page_head_bg

Produktet

Sekuenca metagjenomike (NGS)

Metagjenoma i referohet një koleksioni të materialit gjenetik total të një bashkësie të përzier organizmash, si metagjenomi mjedisor, metagjenomi i njeriut, etj. Ai përmban gjenomet e mikroorganizmave të kultivueshëm dhe të pakultivueshëm.Sekuenca metagjenomike është një mjet molekular që përdoret për të analizuar materialet gjenomike të përziera të nxjerra nga mostrat mjedisore, i cili ofron informacion të detajuar në diversitetin dhe bollëkun e specieve, strukturën e popullsisë, marrëdhënien filogjenetike, gjenet funksionale dhe rrjetin e korrelacionit me faktorët mjedisorë.

Platforma:Illumina NovaSeq6000


Detajet e Shërbimit

Rezultatet e demonstrimit

Rast studimi

Avantazhet e Shërbimit

ØPa izolim dhe kultivim për profilizimin e komunitetit mikrobik

ØRezolucioni i lartë në zbulimin e specieve me bollëk të ulët në mostrat mjedisore

ØIdeja e "meta-" integron të gjitha tiparet biologjike në nivel funksional, nivel speciesh dhe gjenesh, gjë që pasqyron një pamje dinamike që është më afër realitetit.

ØBMK grumbullon përvojë masive në lloje të ndryshme mostrash me mbi 10,000 mostra të përpunuara.

Specifikimet e Shërbimit

SekuencaPlatforma

Librari

Rendimenti i rekomanduar i të dhënave

Koha e parashikuar e rrotullimit

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K Etiketa

30 dite

Analizat bioinformatike

üKontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara

üAsambleja metagjenome

üKomplet gjenesh jo të tepërta dhe shënime

üAnaliza e diversitetit të specieve

üAnaliza e diversitetit të funksionit gjenetik

üAnaliza ndër-grupore

üAnaliza e shoqërimit kundrejt faktorëve eksperimentalë

2

Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi

Kërkesat e mostrës:

PërEkstraktet e ADN-së:

Lloji i mostrës

Shuma

Përqendrimi

Pastërti

Ekstraktet e ADN-së

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Për mostrat mjedisore:

Lloji i mostrës

Procedura e rekomanduar e kampionimit

Dheu

Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Substanca e mbetur e tharë duhet të hiqet nga sipërfaqja;Grini copa të mëdha dhe kaloni nëpër filtër 2 mm;Caktoni mostra në tub EP steril ose cyrotube për rezervim.

Feçet

Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat në tub EP steril ose kriotubë për rezervim.

Përmbajtja e zorrëve

Mostrat duhet të përpunohen në kushte aseptike.Lani indet e mbledhura me PBS;Centrifugoni PBS dhe mblidhni precipitantin në tuba EP.

Llum

Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat e llumit në tub EP steril ose kriotubë për rezervim

Trupi ujor

Për mostrën me sasi të kufizuar mikrobiale, si p.sh. uji i rubinetit, uji i pusit, etj., Mblidhni të paktën 1 L ujë dhe kaloni përmes filtrit 0,22 μm për të pasuruar mikrobet në membranë.Ruajeni membranën në një tub steril.

Lëkura

Fërkoni me kujdes sipërfaqen e lëkurës me një shtupë pambuku steril ose teh kirurgjikale dhe vendoseni në tub steril.

Dorëzimi i mostrës së rekomanduar

Ngrini mostrat në azot të lëngshëm për 3-4 orë dhe ruajini në azot të lëngshëm ose -80 gradë deri në rezervim afatgjatë.Kërkohet dërgimi i mostrës me akull të thatë.

Rrjedha e punës së shërbimit

logo_02

Dorëzimi i mostrës

logo_04

Ndërtimi i bibliotekës

logo_05

Sekuenca

logo_06

Analiza e të dhënave

logo_07

Shërbimet pas shitjes


  • E mëparshme:
  • Tjetër:

  • 1.Histogrami: Shpërndarja e specieve

    3

    2. Gjenet funksionale të shënuara në rrugët metabolike KEGG

    4

    3. Harta e nxehtësisë: Funksionet diferenciale të bazuara në bollëkun relativ të gjeneve54.Cirkoset e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve CARD

    6

    Rasti BMK

    Prevalenca e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve dhe patogjenëve bakterialë përgjatë kontinuumit të rrënjëve të tokës-mangrove

    Publikuar:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Strategjia e renditjes:

    Materialet: Ekstraktet e ADN-së të katër fragmenteve të mostrave të lidhura me rrënjët e mangrove: toka e pambjellë, rizosfera, episfera dhe ndarjet e endosferës
    Platforma: Illumina HiSeq 2500
    Objektivat: Metagjenom
    Regjioni i gjenit 16S rRNA V3-V4

    Rezultatet kryesore

    Sekuenca metagjenomike dhe profilizimi metabarkodues në vazhdimësinë tokë-rrënjë të fidanëve të mangrove u përpunuan për të studiuar përhapjen e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve (ARG) nga toka në bimë.Të dhënat metagjenomike zbuluan se 91.4% e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve u identifikuan zakonisht në të katër ndarjet e tokës të përmendura më sipër, të cilat treguan një modë të vazhdueshme.Sekuenca e amplikonit 16S rRNA gjeneroi 29,285 sekuenca, që përfaqësojnë 346 specie.Kombinuar me profilizimin e specieve me sekuencë amplikon, ky përhapje u zbulua se ishte i pavarur nga mikrobiota e lidhur me rrënjët, megjithatë, mund të lehtësohej nga lëvizshmëria e elementeve gjenetike.Ky studim identifikoi rrjedhën e ARG-ve dhe patogjenëve nga toka në bimë përmes një vazhdimësie të ndërlidhur tokë-rrënjë.

    Referenca

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).Prevalenca e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve dhe patogjenëve bakterialë përgjatë vazhdimësisë së tokës-rrënjës mangrove.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    të marrë një kuotë

    Shkruani mesazhin tuaj këtu dhe na dërgoni

    Na dërgoni mesazhin tuaj: