Produktet

Sekuenca e ARN-së prokariotike

Sekuenca e ARN-së prokariotike përdor sekuencën e gjeneratës së ardhshme (NGS) për të zbuluar praninë dhe sasinë e ARN-së në një moment të caktuar, duke analizuar ndryshimin e transkriptomit qelizor.Sekuenca e ARN-së prokariote e kompanisë sonë synon në mënyrë specifike prokariotët me gjenoma referuese, duke ju ofruar profilizimin e transkriptomit, analizën e strukturës së gjeneve, etj. Është aplikuar gjerësisht në kërkimin shkencor bazë, kërkimin dhe zhvillimin e barnave dhe më shumë.

Platforma: Platforma Illumina NovaSeq

Na kontaktoni

Detajet e Shërbimit

Specifikimet e Shërbimit

Platforma: Platforma Illumina NovaSeq, PE150

Lloji i bibliotekës: 350bp insert cDNA bibliotekë (varet nga shpërndarja maksimale)

Strategjia e renditjes: Paired-End 150 bp

Rekomandoni sasinë e të dhënave: 2 Gb të dhëna të papërpunuara/kampion

Bioinformatika

(1) Kontrolli i cilësisë së të dhënave të renditjes: Shpërndarja e nukleotideve, shpërndarja e cilësisë bazë, vlerësimi i raportit të rRNA;

(2) Analiza e shtrirjes së sekuencës: Statistikat e rezultateve të shtrirjes, Ngopja e renditjes, Mbulimi i renditjes;

(3) Shënimi i gjenomit të referencës (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analiza e shprehjes: Shpërndarja e shprehjes (Me dy ose më shumë mostra), Analiza e shprehjes ndërmjet mostrave (Analiza Venn, Analiza e korrelacionit, analiza PCA);

(5) Analiza e shprehjes diferenciale (Me dy ose më shumë mostra);

(6) Analiza e grupit të gjeneve: Analiza e Venit, Analiza e grupimeve, Analiza e shënimeve të funksionit (COG, GO, KEGG), Analiza e pasurimit të funksionit (GO, KEGG), Grafiku kordal i pasurimit të funksionit, Analiza Ipath;

(7) Analiza e sRNA: parashikimi i sRNA, shënimi i sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), parashikimi i strukturës sekondare të sRNA, parashikimi i gjenit të synuar sRNA;

(8) Analiza e strukturës së transkriptit: Analiza e operonit, parashikimi i vendeve të fillimit dhe mbarimit të transkriptimit, shënimi dhe analiza e UTR, Parashikimi i sekuencës së promovuesit, analiza SNP/InDel (shënimi SNP/InDel, shpërndarja rajonale SNP/InDel, statistikat e SNP).