Sekuencimi metagjenomik -ngs
Një metagjene është një koleksion i materialit total gjenetik të një komuniteti të përzier të organizmave, siç janë metagjenet mjedisore dhe njerëzore. Ai përmban gjenomet e mikroorganizmave të kultivueshëm dhe të pakulturueshëm. Sekuencimi metagjenomik i shotgunit me NGS mundëson studimin e këtyre peizazheve të ndërlikuara gjenomike të ngulitura në mostrat mjedisore duke siguruar më shumë sesa profilizimin taksonomik, duke dhënë gjithashtu njohuri kokrrizore në diversitetin e specieve, dinamikën e bollëkut dhe strukturat komplekse të popullsisë. Përtej studimeve taksonomike, metagjenomika e shotgunit gjithashtu ofron një perspektivë funksionale të gjenomikës, duke bërë të mundur eksplorimin e gjeneve të koduara dhe rolet e tyre thelbësore në proceset ekologjike. Më në fund, krijimi i rrjeteve të korrelacionit midis elementeve gjenetike dhe faktorëve mjedisorë kontribuon në një kuptim holistik të ndërveprimit të ndërlikuar midis komuniteteve mikrobike dhe prejardhjes së tyre ekologjike. Si përfundim, sekuencat metagjenomike qëndrojnë si një instrument kryesor për zbulimin e ndërlikimeve gjenomike të komuniteteve të ndryshme mikrobike, duke ndriçuar marrëdhëniet e shumëanshme midis gjenetikës dhe ekologjisë brenda këtyre ekosistemeve komplekse.
Platformat: Illumina Novaseq dhe DNBSEQ-T7
Avantazhet e shërbimit
>Izolimi dhe metoda pa kultivim për profilizimin e komunitetit mikrobik: Mundësimi i sekuencave të materialit gjenetik nga organizmat e pa kulturuar.
>Rezolucion i lartë: Zbuloni specie me bollëk të ulët në mostrat mjedisore.
>Analiza gjithëpërfshirëse e bioinformatikës:U përqëndrua jo vetëm në diversitetin taksonomik, por edhe në diversitetin funksional të komunitetit.
>Përvojë e gjerë:Me një rekord të mbylljes me sukses të projekteve të shumta të metagjenomikës në fusha të ndryshme kërkimore dhe përpunimit të mbi 200,000 mostrave, ekipi ynë sjell një përvojë të pasur për çdo projekt.
Specifikimet e shërbimit
| Platformë e sekuencave | Strategjia e sekuencave | Të dhënat e rekomanduara | Kontroll i cilësisë |
| Illumina Novaseq ose Dnbseq-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Kërkesat e shërbimit
| Përqendrimi (ng/μl) | Shuma totale (NG) | Vëllimi (μl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Tokë/llum: 2-3g
Contents Përmbajtja e zorrëve-Animal: 0.5-2g
Cont PTRMBAJTJA E TJERA-SEKTE-SEKT: 0,1-0.25G
● Sipërfaqja e bimëve (sedimenti i pasuruar): 0.5-1g
Sed Sedimenti i pasuruar i Fermentimit të Fermentimit): 0.2-0.5g
● Feces (kafshë të mëdha): 0.5-2g
● Feces (miu): 3-5Grains
Fluid Lëngu i lavazhit alveolar pulmonar: Letër filtri
● Shtup Vaginal: 5-6 shtupë
● Shtupat e lëkurës/gjenitale/pështyma/indet e buta orale/shtupat e faringut/shtupat e rektumit: 2-3 shtupa
● Mikroorganizmi sipërfaqësor: 5-6 shtupë
● Uji/Ajri/Biofilmi: Letër filtri
● Endofitet: 2-3G
● Pllakë dentare: 0.5-1g
Rrjedha e punës së shërbimit
Dorëzimi i mostrës
Ndërtim bibliotekash
Sekuencim
Analiza e të dhënave
Shërbime pas shitjes
Përfshinë analizën e mëposhtme:
● Sekuencimi i kontrollit të cilësisë së të dhënave
● Asambleja e metagjenit dhe parashikimi i gjenit
● Annotimi i gjenit
Analysis Analiza e diversitetit taksonomik alfa
Analysis Analiza funksionale e komunitetit: Funksioni biologjik, rezistenca metabolike, antibiotike
● Analizë për diversitetin funksional dhe taksonomik:
Analiza e diversitetit beta
Analizë ndër-grupore
Analiza e korrelacionit: Midis faktorëve mjedisorë dhe përbërjes jashtë dhe diversitetit
Analiza funksionale: Rezistenca ndaj antibiotikut të kartës
Analiza diferenciale e shtigjeve metabolike të KEGG: Harta e nxehtësisë së rrugëve domethënëse
Diversiteti alfa i shpërndarjes taksonomike: indeksi i ACE
Diversiteti beta i shpërndarjes taksonomike: PCOA
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimet e sekuencave metagjene të BMKGene me Illumina përmes një koleksioni të kuruar të botimeve.
Hai, Q. et al. (2023) 'Analiza metagjenomike dhe metabolike e ndryshimeve në përmbajtjen e zorrëve të troftës së ylberit (Oncorhynchus mykiss) të infektuar me virusin infektiv të nekrozës hematopoietike në temperatura të ndryshme të ujit me kulturë',Kufijtë në mikrobiologji, 14, f. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Komunitetet mikrobike, gjenet e rezistencës dhe rreziqet rezistente në liqenet urbane të shteteve të ndryshme trofike: lidhje të brendshme dhe ndikime të jashtme',Gazeta e Përparimeve të Materialeve të Rrezikshme, 9, f. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Analiza metagjenomike zbuloi ndryshime në përbërjen dhe funksionin midis mikroorganizmave të lidhura me lëng të lëngshëm dhe të lidhura me ngurtësi të rumenit të deleve',Kufijtë në mikrobiologji, 13, f. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikrobiota e mbipeshë Ningxiang e rrjedhur nga Ningxiang REWIRES Carnitine metabolizëm për të promovuar depozitimin e acideve yndyrore të muskujve në derrat e ligët',Risia, 4 (5), f. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Pasqyrë metagjenomike në rreziqet e mundshme të mbeturinave përfaqësuese bio/jo të degradueshme plastike dhe jo-plastike në pjesën e sipërme dhe të poshtme të Estuary Haihe, Kinë',Shkenca e mjedisit të përgjithshëm, 887, f. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.
