Sekuenca e vogël e ARN-së-Illumina
Avantazhet e Shërbimit
● baza e parë në fundin 5' ka një preferencë të fortë për U për të marrë ARN specifike
● Parashikimi i gjenit të synuar të miRNA
● Të dhënat përdoren për të bërë analiza të përbashkëta me mARN
● Shprehja diferenciale e miRNA
● Parashikimi i gjenit të synuar të miRNA
● Dorëzimi i rezultateve të bazuara në BMKCloud: Ekspozimi i personalizuar i të dhënave është i disponueshëm në platformë
● Shërbimet pas shitjes të vlefshme për 3 muaj pas përfundimit të projektit
Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi
| Librari | Platforma | Të dhënat e rekomanduara | QC e të dhënave |
| sARN | Illumina SE50 | 10M/20M lexim | Q30≥85% |
Kërkesat e mostrës:
Nukleotidet:
| Konk.(ng/μl) | Sasia (μg) | Pastërti | Integriteti |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ndotje e kufizuar ose pa proteina ose ADN e treguar në xhel. | Për bimët: RIN≥7.5; Për kafshët: RIN≥8.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; lartësi bazë e kufizuar ose aspak |
*Për indet më të vogla se 5 mg, rekomandojmë dërgimin e mostrës së indit të ngrirë (në azot të lëngshëm).
Pezullimi i qelizave: Numri i qelizave = 3×107
*Ne rekomandojmë dërgimin e lizatit të qelizave të ngrira.Në rast se ajo qelizë numërohet më e vogël se 5×105, rekomandohet ngrirja e ndezur në azot të lëngshëm.
Mostrat e gjakut:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol dhe 2mL gjak (TRIzol:Blood=3:1)
Dorëzimi i mostrës së rekomanduar
Enë:
Tub centrifuge 2 ml (Folja e kallajit nuk rekomandohet)
Etiketimi i mostrës: Grup+përsëritje p.sh. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Dërgesa:
1.Akull i thatë: Mostrat duhet të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.
2. Tuba të qëndrueshme: Mostrat e ARN-së mund të thahen në tubin e stabilizimit të ARN-së (p.sh. RNAstable®) dhe të dërgohen në temperaturën e dhomës.
Rrjedha e punës së shërbimit
Dizajni i eksperimentit
Dorëzimi i mostrës
Ekstraktimi i ARN-së
Ndërtimi i bibliotekës
Sekuenca
Analiza e të dhënave
Shërbimet pas shitjes
Bioinformatika
1.Identifikimi i miRNA
Çdo pararendës kandidat i miRNA-ve të reja të parashikuara nga miRDeep2 ka një figurë pdf që tregon strukturën e saj dhe thellësinë e renditjes.
Struktura pararendëse e miRNA dhe thellësia e renditjes
2.KEGG Pasurimi i gjeneve të synuara DE-miRNA
Në këtë sesion, Biomarker fillimisht ekzaminoi nëse rrugët janë të mbi-prezantueshme me gjenet e synuara DE-miRNA.Në përcaktimin e shkallës së pasurimit dhe rëndësisë së rrugës janë aplikuar faktorët e pasurimit dhe testi Fisher.Ekuacioni i llogaritjes së pasurimit është paraqitur më poshtë.
Pasurimi i rrugës KEGG në gjenet e synuara DE-miRNA
3. GO Analiza e pasurimit mbi gjenet e synuara DE-miRNA
ClusterProfiler u përdor në analizën e pasurimit të GO në gjenet e synuara DE-miRNA.Grafiku aciklik i drejtuar i termave të pasuruar u krijua për të treguar strukturën hierarkike të termave.Në figurë, drejtimi i shigjetave paraqet marrëdhëniet e përfshirjes ndërmjet termave, pra nyjet janë më specifike se nyjet e sipërme të tyre.Grafiku acilik i drejtuar i gjeneve të synuara DE-miRNA është paraqitur në figurën më poshtë.
Grafiku aciklik i drejtuar nga TopGO i gjeneve të synuara DE-miRNA
Rasti BMK
Analiza e integruar e MiRNA dhe gjeneve të lidhura me cilësinë e mishit zbulon se Gga-MiR-140-5p ndikon në depozitimin intramuskular të yndyrës tek pulat
Publikuar:Fiziologjia dhe Biokimia Qelizore,2018
Rezultatet kryesore
Pulat e periudhës së vonë të pjelljes shfaqën nivele më të ulëta të shprehjes globale të miRNA-ve sesa pulat e mitura.
U ndërtua një rrjet rregullator i mirNA-mrna që mund të ndikojë në cilësinë e mishit
gga-miR-140-5p promovon diferencimin e adipociteve duke rregulluar poshtë RXRG.
 gga-miR-140-5p promovon diferencimin instramuskular të preadipociteve të pulës duke synuar 3'UTR të RXRG |
Referenca
Zhang M, Li DH, Li F, etj.Analiza e integruar e MiRNA dhe gjeneve të lidhura me cilësinë e mishit zbulon se Gga-MiR-140-5p ndikon në depozitimin intramuskular të yndyrës tek pulat[J].Fiziologji dhe Biokimi Qelizore, 2018: 2421-2433.DOI: 10.1159/000489649
