Bibliotekat e parapërgatitura të Illumina-s
Karakteristikat
●Platformat:Illumina NovaSeq 6000 dhe NovaSeq X Plus
●Mënyrat e renditjes:PE150 dhe PE250
●Kontrolli i cilësisë së bibliotekave para sekuencimit
●Kontroll i cilësisë dhe shpërndarja e të dhënave të sekuencimit:Dorëzimi i raportit të kontrollit të cilësisë dhe të dhënave të papërpunuara në formatin fastq pas demultipleksimit dhe filtrimit të leximeve Q30
Avantazhet e Shërbimit
●Shumëllojshmëria e shërbimeve të sekuencimit:Klienti mund të zgjedhë të renditë sipas korsisë, qelizës së rrjedhës ose sipas sasisë së të dhënave të kërkuara (renditje e pjesshme e korsisë).
●Përvojë e gjerë në platformën e sekuencimit Illumina:me mijëra projekte të mbyllura me lloje të ndryshme.
●Dorëzimi i raportit të kontrollit të cilësisë së sekuencimit:me metrika të cilësisë, saktësinë e të dhënave dhe performancën e përgjithshme të projektit të sekuencimit.
●Procesi i sekuencimit të pjekur:me kohë të shkurtër kthimi.
●Kontroll i rreptë i cilësisëNe zbatojmë kërkesa të rrepta të kontrollit të cilësisë për të garantuar ofrimin e rezultateve vazhdimisht me cilësi të lartë.
Platformat Shembull
| Platforma | Qeliza e rrjedhjes | Modaliteti i renditjes | Njësia | Prodhimi i vlerësuar |
| NovaSeq X | 10B (8 korsi) | PE150 | Korsi e vetme Korsi e pjesshme | 375Gb / Korsi |
| 25B (8 korsi) | PE150 | Korsi e vetme Korsi e pjesshme | 1000 Gb/Korsi | |
| NovaSeq 6000 | Qeliza e rrjedhës SP (2 korsi) | PE250 | Qeliza e rrjedhjes Korsi e vetme Korsi e pjesshme | 325-400 M lexime / Korsi |
| Qeliza e rrjedhjes S4 (4 korsi) | PE150 | Qeliza e rrjedhjes Korsi e vetme Korsi e pjesshme | ~800 Gb / Korsi |
Kërkesat e mostrës
| Sasia e të dhënave (X) | Përqendrimi (qPCR/nM) | Vëllimi | |
| Renditja e pjesshme e korsive
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Renditja e korsive | Për Korsi | ≥ 1.5 nM / pishinë biblioteke | ≥ 25 μl / pishinë biblioteke |
Përveç përqendrimit dhe sasisë totale, kërkohet edhe një model i përshtatshëm i kulmit.
Shënim: Sekuencimi i korsive të bibliotekave me diversitet të ulët kërkon instalim shtesë të PhiX për të siguruar thirrje të fuqishme bazë.
Ne rekomandojmë dorëzimin e bibliotekave të para-bashkuara si mostra. Nëse keni nevojë që BMKGENE të kryejë bashkimin e bibliotekave, ju lutemi referojuni
kërkesat e bibliotekës për renditjen e pjesshme të korsive.
Madhësia e Bibliotekës (Harta e Majës)
Maja kryesore duhet të jetë brenda 300-450 bp.
Bibliotekat duhet të kenë një kulm të vetëm kryesor, pa ndotje të adaptorit dhe pa dimerë të prajmerëve.
Ju lutemi të na kontaktoni nëse mostrat tuaja nuk i plotësojnë kërkesat e materialit fillestar.
Fluksi i Punës së Shërbimit
Kontrolli i cilësisë së bibliotekës
Sekuencimi
Kontrolli i cilësisë së të dhënave
Zbatimi i projektit
Raporti i Kontrollit të Cilësisë së Bibliotekës
Një raport mbi cilësinë e bibliotekës ofrohet përpara sekuencimit, vlerësimit të sasisë së bibliotekës dhe fragmentimit.
Raporti i kontrollit të cilësisë së sekuencimit
Tabela 1. Statistikat mbi të dhënat e sekuencimit.
| ID e mostrës | BMKID | Lexime të papërpunuara | Të dhëna të papërpunuara (bp) | Lexime të pastra (%) | Q20 (%) | Q30 (%) | GC(%) |
| C_01 | BMK_01 | 22,870,120 | 6,861,036,000 | 96.48 | 99.14 | 94.85 | 36.67 |
| C_02 | BMK_02 | 14,717,867 | 4,415,360,100 | 96.00 | 98.95 | 93.89 | 37.08 |
Figura 1. Shpërndarja e cilësisë përgjatë leximeve në secilën mostër
Figura 2. Shpërndarja e përmbajtjes bazë
Figura 3. Shpërndarja e përmbajtjes së lexuar në të dhënat e sekuencimit
