Montimi i Gjenomit të Bazuar në Hi-C
Hi-C është një metodë e projektuar për të kapur konfigurimin e kromozomeve duke kombinuar ndërveprimet e bazuara në afërsi dhe sekuencimin me rendiment të lartë. Intensiteti i këtyre ndërveprimeve besohet të jetë negativisht i lidhur me distancën fizike në kromozome. Prandaj, të dhënat Hi-C përdoren për të udhëhequr grupimin, renditjen dhe orientimin e sekuencave të mbledhura në një gjenom të draftuar dhe për t'i ankoruar ato në një numër të caktuar kromozomesh. Kjo teknologji fuqizon një montim të gjenomit në nivel kromozomi në mungesë të një harte gjenetike të bazuar në popullatë. Çdo gjenom i vetëm ka nevojë për një Hi-C.
Karakteristikat e Shërbimit
● Sekuencimi në Illumina NovaSeq me PE150.
● Shërbimi kërkon që mostrat e indeve, në vend të acideve nukleike të nxjerra, të lidhen me formaldehidin dhe të ruajnë ndërveprimet ADN-proteinë.
● Eksperimenti Hi-C përfshin kufizimin dhe riparimin e skajeve ngjitëse me biotinë, e ndjekur nga rrethëzimi i skajeve të topitura që rezultojnë duke ruajtur ndërveprimet. ADN-ja më pas tërhiqet poshtë me sfera streptavidine dhe pastrohet për përgatitjen pasuese të bibliotekës.
Avantazhet e Shërbimit
Përmbledhje e Hi-C
(Lieberman-Aiden E etj.,Shkencë, 2009)
●Eliminimi i Nevojës për të Dhëna Gjenetike të Popullatës:Hi-C zëvendëson informacionin thelbësor të kërkuar për ankorimin kontig.
●Dendësi e lartë e shënuesve:duke çuar në një raport të lartë të ankorimit kontig mbi 90%.
●Të dhëna të gjera mbi ekspertizën dhe publikimet:BMKGene ka përvojë të gjerë me më shumë se 2000 raste të montimit të gjenomit Hi-C nga 1000 specie të ndryshme dhe patenta të ndryshme. Mbi 200 raste të publikuara kanë një faktor ndikimi akumulues prej mbi 2000.
●Ekip bioinformatik me aftësi të larta:Me patenta të brendshme dhe të drejta autori për softuer për eksperimente Hi-C dhe analizë të të dhënave, softueri i të dhënave të vizualizimit i zhvilluar vetë mundëson lëvizjen manuale të bllokut, kthimin mbrapsht, revokimin dhe ribërjen e tij.
●Mbështetje pas shitjes:Angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes prej 3 muajsh. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekje të projektit, ndihmë në zgjidhjen e problemeve dhe seanca pyetje-përgjigje për t'iu përgjigjur çdo pyetjeje që lidhet me rezultatet.
●Shënim gjithëpërfshirësNe përdorim baza të dhënash të shumta për të anotuar në mënyrë funksionale gjenet me variacione të identifikuara dhe për të kryer analizën përkatëse të pasurimit, duke ofruar njohuri mbi projekte të shumta kërkimore.
Specifikimet e Shërbimit
| Përgatitja e bibliotekës | Strategjia e sekuencimit | Prodhimi i rekomanduar i të dhënave | Kontroll i cilësisë |
| Biblioteka Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Kërkesat e mostrës
| Ind | Sasia e kërkuar |
| Organet e brendshme të kafshëve | ≥ 2 g |
| Muskujt e kafshëve | |
| Gjaku i gjitarëve | ≥ 2 mL |
| Gjak shpendësh/peshku | |
| Bimë - Gjethe të freskëta | ≥ 3 g |
| Qelizat e kultivuara | ≥ 1x107 |
| Insekt | ≥ 2 g |
Fluksi i Punës së Shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuencimi
Analiza e të dhënave
Shërbime pas shitjes
1) Kontroll i cilësisë së të dhënave të papërpunuara
2) QC e bibliotekës Hi-C: vlerësimi i ndërveprimeve të vlefshme Hi-C
3) Asambleja Hi-C: grupimi i kontigjeve në grupe, i ndjekur nga renditja e kontigjeve brenda secilit grup dhe caktimi i orientimit të kontigjeve
4) Vlerësimi i Hi-C
QC i Bibliotekës Hi-C – vlerësimi i çifteve të ndërveprimit të vlefshëm Hi-C
Asambleja Hi-C – statistika
Vlerësimi pas montimit – harta e nxehtësisë e intensitetit të sinjalit midis koshave
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimet e montimit Hi-C të BMKGene përmes një koleksioni të kuruar botimesh.
Tian, T. et al. (2023) 'Montimi i gjenomit dhe diseksioni gjenetik i një plazme të spikatur misri rezistente ndaj thatësirës', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), f. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Një montim në shkallë kromozomesh i gjenomit të bletës aziatike të mjaltit Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, f. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Zbulimi i evolucionit të biosintezës së alkaloideve tropane duke analizuar dy gjenome në familjen Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), f. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Gjenomet e Pemës Banyan dhe Grerëzës Pjalmuese Ofrojnë Njohuri mbi Koevolucionin e Fikut dhe Grerëzës', Cell, 183(4), f. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
