Sekuenca metagjenomike -NGS
Avantazhet e Shërbimit
● Izolim dhe pa kultivim për profilizimin e komunitetit mikrobik
● Rezolucioni i lartë në zbulimin e specieve me bollëk të ulët në mostrat mjedisore
● Ideja e “meta-” integron të gjitha tiparet biologjike në nivel funksional, nivel speciesh dhe niveli gjeni, gjë që pasqyron një pikëpamje dinamike që është më afër realitetit.
● BMK grumbullon përvojë masive në lloje të ndryshme mostrash me mbi 10,000 mostra të përpunuara.
Specifikimet e Shërbimit
| Platforma | Sekuenca | Të dhënat e rekomanduara | Koha e kthesës |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 ditë pune |
Analizat bioinformatike
● Kontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara
● Asambleja metagjenome
● Komplet gjenesh jo të tepërta dhe shënime
● Analiza e diversitetit të specieve
● Analiza e diversitetit të funksionit gjenetik
● Analiza ndër-grupore
● Analiza e shoqërimit kundrejt faktorëve eksperimentalë
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës:
PërEkstraktet e ADN-së:
| Lloji i mostrës | Shuma | Përqendrimi | Pastërti |
| Ekstraktet e ADN-së | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Për mostrat mjedisore:
| Lloji i mostrës | Procedura e rekomanduar e kampionimit |
| Dheu | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Substanca e mbetur e tharë duhet të hiqet nga sipërfaqja;Grini copa të mëdha dhe kaloni nëpër filtër 2 mm;Caktoni mostra në tub EP steril ose cyrotube për rezervim. |
| Feces | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat në tub EP steril ose kriotubë për rezervim. |
| Përmbajtja e zorrëve | Mostrat duhet të përpunohen në kushte aseptike.Lani indet e mbledhura me PBS;Centrifugoni PBS dhe mblidhni precipitantin në tuba EP. |
| Llum | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat e llumit në tub EP steril ose kriotubë për rezervim |
| Trupi ujor | Për mostrën me sasi të kufizuar mikrobik, si p.sh. uji i rubinetit, uji i pusit, etj., Mblidhni të paktën 1 L ujë dhe kaloni përmes filtrit 0,22 μm për të pasuruar mikrobet në membranë.Ruajeni membranën në një tub steril. |
| Lëkura | Fërkoni me kujdes sipërfaqen e lëkurës me një shtupë pambuku steril ose teh kirurgjikale dhe vendoseni në tub steril. |
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Ngrini mostrat në azot të lëngshëm për 3-4 orë dhe ruajini në azot të lëngshëm ose -80 gradë deri në rezervim afatgjatë.Kërkohet dërgimi i mostrës me akull të thatë.
Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
1.Histogrami: Shpërndarja e specieve
2. Gjenet funksionale të shënuara në rrugët metabolike KEGG
3. Harta e nxehtësisë: Funksionet diferenciale të bazuara në bollëkun e gjeneve relative
4.Cirkos e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve CARD
Rasti BMK
Prevalenca e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve dhe patogjenëve bakterialë përgjatë kontinuumit të rrënjëve të tokës-mangrove
Publikuar:Journal of Hazardous Materials, 2021
Strategjia e renditjes:
Materialet: Ekstraktet e ADN-së të katër fragmenteve të mostrave të lidhura me rrënjët e mangrove: toka e pambjellë, rizosfera, episfera dhe ndarjet e endosferës
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Objektivat: Metagjenom
Regjioni i gjenit 16S rRNA V3-V4
Rezultatet kryesore
Sekuenca metagjenomike dhe profilizimi metabarkodues në vazhdimësinë tokë-rrënjë të fidanëve të mangrove u përpunuan për të studiuar përhapjen e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve (ARGs) nga toka në bimë.Të dhënat metagjenomike zbuluan se 91.4% e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve u identifikuan zakonisht në të katër ndarjet e tokës të përmendura më sipër, të cilat treguan një modë të vazhdueshme.Sekuenca e amplikonit 16S rRNA gjeneroi 29,285 sekuenca, që përfaqësojnë 346 lloje.Duke u kombinuar me profilizimin e specieve nga renditja e amplikonit, ky përhapje u zbulua se ishte i pavarur nga mikrobiota e lidhur me rrënjët, megjithatë, ai mund të lehtësohej nga lëvizshmëria e elementeve gjenetike.Ky studim identifikoi rrjedhën e ARG-ve dhe patogjenëve nga toka në bimë përmes një vazhdimësie të ndërlidhur tokë-rrënjë.
Referenca
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Prevalenca e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve dhe patogjenëve bakterialë përgjatë kontinuumit tokë-rrënjë mangrove.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
