BMKCloud Log in
条形 banner-03

Produktet

Analiza e ndarë e madhe

Analiza e segregantëve në masë (BSA) është një teknikë e përdorur për të identifikuar shpejt shënuesit gjenetikë të lidhur me fenotipin.Rrjedha kryesore e punës së BSA përmban zgjedhjen e dy grupeve të individëve me fenotipe jashtëzakonisht të kundërta, duke bashkuar ADN-në e të gjithë individëve për të formuar dy pjesë të ADN-së, duke identifikuar sekuencat diferenciale midis dy grupeve.Kjo teknikë është përdorur gjerësisht në identifikimin e shënuesve gjenetikë të lidhur fort nga gjenet e synuara në gjenomet e bimëve/kafshëve.


Detajet e Shërbimit

Rezultatet e demonstrimit

Rast studimi

Avantazhet e Shërbimit

12

Takagi et al., Revista e bimëve, 2013

● Lokalizimi i saktë: Përzierja e pjesëve të mëdha me 30+30 deri në 200+200 individë për të minimizuar zhurmën në sfond;Parashikimi i rajonit kandidat jo-sinonim i bazuar në mutantët.

● Analizë gjithëpërfshirëse: Shënim i thelluar i funksionit të gjenit kandidat, duke përfshirë NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etj.

● Koha më e shpejtë e kthimit: Lokalizimi i shpejtë i gjenit brenda 45 ditëve të punës.

● Përvojë e gjerë: BMK ka kontribuar në lokalizimin e mijëra tipareve, duke mbuluar lloje të ndryshme si kulturat, produktet ujore, pyjet, lulet, frutat, etj.

Specifikimet e Shërbimit

Popullatë:
Ndarja e pasardhësve të prindërve me fenotipe të kundërta.
p.sh. pasardhës F2, kryqëzim prapa (BC), linjë inbred rekombinante (RIL)

Pishina e përzierjes
Për tipare cilësore: 30 deri në 50 individë (minimumi 20) / pjesa më e madhe
Për tratis sasiore: 5% deri në 10% individë me fenotipe ekstreme në të gjithë popullatën (minimumi 30+30).

Thellësia e rekomanduar e renditjes
Të paktën 20X/prind dhe 1X/individ pasardhës (p.sh. për grupin e përzierjes së pasardhësve prej 30+30 individësh, thellësia e renditjes do të jetë 30X për pjesën më të madhe)

Analizat bioinformatike

● Resekuenca e të gjithë gjenomit
 
● Përpunimi i të dhënave
 
● Thirrje SNP/Indel
 
● Ekzaminimi i rajonit kandidat
 
● Shënimi i funksionit të gjenit kandidat

流程图-BS-A1

Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi

Kërkesat e mostrës:

Nukleotidet:

Mostra e gADN-së

Mostra e indit

Përqendrimi: ≥30 ng/μl

Bimët: 1-2 g

Sasia: ≥2 μg (Vëllimi ≥15 μl)

Kafshët: 0,5-1 g

Pastërtia: OD260/280= 1.6-2.5

Gjak i plotë: 1.5 ml

Rrjedha e punës së shërbimit

Shembull QC

Dizajni i eksperimentit

dorëzimi i mostrës

Dorëzimi i mostrës

Eksperiment pilot

Ekstraktimi i ARN-së

Përgatitja e Bibliotekës

Ndërtimi i bibliotekës

Sekuenca

Sekuenca

Analiza e të dhënave

Analiza e të dhënave

Shërbimet pas shitjes

Shërbimet pas shitjes


  • E mëparshme:
  • Tjetër:

  • 1.Baza e analizës së asociacionit në Distanca Euklidiane (ED) për të identifikuar rajonin kandidat.Në figurën e mëposhtme

    Boshti X: Numri i kromozomit;Çdo pikë përfaqëson një vlerë ED të një SNP.Vija e zezë korrespondon me vlerën e përshtatur ED.Një vlerë më e lartë e ED tregon një lidhje më të rëndësishme midis vendit dhe fenotipit.Vija e kuqe e vizës përfaqëson pragun e lidhjes domethënëse.

    mRNA-FLNC-shpërndarja e gjatësisë së leximit

     

    2.Analiza e shoqatës nuk bazohet në indeks SNP

    Boshti X: Numri i kromozomit;Çdo pikë përfaqëson vlerën e indeksit SNP.Vija e zezë qëndron për vlerën e përshtatur të indeksit SNP.Sa më e madhe të jetë vlera, aq më e rëndësishme është lidhja.

    mRNA-Shpërndarja e plotë-ORF-gjatësi

     

    Rasti BMK

    Lokusi i tipareve sasiore me efekt të madh Fnl7.1 kodon një proteinë të bollshme të embriogjenezës së vonë të lidhur me gjatësinë e qafës së frutave në kastravec

    Publikuar: Revista e Bioteknologjisë së Bimëve, 2020

    Strategjia e renditjes:

    Prindërit (Jin5-508, YN): Resekuenca e të gjithë gjenomit për 34× dhe 20×.

    Grupet e ADN-së (50 me qafë të gjatë dhe 50 me qafë të shkurtër): Resekuenca për 61× dhe 52×

    Rezultatet kryesore

    Në këtë studim, ndarja e popullsisë (F2 dhe F2: 3) u krijua duke kryqëzuar linjën e kastravecit me qafë të gjatë Jin5-508 dhe YN me qafë të shkurtër.Dy pishina ADN-je u ndërtuan nga 50 individë ekstremë me qafë të gjatë dhe 50 individë ekstremë me qafë të shkurtër.QTL me efekt të madh u identifikua në Chr07 nga analiza BSA dhe hartëzimi tradicional i QTL.Rajoni kandidat u ngushtua më tej nga harta e imët, sasia e shprehjes së gjeneve dhe eksperimentet transgjenike, të cilat zbuluan gjenin kyç në kontrollin e gjatësisë së qafës, CsFnl7.1.Për më tepër, polimorfizmi në rajonin e promotorit CsFnl7.1 u zbulua se ishte i lidhur me shprehjen përkatëse.Analiza e mëtejshme filogjenetike sugjeroi se vendndodhja Fnl7.1 ka shumë të ngjarë të jetë me origjinë nga India.

    PB-full-length-ARN-Sequencing-case-studim

    Harta QTL në analizën BSA për të identifikuar rajonin kandidat të lidhur me gjatësinë e qafës së kastravecit

    PB-alternative-arn-arn-lidhja me gjatësi të plotë

    Profilet LOD të QTL me gjatësi deri në qafën e kastravecit të identifikuar në Chr07

     
    Referenca

    Xu, X., etj."Vendodhja e tipareve sasiore me efektin kryesor Fnl7.1 kodon një proteinë të bollshme të embriogjenezës së vonë të lidhur me gjatësinë e qafës së frutave në kastravec."Revista e Bioteknologjisë Bimore 18.7 (2020).

    të marrë një kuotë

    Shkruani mesazhin tuaj këtu dhe na dërgoni

    Na dërgoni mesazhin tuaj: