Sekuenca metagjenomike (NGS)
Avantazhet e Shërbimit
ØPa izolim dhe kultivim për profilizimin e komunitetit mikrobik
ØRezolucioni i lartë në zbulimin e specieve me bollëk të ulët në mostrat mjedisore
ØIdeja e "meta-" integron të gjitha tiparet biologjike në nivel funksional, nivel speciesh dhe gjenesh, gjë që pasqyron një pamje dinamike që është më afër realitetit.
ØBMK grumbullon përvojë masive në lloje të ndryshme mostrash me mbi 10,000 mostra të përpunuara.
Specifikimet e Shërbimit
| SekuencaPlatforma | Librari | Rendimenti i rekomanduar i të dhënave | Koha e parashikuar e rrotullimit |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K Etiketa | 30 dite |
Analizat bioinformatike
üKontrolli i cilësisë së të dhënave të papërpunuara
üAsambleja metagjenome
üKomplet gjenesh jo të tepërta dhe shënime
üAnaliza e diversitetit të specieve
üAnaliza e diversitetit të funksionit gjenetik
üAnaliza ndër-grupore
üAnaliza e shoqërimit kundrejt faktorëve eksperimentalë
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
Kërkesat e mostrës:
PërEkstraktet e ADN-së:
| Lloji i mostrës | Shuma | Përqendrimi | Pastërti |
| Ekstraktet e ADN-së | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Për mostrat mjedisore:
| Lloji i mostrës | Procedura e rekomanduar e kampionimit |
| Dheu | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Substanca e mbetur e tharë duhet të hiqet nga sipërfaqja;Grini copa të mëdha dhe kaloni nëpër filtër 2 mm;Caktoni mostra në tub EP steril ose cyrotube për rezervim. |
| Feçet | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat në tub EP steril ose kriotubë për rezervim. |
| Përmbajtja e zorrëve | Mostrat duhet të përpunohen në kushte aseptike.Lani indet e mbledhura me PBS;Centrifugoni PBS dhe mblidhni precipitantin në tuba EP. |
| Llum | Sasia e kampionimit: përafërsisht.5 g;Mblidhni dhe ndani mostrat e llumit në tub EP steril ose kriotubë për rezervim |
| Trupi ujor | Për mostrën me sasi të kufizuar mikrobiale, si p.sh. uji i rubinetit, uji i pusit, etj., Mblidhni të paktën 1 L ujë dhe kaloni përmes filtrit 0,22 μm për të pasuruar mikrobet në membranë.Ruajeni membranën në një tub steril. |
| Lëkura | Fërkoni me kujdes sipërfaqen e lëkurës me një shtupë pambuku steril ose teh kirurgjikale dhe vendoseni në tub steril. |
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Ngrini mostrat në azot të lëngshëm për 3-4 orë dhe ruajini në azot të lëngshëm ose -80 gradë deri në rezervim afatgjatë.Kërkohet dërgimi i mostrës me akull të thatë.
Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
1.Histogrami: Shpërndarja e specieve
2. Gjenet funksionale të shënuara në rrugët metabolike KEGG
3. Harta e nxehtësisë: Funksionet diferenciale të bazuara në bollëkun relativ të gjeneve
4.Cirkoset e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve CARD
Rasti BMK
Prevalenca e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve dhe patogjenëve bakterialë përgjatë kontinuumit të rrënjëve të tokës-mangrove
Publikuar:Journal of Hazardous Materials, 2021
Strategjia e renditjes:
Materialet: Ekstraktet e ADN-së të katër fragmenteve të mostrave të lidhura me rrënjët e mangrove: toka e pambjellë, rizosfera, episfera dhe ndarjet e endosferës
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Objektivat: Metagjenom
Regjioni i gjenit 16S rRNA V3-V4
Rezultatet kryesore
Sekuenca metagjenomike dhe profilizimi metabarkodues në vazhdimësinë tokë-rrënjë të fidanëve të mangrove u përpunuan për të studiuar përhapjen e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve (ARG) nga toka në bimë.Të dhënat metagjenomike zbuluan se 91.4% e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve u identifikuan zakonisht në të katër ndarjet e tokës të përmendura më sipër, të cilat treguan një modë të vazhdueshme.Sekuenca e amplikonit 16S rRNA gjeneroi 29,285 sekuenca, që përfaqësojnë 346 specie.Kombinuar me profilizimin e specieve me sekuencë amplikon, ky përhapje u zbulua se ishte i pavarur nga mikrobiota e lidhur me rrënjët, megjithatë, mund të lehtësohej nga lëvizshmëria e elementeve gjenetike.Ky studim identifikoi rrjedhën e ARG-ve dhe patogjenëve nga toka në bimë përmes një vazhdimësie të ndërlidhur tokë-rrënjë.
Referenca
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).Prevalenca e gjeneve të rezistencës ndaj antibiotikëve dhe patogjenëve bakterialë përgjatë vazhdimësisë së tokës-rrënjës mangrove.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
