-
Dhirta/Xayawaanka De novo Genome Sequencing
De novoisku xigxiga waxaa loola jeedaa dhismaha genome-ga nuucyada oo dhan iyadoo la adeegsanayo tignoolajiyada isku xigxiga, tusaale ahaan PacBio, Nanopore, NGS, iwm., iyadoo maqnaanshaha genome tixraaceed.Horumarka cajiibka ah ee dhererka akhriska ee jiilka saddexaad ee tignoolajiyada isku xigxiga ayaa keenay fursado cusub oo lagu ururiyo genome-ka adag, sida kuwa leh heterozygosity sare, saamiga sare ee gobollada soo noqnoqda, polyploids, iwm. xallinta canaasiirta soo noqnoqda, gobollo ka kooban GC aan caadi ahayn iyo gobollo kale oo aad u adag.
Platform: PacBio Sequel II/Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Golaha Genome ee saldhigiisu yahay Hi-C
Hi-C waa hab loogu talagalay in lagu qabto qaabeynta koromosoomyada iyadoo la isku darayo isdhexgalka ku saleysan dhowaanshaha iyo isku xigxiga sareynta.Xoogga is dhexgalkaan ayaa la rumeysan yahay inay si xun ula xiriirto fogaanta jireed ee koromosoomyada.Sidaa darteed, xogta Hi-C waxay hagi kartaa ururinta, dalbashada iyo jihaynta taxanaha la isugu keenay ee hiddo-wadaha qabyada ah iyo ku xidhidhiyaha tiro cayiman oo koromosoomyo ah.Farsamadani waxay awood siinaysaa isu imaatinka heerka koromosoomyada iyadoo ay maqan tahay khariidad hidde-wadaaga dadweynaha.Genom kasta wuxuu u baahan yahay Hi-C.
Platform: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Hiddaha Kobcinta
Hidde-raaca korriinka waa adeeg isku xigxig ah oo bakooban oo loogu talagalay in lagu bixiyo tafsiir dhammaystiran oo ku saabsan macluumaadka kobcinta agabka la bixiyay ee ku salaysan kala duwanaanshaha hidde-sideyaasha, oo ay ku jiraan SNPs, InDels, SVs iyo CNVs.Waxay bixisaa dhammaan falanqaynta aasaasiga ah ee loo baahan yahay si loo qeexo isbeddellada kobcinta iyo astaamaha hidda-wadaha ee dadyowga, sida qaab-dhismeedka dadweynaha, kala duwanaanshaha hidde-sidaha, xiriirka phylogeny, iwm. Waxa kale oo ay ka kooban tahay daraasado ku saabsan qulqulka hidda-wadaha, taas oo awood u siinaysa qiyaasta cabbirka dadweynaha ee waxtarka leh, wakhtiga kala duwanaanshaha.
-
Isbarbardhigga Genomics
Genomics isbarbardhigga macno ahaan macnaheedu waa isbarbardhigga taxanaha genome-ga oo dhammaystiran iyo qaababka noocyada kala duwan.Anshaxaani waxay ujeedadeedu tahay muujinta horumarka noocyada, shaqada hidda-wadaha, habka nidaaminta hidda-wadaha ee heerka genome iyada oo la aqoonsanayo qaababka isku xigxiga iyo walxaha la dhawray ama lagu kala soocay noocyada kala duwan.Daraasada genomics isbarbardhigga caadiga ah waxaa ka mid ah falanqaynta qoyska hiddaha, horumarka korriinka, nuqulka hiddo-wadaha oo dhan, cadaadiska xulashada, iwm.
-
Falanqaynta Segregant Bulked
Falanqaynta kala qaybsanaanta badan (BSA) waa farsamo loo isticmaalo in si degdeg ah loo aqoonsado calaamadaha hidde-sideyaasha la xidhiidha phenotype.Socodka shaqada ee ugu weyn ee BSA waxa ka mid ah xulashada laba kooxood oo shakhsiyaad ah oo leh muuqaalo iska soo horjeeda, isku geynta DNA ee shakhsiyaadka oo dhan si ay u sameeyaan laba qaybood oo DNA ah, caddaynta isku xigxiga kala duwanaanshaha labada barkadood.Farsamadan ayaa si aad ah loogu shaqeeyay in lagu aqoonsado calaamadaha hidda-socodka oo si xooggan loola xiriiriyo hiddo-sidaha la beegsaday ee hidde-sideyaasha dhirta/xoolaha.
