BMKCloud Log in
条形 banner-03

Produktet

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Sekuenca e amplikonit 16S/18S/ITS synon të zbulojë filogjeninë, taksonominë dhe bollëkun e specieve në një komunitet mikrobik duke hetuar produktet PCR të shënuesve gjenetikë të mirëmbajtjes që përmbajnë pjesë shumë të diskutueshme dhe hiperndryshuese.Prezantimi i këtyre gjurmëve të gishtave molekularë të përsosur nga Woeses et al, (1977) fuqizon profilin e mikrobiomit pa izolim.Sekuenca e 16S (baktereve), 18S (kërpudhave) dhe spacer i brendshëm i transkriptuar (ITS, kërpudha) lejon identifikimin e specieve të bollshme, si dhe specieve të rralla dhe të paidentifikuara.Kjo teknologji është bërë një mjet i përdorur gjerësisht dhe kryesor në identifikimin e përbërjeve diferenciale mikrobike në mjedise të ndryshme, si goja e njeriut, zorrët, feçet, etj.

Platforma:Platforma Illumina NovaSeq


Detajet e Shërbimit

Rezultatet e demonstrimit

Rast studimi

Avantazhet e Shërbimit

● Identifikimi pa izolim dhe i shpejtë i përbërjes mikrobike në mostrat mjedisore

● Rezolucioni i lartë në komponentë me bollëk të ulët në mostrat mjedisore

● QIIME2 më i fundit që analizon rrjedhën me analiza të ndryshme për sa i përket bazës së të dhënave, shënimeve, OTU/ASV.

● Performancë e lartë, saktësi më e lartë

● I aplikueshëm për studime të ndryshme të komunitetit mikrobial

● BMK zotëron përvojë të gjerë me mbi 100,000 mostra/vit, duke mbuluar tokën, ujin, gazin, llumin, feçet, zorrët, lëkurën, lëngun e fermentimit, insektet, bimët, etj.

● BMKCloud lehtësoi interpretimin e të dhënave që përmban 45 mjete të personalizuara analizimi

Specifikimet e Shërbimit

SekuencaPlatforma

Librari

Rendimenti i rekomanduar i të dhënave

Koha e parashikuar e rrotullimit

Platforma Illumina NovaSeq

PE250

50K/100K/300K Etiketa

30 dite

Analizat bioinformatike

● Kontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara

● Grupimi OTU/De-zhurma (ASV)

● Shënim OTU

● Diversiteti alfa

● Diversiteti beta

● Analiza ndër-grupore

● Analiza e shoqërimit kundrejt faktorëve eksperimentalë

● Parashikimi i gjeneve të funksionit

16S

Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi

Kërkesat e mostrës:

PërEkstraktet e ADN-së:

Lloji i mostrës

Shuma

Përqendrimi

Pastërti

Ekstraktet e ADN-së

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Për mostrat mjedisore:

Lloji i mostrës

Procedura e rekomanduar e kampionimit

Dheu

Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Substanca e mbetur e tharë duhet të hiqet nga sipërfaqja;Grini copa të mëdha dhe kaloni nëpër filtër 2 mm;Caktoni mostra në tub EP steril ose cyrotube për rezervim.

Feçet

Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat në tub EP steril ose kriotubë për rezervim.

Përmbajtja e zorrëve

Mostrat duhet të përpunohen në kushte aseptike.Lani indet e mbledhura me PBS;Centrifugoni PBS dhe mblidhni precipitantin në tuba EP.

Llum

Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat e llumit në tub EP steril ose kriotubë për rezervim

Trupi ujor

Për mostrën me sasi të kufizuar mikrobik, si p.sh. uji i rubinetit, uji i pusit, etj., Mblidhni të paktën 1 L ujë dhe kaloni përmes filtrit 0,22 μm për të pasuruar mikrobet në membranë.Ruajeni membranën në një tub steril.

Lëkura

Fërkoni me kujdes sipërfaqen e lëkurës me një shtupë pambuku steril ose teh kirurgjikale dhe vendoseni në tub steril.

Dorëzimi i mostrës së rekomanduar

Ngrini mostrat në azot të lëngshëm për 3-4 orë dhe ruajini në azot të lëngshëm ose -80 gradë deri në rezervim afatgjatë.Kërkohet dërgimi i mostrës me akull të thatë.

Rrjedha e punës së shërbimit

dorëzimi i mostrës

Dorëzimi i mostrës

Përgatitja e Bibliotekës

Ndërtimi i bibliotekës

Sekuenca

Sekuenca

Analiza e të dhënave

Analiza e të dhënave

Shërbimet pas shitjes

Shërbimet pas shitjes


  • E mëparshme:
  • Tjetër:

  • 1.Shpërndarja e specieve

    3

    2. Harta e nxehtësisë: Grumbullimi i pasurisë së specieve

    4

    3.Kurba e fraksionit të rrallë

    5

    4.Analiza NMDS

    6

    5.Analiza Lefse

    7

     

     

     

    Rasti BMK

    Individët obezë me dhe pa diabet të tipit 2 tregojnë kapacitete dhe përbërje të ndryshme funksionale mikrobike të zorrëve

    Publikuar:Pritësi i celularit dhe mikrobi, 2019

    Strategjia e renditjes:

    Jo-diabet i dobët (n=633);Jo-diabet obez (n=494);Diabeti obez i tipit 2 (n=153);
    Rajoni i synuar: 16S rADN V1-V2
    Platforma: Illumina Miseq (sekuenca e amplikonit e bazuar në NGS)
    Nëngrupi i ekstrakteve të ADN-së iu nënshtruan renditjes metagjenomike në Illumina Hiseq

    Rezultatet kryesore

    Profilimet mikrobike të këtyre sëmundjeve metabolike u diferencuan me sukses.
    Duke krahasuar veçoritë mikrobike të krijuara nga sekuenca 16S, u zbulua se obeziteti lidhet me ndryshimet në përbërjen mikrobike, veçoritë individuale, veçanërisht rënie të konsiderueshme në Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etj. Përveç kësaj, T2D u gjet e lidhur me rritjen e Escherichia/shigella .

    Referenca

    Thingholm, LB, et al."Individët obezë me dhe pa diabet të tipit 2 tregojnë kapacitet dhe përbërje të ndryshme funksionale mikrobike të zorrëve."Pritësi i qelizave dhe mikrobi26.2 (2019).

     

    të marrë një kuotë

    Shkruani mesazhin tuaj këtu dhe na dërgoni

    Na dërgoni mesazhin tuaj: