Gjenomika krahasuese
Avantazhet e Shërbimit
● Paketa gjithëpërfshirëse e analizave, që përmban tetë analizat më të kërkuara
● Besueshmëri e lartë në analizë me interpretim të detajuar dhe lehtësisht të kuptueshëm të rezultateve
● Figurat e dizajnuara mirë të gatshme për publikim
● Ekipi i bioinformatikës me kualifikim të lartë plotëson kërkesa të ndryshme të personalizuara për analiza
● Koha më e shkurtër e rrotullimit me saktësi më të lartë në analizë
● Eksperiencë e bollshme me mbi 90 raste të suksesshme me ndikim akumulues të publikuar mbi 900
Specifikimet e Shërbimit
| Koha e parashikuar e rrotullimit | Numri i specieve | Analizon |
| 30 ditë pune | 6 - 12 | Grumbullimi i familjes së gjeneve Zgjerimi dhe tkurrja e familjes së gjeneve Ndërtimi filogjenetik i pemës Vlerësimi i kohës së divergjencës (kërkohet kalibrimi i fosileve) Koha e futjes së LTR (Për bimët) Dyfishimi i plotë i gjenomit (Për bimët) Presioni selektiv Analiza e sintenisë |
Analizat bioinformatike
● Familja e gjeneve
● Filogjenetika
● Koha e divergjencës
● Presioni selektiv
● Analiza sintenike
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës:
Ind ose ADN për renditjen dhe montimin e gjenomit
Për indet
| Llojet | Indi | Anketa | PacBio CCS |
| Kafshë | Indi visceral | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Ind muskulor | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 ml | |||
| Gjaku i gjitarëve | |||
| ≥ 0.5 ml | |||
| Gjaku i shpendëve/peshkut | |||
| Bimë | Gjeth i freskët | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Petal/Kërcell | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Rrënja / Fara | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Qelizat | Qelizë e kultivuar | - | ≥ 1 x 108 |
Të dhënat
Skedarët e sekuencës së gjenomit (.fasta) dhe skedarët e shënimeve (.gff3) të specieve të lidhura ngushtë
Rrjedha e punës së shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
*Rezultatet demonstruese të paraqitura këtu janë të gjitha nga gjenomet e publikuara me Biomarker Technologies
1. Vlerësimi i kohës së futjes së LTR: Figura tregon një shpërndarje unike bimodale në kohët e futjes së LTR-RT në gjenomin e thekrës Weining, krahasuar me speciet e tjera.Maja më e fundit u shfaq rreth 0.5 milion vjet më parë.
Li Guang et al.,Gjenetika e Natyrës, 2021
2. Analiza e filogjenisë dhe e familjes së gjeneve mbi kajotin (Sechium edule): Duke analizuar kajotin dhe 13 speciet e tjera të lidhura në familjen e gjeneve, u zbulua se Chayote ishte më i afërt me pagurin e gjarprit (Trichosanthes anguina).Kajoti që rrjedh nga paguri i gjarprit në rreth 27-45 Mya dhe dyfishimi i plotë i gjenomit (WGD) u vu re në kajotë në 25±4 Mya, që është ngjarja e tretë WGD në cucuibitaceae.
Fu A et al.,Hulumtimi i Hortikulturës, 2021
3. Analiza Synteny: Disa gjene që lidhen me fitohormonet në zhvillimin e frutave u gjetën në kajotë, pagur gjarpëri dhe kungull.Korrelacioni midis kajotës dhe kungullit është pak më i lartë se ai midis pagurit të kajotës dhe gjarprit.
Fu A et al.,Hulumtimi i Hortikulturës, 2021
4.Analiza e familjes së gjeneve: Pasurimi i KEGG në zgjerimin dhe tkurrjen e familjes së gjeneve në gjenomet G.thurberi dhe G.davidsonii tregoi se biosinteza e steroideve dhe gjenet e lidhura me biosintezën brassinosteroid u zgjeruan.
Yang Z et al.,BMC Biologji, 2021
5.Analiza e dyfishimit të gjenomit të plotë: Analiza e shpërndarjes 4DTV dhe Ks tregoi ngjarjen e dyfishimit të të gjithë gjenomit.Majat e intraspecieve treguan ngjarje të dyfishimit.Majat e ndërspecieve treguan ngjarje të speciacionit.Analiza tregoi se krahasuar me tre speciet e tjera të lidhura ngushtë, O. europaea kaloi nëpër një dublikim gjenesh në shkallë të gjerë kohët e fundit.
Rao G et al.,Hulumtimi i Hortikulturës, 2021
Rasti BMK
Trëndafil pa gjemba: njohuri gjenomike të lidhura me përshtatjen e lagështisë
Publikuar: Rishikimi Kombëtar i Shkencës, 2021
Strategjia e renditjes:
'Basye'sPa gjemba' (R.Wichurainan) gjenomi:
Përafërsisht.93 X PacBio + përafërsisht.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Rezultatet kryesore
1. Gjenomi R.wichuraiana me cilësi të lartë u ndërtua duke përdorur teknika të sekuencave të lexuara gjatë, të cilat japin një asamble prej 530.07 Mb (Madhësia e vlerësuar e gjenomit ishte afërsisht 525.9 Mb nga citometria e rrjedhës dhe 525.5 nga anketa e gjenomit; Heterozigoziteti ishte rreth 11.03%).Rezultati i vlerësuar i BUSCO ishte 93.9%.Krahasuar me "Skuqjen e Vjetër" (haploOB), cilësia dhe plotësia e këtij gjenomi u konfirmua nga saktësia e bazës me një bazë dhe indeksi i montimit LTR (LAI=20.03).Gjenomi R.wichuraiana përmban 32674 gjene koduese të proteinave.
2. Analiza e përbashkët multi-omics, e përbërë nga gjenomika krahasuese, transkriptomika, analiza QTL e popullatës gjenetike, zbuloi speciacionin vendimtar midis R. wichuraiana dhe Rosa chinensis.Gjithashtu, variacioni i shprehjes së gjeneve të lidhura në QTL ka të ngjarë të shoqërohet me modelimin e gjembave të trungut.
Analiza krahasuese e gjenomikës midis Basye;s Thornless dhe Rosa chinensis duke përfshirë analizën e syntenisë, grupimin e familjes së gjeneve, analizën e zgjerimit dhe tkurrjes, zbuloi një numër të madh variacionesh, të cilat lidhen me tiparet thelbësore në trëndafila.Zgjerimi unik në familjen e gjeneve NAC dhe FAR1/FRS kishte shumë të ngjarë të shoqërohej me rezistencën ndaj njollave të zeza.
Analiza krahasuese gjenomike midis gjenomeve BT dhe haploOB.
Zhong, M., et al."Trëndafili pa gjemba: njohuri gjenomike të lidhura me përshtatjen e lagështisë"Rishikimi Kombëtar i Shkencës, 2021;, nwab092.
