Sekuencimi mRNA i bazuar në mos referencë-sekuencat
Tiparet
● Kapja e Poli MRNA para përgatitjes së bibliotekës
● Pavarësisht nga çdo gjenom i referencës: Bazuar në asamblenë de novo të transkriptimeve, duke gjeneruar një listë të unigeneve që shënohen me baza të të dhënave të shumta (NR, Swiss-Prot, Cog, Kog, Eggnog, PFAM, GO, KEGG)
Analysis Analizë gjithëpërfshirëse bioinformatike e shprehjes së gjenit dhe strukturës së transkriptit
Avantazhet e shërbimit
>Ekspertizë e gjerë: Me një rekord të përpunimit të mbi 600,000 mostrave në BMKGene, duke përfshirë lloje të ndryshme të mostrave siç janë kulturat e qelizave, indet dhe lëngjet e trupit, ekipi ynë sjell një përvojë të pasur për çdo projekt. Ne kemi mbyllur me sukses mbi 100,000 projekte mRNA-seq në fusha të ndryshme kërkimore.
>Kontroll rigoroz i cilësisë: Ne zbatojmë pikat kryesore të kontrollit në të gjitha fazat, nga përgatitja e mostrës dhe bibliotekës deri tek sekuencat dhe bioinformatika. Ky monitorim i përpiktë siguron shpërndarjen e rezultateve me cilësi të lartë vazhdimisht.
Annotim Annotation gjithëpërfshirëse: Ne përdorim baza të të dhënave të shumta për të shënuar funksionalisht gjenet e shprehura në mënyrë të ndryshme (DEG) dhe për të kryer analizën përkatëse të pasurimit, duke siguruar njohuri mbi proceset qelizore dhe molekulare që mbështesin përgjigjen transkriptome.
>Mbështetje pas shitjes: Angazhimi ynë shtrihet përtej përfundimit të projektit me një periudhë shërbimi pas shitjes 3-mujore. Gjatë kësaj kohe, ne ofrojmë ndjekjen e projektit, ndihmën e zgjidhjes së problemeve dhe seancat e Q&A për të adresuar çdo pyetje që lidhen me rezultatet.
Kërkesat e mostrës dhe shpërndarja
| Bibliotekë | Strategjia e sekuencave | Të dhënat e rekomanduara | Kontroll i cilësisë |
| POLY A i pasuruar | Illumina PE150 Dnbseq-t7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Kërkesat e mostrës:
Nukleotidet:
| Konk. (Ng/μl) | Shuma (μg) | Pastërti | Integritet |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Ndotje e kufizuar ose pa proteina ose ADN e treguar në xhel. | Për bimët: Rin≥4.0; Për kafshët: Rin≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; Lartësia e kufizuar ose pa asnjë bazë fillestare |
● Bimë:
Rrënjë, rrjedhin ose petal: 450 mg
Gjethe ose farë: 300 mg
Fruta: 1.2 g
● Kafshë:
Zemra ose zorrë: 300 mg
Viscera ose Brain: 240 mg
Muskul: 450 mg
Kocka, flokë ose lëkurë: 1g
● Arthropods:
Insektet: 6g
Crustacea: 300 mg
● Gjak i plotë: 1 tub
● Qelizat: 106 qelizë
Dorëzimi i rekomanduar i mostrës
Enë: 2 ml tub centrifugë (fletë kallaji nuk rekomandohet)
Etiketimi i mostrës: Grupi+Replikoni EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Dërgesa:
1. ICE-ICE: Mostrat duhet të paketohen në çanta dhe të varrosen në akull të thatë.
2. Tuba të RNASTABLE: Mostrat e ARN -së mund të thahen në tubin e stabilizimit të ARN (p.sh. RNASTABLE®) dhe të dërgohen në temperaturën e dhomës.
Rrjedha e punës së shërbimit
Modeli i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Nxjerrje ARN
Ndërtim bibliotekash
Sekuencim
Analiza e të dhënave
Shërbime pas shitjes
Bioinformatikë
Asambleja Transkriptome dhe Zgjedhja e Unigene
Annotim i unigjenës
Korrelacioni i mostrës dhe vlerësimi i replikave biologjike
Gjenet e shprehura diferencialisht (DEG)
Shënimi funksional i degëve
Pasurimi funksional i degëve
Eksploroni përparimet e lehtësuara nga shërbimet e sekuencave të mRNA të BMKGene të NGS përmes një koleksioni të kuruar të botimeve.
Shen, F. et al. (2020) 'Asambleja transkriptuese de novo dhe shprehja e gjenit të njëanshëm të seksit në gonadat e Catfish Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112 (3), f. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Analiza transkriptome e metabolizmit të saharozës gjatë ënjtjes së llambës dhe zhvillimit në qepë (Allium cepa L.)', Kufijtë në Shkencën e Bimëve, 7 (Shtator), f. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) 'Kuvendi, karakterizimi dhe shënimi për transkriptimin e Sarcocheilichthys sinensis', PLOS One, 12 (2). doi: 10.1371/ditar.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Analiza e transkriptomit de novo siguron njohuri mbi tolerancën e kripës së podocarpus makrophyllus nën stresin e kripës', BMC Bima Biology, 21 (1), f. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/figura/9.
