes fa'aalia eseese o le a faia.
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Fa'asologa umi e le fa'ailoga-Illumina
O RNA e le fa'asinotonu umi (lncRNAs) o se ituaiga mole mole RNA ma le umi e sili atu i le 200 nt, o lo'o fa'aalia i le maualalo o le gafatia o le coding.LncRNA, i le avea ai ma sui autu i RNA e le o faʻamaonia, e masani lava ona maua i totonu o le nucleus ma le plasma.O le atina'e i le fa'asologa o tekonolosi ma bioinformtics e mafai ai ona iloa le tele o lncRNAs fou ma fa'afeso'ota'i i latou o lo'o i ai galuega fa'aletino.O fa'amaumauga fa'aopoopo e fa'ailoa mai ai o le lncRNA o lo'o a'afia lautele i tulafono faatonutonu epigenetic, tulafono faatonutonu tusitusi ma tulafono faatonutonu pe a uma ona tusia.
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Laititi RNA fa'asologa-Illumina
Laiti RNA e faasino i se vasega o molelaula RNA e le fa'amaonia e masani ona itiiti ifo i le 200nt le umi, e aofia ai le micro RNA (miRNA), RNA fa'alavelave laiti (siRNA), ma le piwi-interacting RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) o se vasega o le RNA laʻititi laʻititi ma le umi e tusa ma le 20-24nt, lea e taʻalo ai le tele o matafaioi faʻatonutonu taua i sela.O le miRNA o loʻo aʻafia i le tele o faʻagasologa o le olaga e faʻaalia ai aano - faʻapitoa ma tulaga - faʻamatalaga faʻapitoa ma faʻasaoina i ituaiga eseese.
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circRNA fa'asologa-Illumina
O le fa'asologa atoa o le transcriptome ua mamanuina e fa'ailoa ai ituaiga uma o mole mole RNA, e aofia ai le coding (mRNA) ma le RNAs e le fa'amaonia (e aofia ai le lncRNA, circRNA ma le miRNA) lea e fa'aliliuina e sela patino i se taimi patino.O le fa'asologa atoa o tusitusiga, e ta'ua fo'i o le "total RNA sequencing" e fa'atatau i le fa'aaliaina o feso'ota'iga fa'atulafonoina atoatoa ile tulaga transcriptome.O le faʻaaogaina o tekonolosi NGS, faʻasologa o oloa transcriptome atoa o loʻo avanoa mo suʻesuʻega ceRNA ma suʻesuʻega RNA faʻatasi, lea e maua ai le laasaga muamua i le faʻaogaina o galuega.Faʻaalia le fesoʻotaʻiga faʻatonutonu o le circRNA-miRNA-mRNA faʻavae ceRNA.
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Fa'asologa o tusitusiga atoa - Illumina
O le fa'asologa atoa o le transcriptome ua mamanuina e fa'ailoa ai ituaiga uma o mole mole RNA, e aofia ai le coding (mRNA) ma le RNAs e le fa'amaonia (e aofia ai le lncRNA, circRNA ma le miRNA) lea e fa'aliliuina e sela patino i se taimi patino.O le fa'asologa atoa o tusitusiga, e ta'ua fo'i o le "total RNA sequencing" e fa'atatau i le fa'aaliaina o feso'ota'iga fa'atulafonoina atoatoa ile tulaga transcriptome.O le faʻaaogaina o tekonolosi NGS, faʻasologa o oloa transcriptome atoa o loʻo avanoa mo suʻesuʻega ceRNA ma suʻesuʻega RNA faʻatasi, lea e maua ai le laasaga muamua i le faʻaogaina o galuega.Faʻaalia le fesoʻotaʻiga faʻatonutonu o le circRNA-miRNA-mRNA faʻavae ceRNA.
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Prokaryotic RNA fa'asologa
Prokaryotic RNA sequencing e fa'aogaina ai le fa'asologa o augatupulaga (NGS) e fa'aalia ai le i ai ma le aofa'i o le RNA i se taimi, e ala i le su'esu'eina o le suiga o le transcriptome cellular.O le fa'asologa o le RNA prokaryotic a la matou kamupani, e fa'atatau tonu lava i prokaryotes ma genomes fa'asinomaga, tu'uina atu ia te oe fa'amatalaga fa'aliliuga, su'esu'ega o fa'atupu kenera, ma isi. Ua fa'aogaina lautele i su'esu'ega fa'asaienisi fa'avae, su'esu'ega vaila'au ma atina'e, ma isi mea.
Fa'avae: Illumina NovaSeq 6000
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Metatranscriptome Sequencing
Metatranscriptome sequencing inidentify gene expression of microbes (eukaryotes and prokaryotes) within natural environment (ie palapala, vai, sami, feces, and gut.) Aemaise lava, o nei auaunaga e mafai ai ona e maua atoa fa'amatalaga fa'aaliga gene profiling o lavelave microbial nuu, iloiloga taxonomic o ituaiga, su'esu'ega fa'atamaoaigaina fa'atino o kenera eseese fa'aalia, ma isi mea.
Fa'avae: Illumina NovaSeq 6000
