-
Sekuenca metagjenomike (NGS)
Metagjenoma i referohet një koleksioni të materialit gjenetik total të një bashkësie të përzier organizmash, si p.sh.Sekuenca metagjenomike është një mjet molekular që përdoret për të analizuar materialet gjenomike të përziera të nxjerra nga mostrat mjedisore, i cili ofron informacion të detajuar në diversitetin dhe bollëkun e specieve, strukturën e popullsisë, marrëdhënien filogjenetike, gjenet funksionale dhe rrjetin e korrelacionit me faktorët mjedisorë.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Sekuenca metagjenomike-Nanopore
Metagenomics është një mjet molekular që përdoret për të analizuar materialet gjenomike të përziera të nxjerra nga mostrat mjedisore, i cili ofron informacion të detajuar në diversitetin dhe bollëkun e specieve, strukturën e popullsisë, marrëdhëniet filogjenetike, gjenet funksionale dhe rrjetin e korrelacionit me faktorët mjedisorë, etj. Platformat e sekuencës Nanopore janë prezantuar së fundmi te studimet metagjenomike.Performanca e tij e jashtëzakonshme në gjatësinë e leximit përmirësoi kryesisht analizën metagjenomike të rrjedhës së poshtme, veçanërisht montimin e metagjenomës.Duke përfituar nga gjatësia e leximit, studimi metagjenomik i bazuar në Nanopore është në gjendje të arrijë montim më të vazhdueshëm në krahasim me metagjenominë me armë gjahu.Është publikuar se metagjenomika e bazuar në Nanopore gjeneroi me sukses gjenomet bakteriale të plota dhe të mbyllura nga mikrobiomet (Moss, EL, et. al.,Natyra Biotech, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Nën-njësia në rRNA 16S dhe 18S që përmban rajone shumë të konservuara dhe hiper-ndryshueshme është një gjurmë gishti molekulare perfekte për identifikimin e organizmave prokariotikë dhe eukariote.Duke përfituar nga sekuenca, këto amplikone mund të synohen në bazë të pjesëve të konservuara dhe rajonet hiper-ndryshuese mund të karakterizohen plotësisht për identifikimin e mikrobeve duke kontribuar në studimet që mbulojnë analizën e diversitetit mikrobik, taksonominë, filogjeninë, etj. Në kohë reale me një molekulë (SMRT ) renditja e platformës PacBio mundëson marrjen e leximeve të gjata shumë të sakta, të cilat mund të mbulojnë amplikon me gjatësi të plotë (rreth 1,5 Kb).Pamja e gjerë e fushës gjenetike rriti shumë rezolucionin në shënimin e specieve në komunitetin e baktereve ose kërpudhave.
Platforma:Vazhdimi i PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Sekuenca e amplikonit 16S/18S/ITS synon të zbulojë filogjeninë, taksonominë dhe bollëkun e specieve në një komunitet mikrobik duke hetuar produktet PCR të shënuesve gjenetikë të shtëpisë që përmbajnë pjesë shumë të diskutueshme dhe hipervariable.Prezantimi i këtyre gjurmëve të gishtave molekularë të përsosur nga Woeses et al, (1977) fuqizon profilin e mikrobiomit pa izolim.Sekuencimi i 16S (baktereve), 18S (kërpudhave) dhe spacer i transkriptuar i brendshëm (ITS, kërpudha) lejon identifikimin e specieve të bollshme, si dhe specieve të rralla dhe të paidentifikuara.Kjo teknologji është kthyer në një mjet të gjerë dhe kryesor në identifikimin e përbërjeve diferenciale mikrobike në mjedise të ndryshme, si goja e njeriut, zorrët, feçet, etj.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Risekuenca e gjenomit të plotë bakterial dhe kërpudhor
Risekuenca e të gjithë gjenomit bakterial dhe kërpudhor është një mjet kritik për të kompletuar gjenomet e baktereve dhe kërpudhave të njohura, si dhe për të krahasuar gjenomet e shumta ose për të hartuar gjenomet e organizmave të rinj.Është e një rëndësie të madhe që të renditen gjenomet e tëra të baktereve dhe kërpudhave në mënyrë që të gjenerohen gjenomet e sakta të referencës, të bëhet identifikimi i mikrobeve dhe studime të tjera krahasuese të gjenomit.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Gjenomi i kërpudhave
Biomarker Technologies ofrojnë studim të gjenomit, gjenom të imët dhe gjenom të plotë pene të kërpudhave në varësi të qëllimit specifik të kërkimit.Sekuenca e gjenomit, montimi dhe shënimi funksional mund të arrihen duke kombinuar sekuencën e gjeneratës tjetër + sekuencën e gjeneratës së tretë për të arritur montimin e gjenomit të nivelit të lartë.Teknologjia Hi-C mund të përdoret gjithashtu për të lehtësuar montimin e gjenomit në nivelin e kromozomeve.
Platforma:Vazhdimi i PacBio II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Gjenomi i plotë i baktereve
Biomarker Technologies ofron shërbimin e sekuencës për ndërtimin e gjenomit të plotë të baktereve me hendek zero.Rrjedha kryesore e punës e ndërtimit të plotë të gjenomit të baktereve përfshin sekuencën e gjeneratës së tretë, montimin, shënimin funksional dhe analizën e avancuar bioinformatike që përmbush qëllime specifike kërkimore.Një profilim më gjithëpërfshirës i gjenomit të baktereve fuqizon zbulimin e mekanizmave themelorë që qëndrojnë në themel të proceseve të tyre biologjike, të cilat gjithashtu mund të ofrojnë referencë të vlefshme për kërkimet gjenomike në speciet më të larta eukariote
Platforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
Vazhdimi i PacBio II
