-
Sekuenca e ARN-së me një bërthamë
Përparimi në kapjen e një qelize të vetme dhe teknikën e ndërtimit të bibliotekës individuale, e kombinuar me sekuencën me performancë të lartë, lejon studimet e shprehjes së gjeneve në bazë qelizë për qelizë.Ai mundëson një analizë më të thellë dhe të plotë të sistemit mbi popullatat komplekse të qelizave, në të cilat shmang kryesisht maskimin e heterogjenitetit të tyre duke marrë mesataren e të gjitha qelizave.
Megjithatë, disa qeliza nuk janë të përshtatshme për t'u shndërruar në suspension me një qelizë, kështu që nevojiten metoda të tjera të përgatitjes së mostrës - nxjerrja e bërthamës nga indet, domethënë, bërthama nxirret drejtpërdrejt nga indet ose qeliza dhe përgatitet në suspension me një bërthamë për një. renditja e qelizave.
BMK ofron shërbimin e sekuencës së ARN me një qelizë me bazë 10× Genomics ChromiumTM.Ky shërbim është përdorur gjerësisht në studime për studime të lidhura me sëmundjet, si diferencimi i qelizave imune, heterogjeniteti i tumorit, zhvillimi i indeve, etj.
Çipi i transkriptimit hapësinor: 10× Gjenomikë
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekuenca e gjenomit të tërë bimëve/kafshëve
Risekuenca e të gjithë gjenomit, i njohur gjithashtu si WGS, mundëson zbulimin e mutacioneve të zakonshme dhe të rralla në të gjithë gjenomin, duke përfshirë Polimorfizmin Një Nukleotid (SNP), Fshirjen e Futjes (InDel), Variacionin e strukturës (SV) dhe Variacionin e Numrit të Kopjes (CNV). ).SV-të përbëjnë një pjesë më të madhe të bazës së variacionit sesa SNP-të dhe kanë një ndikim më të madh në gjenomin, i cili ka një efekt të rëndësishëm në organizmat e gjallë.Resekuenca e leximit të gjatë lejon identifikimin më të saktë të fragmenteve të mëdha dhe variacioneve të komplikuara, sepse leximet e gjata e bëjnë shumë më të lehtë kalimin e kromozomeve mbi rajone të ndërlikuara, si p.sh.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Trankriptomi hapësinor
Transkriptomika hapësinore qëndron në ballë të inovacionit shkencor, duke fuqizuar studiuesit të gërmojnë në modelet e ndërlikuara të shprehjes së gjeneve brenda indeve duke ruajtur kontekstin e tyre hapësinor.Mes platformave të ndryshme, BMKGene ka zhvilluar çipin e transkriptimit hapësinor BMKManu S1000, duke u mburrur me njërezolucioni i përmirësuarprej 5µM, duke arritur kufirin nënqelizor dhe duke mundësuarcilësimet e rezolucionit me shumë nivele.Çipi S1000, që përmban afërsisht 2 milionë pika, përdor mikropuse të shtresuara me rruaza të ngarkuara me sonda kapëse me barkod hapësinor.Një bibliotekë cDNA, e pasuruar me barkode hapësinore, përgatitet nga çipi S1000 dhe më pas renditet në platformën Illumina NovaSeq.Kombinimi i mostrave me barkod hapësinor dhe UMI siguron saktësinë dhe specifikën e të dhënave të krijuara.Atributi unik i çipit BMKManu S1000 qëndron në shkathtësinë e tij, duke ofruar cilësime rezolucioni në shumë nivele që mund të sintonizohen mirë në inde dhe nivele të ndryshme detajesh.Kjo përshtatshmëri e pozicionon çipin si një zgjedhje të jashtëzakonshme për studime të ndryshme transkriptomatike hapësinore, duke siguruar grumbullim të saktë hapësinor me zhurmë minimale.
Duke përdorur çipin BMKManu S1000 dhe teknologji të tjera të transkriptomikës hapësinore, studiuesit mund të kuptojnë më mirë organizimin hapësinor të qelizave dhe ndërveprimet komplekse molekulare që ndodhin brenda indeve, duke ofruar njohuri të paçmueshme në mekanizmat që qëndrojnë në themel të proceseve biologjike në një gamë të gjerë fushash, duke përfshirë onkologji, neuroshkencë, biologji zhvillimore, imunologji dhe studime botanike.
Platforma: Çipi BMKManu S1000 dhe Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Transkriptomika hapësinore është një teknologji e fundit që lejon studiuesit të hetojnë modelet e shprehjes së gjeneve brenda indeve duke ruajtur kontekstin e tyre hapësinor.Një platformë e fuqishme në këtë fushë është 10x Genomics Visium e shoqëruar me sekuencën e Illumina.Parimi i 10X Visium qëndron në një çip të specializuar me një zonë të caktuar kapjeje ku vendosen seksionet e indeve.Kjo zonë e kapjes përmban pika me barkod, secila korrespondon me një vendndodhje unike hapësinore brenda indit.Molekulat e ARN-së së kapur nga indi më pas etiketohen me identifikues molekular unik (UMIs) gjatë procesit të transkriptimit të kundërt.Këto pika me barkod dhe UMI mundësojnë hartëzimin e saktë hapësinor dhe përcaktimin sasior të shprehjes së gjeneve në një rezolucion me një qelizë të vetme.Kombinimi i mostrave me barkod hapësinor dhe UMI siguron saktësinë dhe specifikën e të dhënave të krijuara.Duke përdorur këtë teknologji të transkriptomikës hapësinore, studiuesit mund të fitojnë një kuptim më të thellë të organizimit hapësinor të qelizave dhe ndërveprimeve komplekse molekulare që ndodhin brenda indeve, duke ofruar njohuri të paçmueshme në mekanizmat që qëndrojnë në themel të proceseve biologjike në fusha të shumta, duke përfshirë onkologjinë, neuroshkencën, biologjinë zhvillimore, imunologjinë. , dhe studime botanike.
Platforma: 10X Genomics Visium dhe Illumina NovaSeq
-
Sekuenca e mARN-së me gjatësi të plotë-Nanopore
Ndërsa sekuenca e mRNA me bazë NGS shërben si një mjet i gjithanshëm për përcaktimin sasior të shprehjes së gjeneve, mbështetja e tij në leximet e shkurtra kufizon efikasitetin e tij në analizat komplekse transkriptomike.Sekuenca e nanoporeve, nga ana tjetër, përdor teknologjinë e lexuar gjatë, duke mundësuar renditjen e transkripteve të mRNA me gjatësi të plotë.Kjo qasje lehtëson një eksplorim gjithëpërfshirës të bashkimit alternativ, shkrirjes së gjeneve, poliadenilimit dhe përcaktimit të sasisë së izoformave të mRNA.
Sekuenca e nanoporeve mbështetet në sinjale elektrike me një molekulë të vetme nanopore në kohë reale.E udhëhequr nga proteinat motorike, ADN-ja me dy zinxhirë lidhet me proteinat nanopore të ngulitura në një biofilm, duke u zbërthyer ndërsa kalon nëpër kanalin nanopore nën një ndryshim tensioni.Sinjalet elektrike dalluese të gjeneruara nga baza të ndryshme në vargun e ADN-së zbulohen dhe klasifikohen në kohë reale, duke lehtësuar renditjen e saktë dhe të vazhdueshme të nukleotideve.Kjo qasje inovative kapërcen kufizimet e leximit të shkurtër dhe ofron një platformë dinamike për analiza të ndërlikuara gjenomike, përfshin studime komplekse transkriptomike.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
Sekuenca e mARN-së me gjatësi të plotë -PacBio
Ndërsa sekuenca e mARN-së e bazuar në NGS është një mjet i gjithanshëm për përcaktimin sasior të shprehjes së gjeneve, mbështetja e tij në leximet e shkurtra kufizon përdorimin e tij në analizat komplekse transkriptomike.Sekuenca PacBio (Iso-Seq), nga ana tjetër, përdor teknologjinë e lexuar gjatë, duke mundësuar renditjen e transkripteve të mRNA me gjatësi të plotë.Kjo qasje lehtëson një eksplorim gjithëpërfshirës të bashkimit alternativ, shkrirjes së gjeneve dhe poliadenilimit, megjithëse nuk është zgjedhja kryesore për kuantifikimin e shprehjes së gjeneve, për shkak të sasisë së lartë të të dhënave të kërkuara.
Teknologjia e sekuencës PacBio mbështetet në sekuencën me një molekulë, në kohë reale (SMRT), duke ofruar një avantazh të veçantë në kapjen e transkripteve të mRNA me gjatësi të plotë.Kjo qasje inovative përfshin përdorimin e përcjellësve të valëve me modalitet zero (ZMW), puse të mikrofabrikuara që mundësojnë vëzhgimin në kohë reale të aktivitetit të polimerazës së ADN-së gjatë sekuencës.Brenda këtyre ZMW-ve, polimeraza e ADN-së e PacBio sintetizon një varg plotësues të ADN-së, duke gjeneruar lexime të gjata që përfshijnë tërësinë e transkripteve të mRNA.Funksionimi i PacBio në modalitetin e sekuencës së konsensusit rrethor (CCS) rrit saktësinë duke renditur në mënyrë të përsëritur të njëjtën molekulë.Leximet e krijuara HiFi kanë një saktësi të krahasueshme me NGS, duke kontribuar më tej në një analizë gjithëpërfshirëse dhe të besueshme të veçorive komplekse transkriptomike.Platforma: PacBio Sequel II
-
Sekuenca e ARN-së eukariote-Illumina
Sekuenca e mRNA fuqizon profilizimin gjithëpërfshirës të të gjitha transkripteve të mRNA brenda qelizave në kushte specifike.Kjo teknologji e fundit shërben si një mjet i fuqishëm, duke zbuluar profilet e ndërlikuara të shprehjes së gjeneve, strukturat e gjeneve dhe mekanizmat molekularë të lidhur me procese të ndryshme biologjike.I adoptuar gjerësisht në kërkimin themelor, diagnostikimin klinikë dhe zhvillimin e ilaçeve, sekuenca e mRNA ofron njohuri në ndërlikimet e dinamikës qelizore dhe rregullimit gjenetik.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Sekuenca e mRNA-së jo-referencë-Illumina
Sekuenca e mRNA fuqizon profilizimin gjithëpërfshirës të të gjitha transkripteve të mRNA brenda qelizave në kushte specifike.Kjo teknologji e fundit shërben si një mjet i fuqishëm, duke zbuluar profilet e ndërlikuara të shprehjes së gjeneve, strukturat e gjeneve dhe mekanizmat molekularë të lidhur me procese të ndryshme biologjike.I adoptuar gjerësisht në kërkimin themelor, diagnostikimin klinikë dhe zhvillimin e ilaçeve, sekuenca e mRNA ofron njohuri në ndërlikimet e dinamikës qelizore dhe rregullimit gjenetik.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Sekuenca e gjatë jo-koduese-Illumina
ARN-të e gjata jo-koduese (lncARN) janë ARN më të gjata se 200 nukleotide që kanë potencial minimal kodues dhe janë elementë kryesorë brenda ARN-së jo-koduese.Të gjetura në bërthamë dhe në citoplazmë, këto ARN luajnë një rol vendimtar në rregullimin epigjenetik, transkriptues dhe post-transkriptues, duke nënvizuar rëndësinë e tyre në formësimin e proceseve qelizore dhe molekulare.Sekuenca e LncARN-së është një mjet i fuqishëm në diferencimin e qelizave, ontogjenezën dhe sëmundjet njerëzore.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekuenca e vogël e ARN-së-Illumina
Molekulat e vogla të ARN-së (sARN), zakonisht nën 200 nukleotide në gjatësi, përfshijnë mikroRNA (miRNA), ARN të vogla ndërhyrëse (siRNA) dhe ARN që ndërveprojnë me piwi (piRNA).Midis tyre, miRNA, me gjatësi rreth 20-24 nukleotide, janë veçanërisht të rëndësishme për rolet e tyre kryesore rregullatore në procese të ndryshme qelizore.Me modelet e shprehjes specifike për indet dhe fazat specifike, miRNA-të shfaqin ruajtje të lartë në specie të ndryshme.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
sekuenca e circARN-së-Illumina
Sekuenca rrethore e ARN-së (circRNA-seq) është të profilizojë dhe analizojë ARN-të rrethore, një klasë molekulash ARN që formojnë sythe të mbyllura për shkak të ngjarjeve të bashkimit jo-kanonik, duke u siguruar këtyre ARN-ve një stabilitet më të madh.Ndërsa disa circARN-të janë treguar të veprojnë si sfungjerë të mikroARN-së, duke sekuestruar mikroARN-të dhe duke i penguar ato të rregullojnë mARN-të e tyre të synuara, circARN të tjera mund të ndërveprojnë me proteinat, të modulojnë shprehjen e gjeneve ose të kenë role në proceset qelizore.Analiza e shprehjes së circRNA ofron njohuri mbi rolet rregullatore të këtyre molekulave dhe rëndësinë e tyre në procese të ndryshme qelizore, fazat e zhvillimit dhe kushtet e sëmundjes, duke kontribuar në një kuptim më të thellë të kompleksitetit të rregullimit të ARN-së në kontekstin e shprehjes së gjeneve.
-
Sekuenca e tërë transkriptomit – Illumina
Sekuenca e plotë e transkriptomit ofron një qasje gjithëpërfshirëse për profilizimin e molekulave të ndryshme të ARN-së, duke përfshirë edhe ARN-të koduese (mRNA) dhe jo-koduese (lncARN, circRNA dhe miRNA).Kjo teknikë kap transkriptomin e plotë të qelizave specifike në një moment të caktuar, duke lejuar një kuptim holistik të proceseve qelizore.I njohur gjithashtu si "sekuenca totale e ARN-së", ai synon të zbulojë rrjete të ndërlikuara rregullatore në nivelin e transkriptomit, duke mundësuar analiza të thella si ARN konkurruese endogjene (ceRNA) dhe analiza të ARN-së së përbashkët.Kjo shënon hapin fillestar drejt karakterizimit funksional, veçanërisht në zbërthimin e rrjeteve rregullatore që përfshijnë ndërveprimet ceRNA të bazuara në circRNA-miRNA-mRNA.
