Isbarbardhigga Genomics
Faa'iidooyinka Adeegga
●Khibrad ballaaran iyo diiwaanno daabacaad: iyadoo la ururiyay, BMKGene waxay dhammaystirtay in ka badan 90 mashruuc oo isbarbardhig ah oo ku saabsan genomics, iyadoo saameynta guud ay gaartay 900.
●Falanqaynta dhammaystiran ee macluumaadka bayoinformaticsXirmada falanqaynta waxay ka kooban tahay siddeed falanqayn oo ugu badan ee loo baahan yahay, iyadoo bixinaysa tirooyin diyaar u ah in la daabaco oo si fiican loo qaabeeyey isla markaana u oggolaanaya fasiraad fudud oo natiijooyinka ah
●Kooxda bioinformatics oo xirfad sare leh iyo wareeg falanqayn gaaban: Iyadoo khibrad weyn u leh falanqaynta isbarbardhigga hidde-sideyaasha, kooxda BMKGene waxay fulisaa baahiyo falanqayn shaqsiyeed oo kala duwan waqti gaaban gudaheed
●Taageerada Iibka Kadib:Ballanqaadkeennu wuxuu ka baxsan yahay dhammaystirka mashruuca iyadoo la adeegsanayo muddo 3 bilood ah oo adeeg ah ka dib iibka. Inta lagu jiro waqtigan, waxaan bixinnaa dabagalka mashruuca, caawinta xallinta dhibaatooyinka, iyo fadhiyada su'aalaha iyo jawaabaha si wax looga qabto su'aalaha la xiriira natiijooyinka.
Tilmaamaha Adeegga
| Waqtiga lagu qiyaasay soo noqoshada | Tirada noocyada | Falanqaynta |
| 30 maalmood oo shaqo ah | 6 - 12 | Kala-soocidda qoyska hiddaha Ballaarinta qoyska hidde-sidaha iyo isku-soo-ururinta Dhismaha geedka phylogenetic Qiyaasta waqtiga kala duwanaanshaha (Qaabaynta fosil-ka ayaa loo baahan yahay) Waqtiga gelinta LTR (Dhirta) Nuqulka hidde-sidaha oo dhan (Dhirta) Cadaadis xulasho ah Falanqaynta Isku-dhafka |
Falanqaynta bayoinformatics
● Qoyska Hidde-sidaha
● Phylogenetics-ka
● Waqtiga kala-guurka
● Cadaadis xulasho ah
● Falanqaynta Isku-dhafka ah
Shuruudaha Muunadda iyo Bixinta
Shuruudaha Muunadda:
Unug ama DNA loogu talagalay taxanaha iyo isu-imaatinka hidde-sideyaasha
Unugyada
| Noocyada | Unug | Sahamin | PacBio CCS |
| Xayawaanka | Unugyada Visceral | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Unugyada murqaha | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 mL | |||
| Dhiigga naasleyda | |||
| ≥ 0.5 mL | |||
| Dhiigga digaagga/Kalluun | |||
| Warshad | Caleen Cusub | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Ubax/Jirid | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Xidid/Iniin | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Unugyada | Unug dhaqan leh | - | ≥ 1 x 108 |
Xogta
Faylasha taxanaha hidda-wadaha (.fasta) iyo faylasha sharraxaadda (.gff3) ee noocyada isku xiran ee aadka isugu dhow
Socodka Shaqada Adeegga
Naqshadeynta tijaabada
Bixinta muunad
Dhismaha maktabadda
Taxanaha
Falanqaynta Xogta
Adeegyada iibka kadib
*Natiijooyinka demo ee halkan lagu muujiyay dhammaantood waa hidde-sideyaal lagu daabacay Biomarker Technologies.
1. Qiyaasta waqtiga gelinta LTR: Jaantusku wuxuu muujiyay qaybin bimodal ah oo gaar ah waqtiyada gelinta LTR-RTs ee hidde-sidaha rye-ga Weining, marka la barbar dhigo noocyada kale. Ugu sarreysa ugu dambeeyay wuxuu soo muuqday qiyaastii 0.5 milyan oo sano ka hor.
Li Guang iyo kuwa kale,Hidde-sidayaasha Dabeecadda, 2021
2. Falanqaynta qoyska hidde-sidaha iyo hidde-sidaha ee chayote (Sechium edule): Markii la falanqeeyay chayote iyo 13-ka nooc ee kale ee la xiriira qoyska hidde-sidaha, Chayote waxaa la ogaaday inay aad ugu dhow yihiin hidde-sidaha abeesada (Trichosanthes anguina). Chayote oo laga soo qaatay hidde-sidaha abeesada qiyaastii 27-45 Mya iyo nuqulka hidde-sidaha oo dhan (WGD) ayaa lagu arkay chayote 25±4 Mya, taasoo ah dhacdadii saddexaad ee WGD ee cucuibitaceae.
Fu A iyo kuwa kale,Cilmi-baarista Beeraha, 2021
3. Falanqaynta Synteny: Hiddo-sidayaasha qaarkood ee la xiriira phytohormones-ka koritaanka miraha waxaa laga helay chayote, abeeso gourd iyo bocor. Xiriirka ka dhexeeya chayote iyo bocorka ayaa wax yar ka sarreeya kan u dhexeeya chayote iyo abeeso gourd.
Fu A iyo kuwa kale,Cilmi-baarista Beeraha, 2021
4. Falanqaynta Qoyska Hidde-sidayaasha: Kobcinta KEGG ee ku saabsan ballaarinta qoyska hidda-sidayaasha iyo isku-soo-ururinta hidda-sidayaasha G.thurberi iyo G.davidsonii waxay muujisay in hidda-sidayaasha la xiriira biosynthesis-ka steroid-ka iyo brassinosteroid-ka la ballaariyay.
Yang Z iyo kuwa kale,Bayoolajiga BMC, 2021
5. Falanqaynta nuqulka hidde-sideyaasha oo dhan: Falanqaynta qaybinta 4DTV iyo Ks waxay muujisay dhacdo nuqulka hidde-sideyaasha oo dhan. Meelaha ugu sarreeya ee noocyada gudaha ah waxay muujiyeen dhacdooyin nuqul ah. Meelaha ugu sarreeya ee noocyada kala duwan waxay muujiyeen dhacdooyin nooc ah. Falanqaynta waxay muujisay in marka la barbardhigo saddexda nooc ee kale ee aadka isugu dhow, O. europaea ay soo martay nuqul hidde-side oo ballaaran dhawaan.
Rao G et al.,Cilmi-baarista Beeraha, 2021
Kiiska BMK
Ubax aan lahayn dalool: aragtiyo hidde ah oo la xiriira la qabsiga qoyaanka
La daabacay: Dib u Eegista Sayniska Qaranka, 2021
Istaraatiijiyadda taxanaha:
'Basye'sThornless' (R.Wichurainan) hiddo-sidayaasha:
Qiyaastii 93 X PacBio + qiyaastii 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Natiijooyinka muhiimka ah
1. Hidde-sidayaasha R.wichuriana ee tayada sare leh waxaa lagu dhisay iyadoo la adeegsanayo farsamooyin taxane ah oo waqti dheer la akhriyey, kuwaas oo soo saara isku-darka 530.07 Mb (Cabbirka hid-sidayaasha ee la qiyaasay wuxuu ahaa qiyaastii 525.9 Mb iyadoo loo eegayo cytometry-ga socodka iyo 525.5 iyadoo loo eegayo sahanka hid-sidayaasha; Heterozygosity wuxuu ahaa qiyaastii 1.03%). Dhibcaha lagu qiyaasay BUSCO waxay ahayd 93.9%. Marka la barbardhigo "Blush Hore" (haploOB), tayada iyo dhammaystirnaanta hid-sidayaashan waxaa lagu xaqiijiyay saxnaanta saldhigga hal-saldhigga iyo tusmada isu-imaatinka LTR (LAI=20.03). Hidde-sidayaasha R.wichuriana waxay ka kooban yihiin 32,674 hid-sidayaasha koodhaynta borotiinka.
2. Falanqaynta wadajirka ah ee Multi-omics, oo ka kooban isbarbardhigga genomics, transcriptomics, falanqaynta QTL ee dadka hidde-sidaha, ayaa shaaca ka qaaday kala duwanaanshaha muhiimka ah ee u dhexeeya R. wichuriaana iyo Rosa chinensis. Sidoo kale, kala duwanaanshaha muujinta hidde-sideyaasha la xiriira ee QTL waxay u badan tahay inay la xiriirto qaabaynta xinjirowga asliga ah.
Falanqaynta hidde-sideyaasha isbarbardhigga ah ee u dhexeeya Thornless iyo Rosa chinensis ee Basye oo ay ku jiraan falanqaynta synteny, kooxda qoyska hidde-sideyaasha, falanqaynta ballaarinta iyo isku-soo-ururinta, ayaa muujisay tiro badan oo kala duwanaansho ah, kuwaas oo la xiriira sifooyin muhiim ah oo ku jira ubaxyada. Ballaarinta gaarka ah ee qoyska hidde-sideyaasha NAC iyo FAR1/FRS waxay aad ugu dhowdahay inay la xiriirto iska caabbinta booska madow.
Falanqaynta hidde-sideyaasha isbarbardhigga ah ee u dhexeeya hidde-sideyaasha BT iyo haploOB.
Zhong, M., iwm. “Ubax aan lahayn dalool: aragtiyaha hidde-sideyaasha ee la xiriira la qabsiga qoyaanka”Dib u Eegista Sayniska Qaranka, 2021;, nwab092.
