Fa'asologa Atoa o le Transcriptome – Illumina
Fa'aaliga
● Fa'alua le gaosiga o faletusi e fa'asologa ai le transcriptome atoa: faletusi o le fa'aitiitia o le rRNA ma le sauniuniga o faletusi RNA la'ititi.
● Su'esu'ega atoatoa o le bioinformatics o le mRNA, lncRNA, circRNA ma le miRNA i lipoti bioinformatics eseese, fa'atasi ai ma se su'esu'ega fa'atasi ma fa'aaliga uma o le RNA ua tu'ufa'atasia, e aofia ai le su'esu'ega o feso'ota'iga ceRNA.
Fa'amanuiaga o Auaunaga
●Tomai Faapitoa TeleUa matou fa'agasoloina le silia ma le 2100 galuega faatino atoa o le transcriptome, e aofia ai ituaiga eseese o fa'ata'ita'iga. Matou te aumaia le tele o tomai fa'apitoa i galuega faatino ta'itasi.
●Pulea Lelei o le Tulaga LeleiMatou te faʻatinoina vaega autu o le pulea i laʻasaga uma, mai le sauniuniga o faʻataʻitaʻiga i le sauniuniga o le faletusi, faʻasologa o suʻesuʻega ma faʻamatalaga faʻapitoa. O la matou mataʻituina ma le faʻaeteete e faʻamautinoa ai le tuʻuina atu o taunuuga maualuga le tulaga lelei.
●Fa'amatalaga AtoaMatou te faʻaaogaina le tele o faʻamaumauga e faʻailoa ai galuega a Differentially Expressed Genes (DEGs) ma faʻatino ai auʻiliʻiliga faʻamauoa talafeagai. O lenei auala atoatoa e maua ai ni malamalamaaga i faiga faʻaselula ma molecular o loʻo faʻavae i luga o le tali atu o le transcriptome, ma ia mautinoa e te mauaina faʻamatalaga uma e mafai e uiga i faʻamaumauga o lau faʻataʻitaʻiga.
●Su'esu'ega Loloto o Feso'ota'iga Fa'atonutonuE mafai ona faia le auiliiliga o feso'ota'iga a le ceRNA e ala i le fa'asologa fa'atasi o le mRNA, lncRNA, circRNA, ma le miRNA fa'apea fo'i ma se faiga atoa o le bioinformatic.
●Lagolago pe a uma le fa'ataugaMatou te malamalama i le tāua o le auai, o le mafuaʻaga lea e sili atu ai la matou tautinoga nai lo le maeʻa o le galuega faatino ma se vaitaimi e 3 masina pe a uma le faʻatau atu. I le taimi lea, matou te ofoina atu le faʻaauauina o le galuega faatino, fesoasoani i le foia o faʻafitauli, ma sauniga Fesili ma Tali e tali ai soʻo se fesili e fesoʻotaʻi ma iʻuga.
Mana'oga Fa'ata'ita'i ma le Tu'uina Atu
| Faletusi | Fuafuaga fa'asologa | Fa'amaumauga fautuaina | Puleaina o le Tulaga Lelei |
| Ua fa'aitiitia le rRNA | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Tele ua filifilia | Illumina SE50 | 10-20M faitauga |
Manaoga Faataitaiga:
Nukleotida:
| Fa'aputuga (ng/μl) | Aofa'i (μg) | Mama | Fa'amaoni |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 E fa'atapula'aina pe leai fo'i se fa'aleagaina o le porotini po'o le DNA o lo'o fa'aalia i le gel. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; fa'atapula'aina pe leai fo'i se si'itia fa'avae |
Fa'ata'ita'iga Fautuaina mo le Tu'uina Atu
Pusa: Paipa fa'aputu 2 ml (E le fautuaina le fa'aaogaina o le pepa apamemea)
Fa'ailoga fa'ata'ita'i: Vaega+fa'ata'ita'i e pei o le A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Felauaiga:
1. Aisa mago: E manaʻomia ona teuina faʻataʻitaʻiga i totonu o taga ma tanu i le aisa mago.
2. Paipa RNAstable: E mafai ona fa'amago fa'ata'ita'iga RNA i totonu o le paipa fa'amautu RNA (e pei o le RNAstable®) ma lafo i le vevela o le potu.
Tafega o Galuega Auaunaga
Fuafuaga o fa'ata'ita'iga
Fa'ata'ita'iga o le tu'uina atu
Aveeseina o le RNA
Fausiaina o le faletusi
Fa'asologa
Su'esu'ega o fa'amaumauga
Auaunaga pe a uma le fa'atau atu
Fa'amatalaga Fa'a-Bio
I luga o au'ili'iliga uma i ituaiga ta'itasi, o ituaiga RNA e 4 ua tu'ufa'atasia i la matou au'ili'iliga fa'atasi:
- Su'esu'ega o le fa'atasia o fa'amatalaga i le va o ituaiga eseese uma o fa'amaumauga RNA
- Aotelega o le fa'aalia o le RNA
- Aotelega o fa'aaliga eseese
- Feso'ota'iga a le CeRNA
- O kene autū ua tu'ufa'atasia i le auala
- Su'esu'ega o le puipuiga o le siosiomaga
- Feso'ota'iga fa'atatau
Aotelega o le fa'aalia o le RNA
Genes Fa'aalia Eseese
su'esu'ega o le ceRNA
MiRNA eseese fa'aalia ma RNA feso'ota'i
Su'esu'e le alualu i luma o su'esu'ega na fa'afaigofieina e le auaunaga atoa o le fa'asologa o tusitusiga a le BMKGene e ala i se fa'aputuga o lomiga ua filifilia.
Dai, Y. et al. (2022) 'Fa'amatalaga atoatoa o le fa'aalia o mRNA, lncRNA ma miRNA i le fa'ama'i Kashin-Beck ua fa'ailoaina e ala i le fa'asologa o le RNA',Molecular Omics, 18(2), itulau 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Su'esu'ega atoa o tusitusiga o le tete'e atu i le malulu o Apis cerana i le Mauga o Changbai i le taimi o le taumalulu.',Gene, 830, itulau 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ ma isi. (2022) 'Fa'amuamua e Fa'avae i le Tu'ufa'atasia o le Multi-Omics o Feso'ota'iga Fa'atonutonu RNA Endogenous Tauva i le Kanesa o le Mama Laiti: Uiga Fa'a-molekula ma Sui Tauva mo Vaila'au',Tuaoi i le Oncology, 12, itulau. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'O le su'esu'ega tu'ufa'atasi o fa'amatalaga o le lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ua fa'aalia ai ni malamalamaga fou i ni auala e ono mafai ona tali atu ai i nematodes o le root-knot i le pinati',BMC Genomics, 23(1), itulau 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/ATA/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'O le fa'asologa atoa o le RNA o le tusitusiga atoa e fa'amamafaina ai faiga fa'amolekula e feso'ota'i ma le tausiga o le lelei o le seleselega pe a uma le seleselega i le broccoli e ala i le fa'avevela o le LED mumu',Biology ma Tekonolosi o le Pe a Uma le Seleselega, 188, i. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
