Sekuencimi i Fragmenteve të Amplifikuara të Lokusit Specifik (SLAF-Seq)
Fluksi i punës
Shërbimi ka disa para-dizajne in silico për të garantuar përzgjedhjen optimale të enzimave gjatë përgatitjes së bibliotekës.
Skema Teknike
Karakteristikat e Shërbimit
● Sekuencimi në NovaSeq me PE150.
● Përgatitja e bibliotekës me barkodim të dyfishtë, duke mundësuar grumbullimin e mbi 1000 mostrave.
● I pavarur nga gjenomi referues:
Me gjenomin referues: zbulimi i SNP dhe InDel
Pa gjenom referues: grupimi i mostrës dhe zbulimi i SNP-ve
● Nëin-silicoNë fazën para-projektimit, kombinimet e shumëfishta të enzimave kufizuese shqyrtohen për të gjetur ato që gjenerojnë një shpërndarje uniforme të etiketave SLAF përgjatë gjenomit.
● Gjatë para-eksperimentit, testohen tre kombinime enzimash në 3 mostra për të gjeneruar 9 biblioteka SLAF, dhe ky informacion përdoret për të zgjedhur kombinimin optimal të enzimave kufizuese për projektin.
Avantazhet e Shërbimit
●Zbulimi i Shënuesve të Lartë GjenetikëNe integrojmë një sistem me barkode të dyfishtë me rendiment të lartë që lejon sekuencimin e njëkohshëm të popullatave të mëdha dhe amplifikimin specifik të lokusit që rrit efikasitetin, duke siguruar që numrat e etiketave plotësojnë kërkesat e larmishme të pyetjeve të ndryshme kërkimore.
● Varësi e ulët nga gjenomiMund të aplikohet te speciet me ose pa një gjenom reference.
●Dizajni i Skemës FleksibileTretja me një enzimë të vetme, me dy enzima, me shumë enzima dhe lloje të ndryshme enzimash mund të zgjidhen të gjitha për t'iu përshtatur qëllimeve ose specieve të ndryshme kërkimore.
● Efikasitet i lartë në tretjen enzimatikePërçueshmëria e njëin-silicoPara-dizajnimi dhe një para-eksperiment sigurojnë dizajn optimal me shpërndarje të barabartë të etiketave SLAF në kromozom (1 etiketë SLAF/4Kb) dhe sekuencë të reduktuar përsëritëse (<5%).
●Ekspertizë e gjerëNe sjellim një përvojë të pasur në çdo projekt, me një rekord të mbylljes së mbi 5000 projekteve SLAF-Seq mbi qindra specie, duke përfshirë bimë, gjitarë, zogj, insekte dhe organizma ujorë.
● Fluksi i Punës Bioinformatike i Zhvilluar VetëNe zhvilluam një rrjedhë pune të integruar bioinformatike për SLAF-Seq për të siguruar besueshmërinë dhe saktësinë e rezultatit përfundimtar.
Specifikimet e Shërbimit
| Lloji i analizës | Shkalla e rekomanduar e popullsisë | Strategjia e sekuencimit | |
| Thellësia e renditjes së etiketave | Numri i etiketës | ||
| Hartat gjenetike | 2 prindër dhe >150 pasardhës | Prindërit: 20x WGS Pasardhësit: 10x | Madhësia e gjenomit: <400 Mb: Rekomandohet WGS <1Gb: 100K etiketa 1-2Gb:: 200K etiketa >2Gb: 300K etiketa Maksimumi 500 mijë etiketa |
| Studime të Shoqërimit në të Gjithë Gjenomin (GWAS) | ≥200 mostra | 10x | |
| Evolucioni gjenetik | ≥30 mostra, me >10 mostra nga secili nëngrup | 10x | |
Kërkesat e Shërbimit
Përqendrimi ≥ 5 ng/µL
Sasia totale ≥ 80 ng
Nanodop OD260/280=1.6-2.5
Xhel agaroze: pa degradim ose kontaminim ose ndotje të kufizuar
Dorëzimi i rekomanduar i mostrës
Enë: Tub centrifuge 2 ml
(Për shumicën e mostrave, ne rekomandojmë që të mos ruhen në etanol)
Etiketimi i mostrës: Mostrat duhet të jenë të etiketuara qartë dhe identike me formularin e informacionit të mostrës së dorëzuar.
Transporti: Akull i thatë: Mostrat duhet të paketohen më parë në qese dhe të varrosen në akull të thatë.
Fluksi i Punës së Shërbimit
Kontroll i cilësisë së mostrës
Eksperimenti pilot
Eksperimenti SLAF
Përgatitja e Bibliotekës
Sekuencimi
Analiza e të dhënave
Shërbime pas shitjes
Analiza jonë bioinformatike përfshin:
Kontrollimi i cilësisë së të dhënave dhe shkurtimi i të dhënave për të hequr leximet e pasura me azot, leximet e adaptorit ose leximet me cilësi të ulët.
Një kontroll i dytë i cilësisë së leximeve të pastra për të kontrolluar shpërndarjen e bazave, cilësinë e sekuencës dhe një vlerësim të të dhënave, por edhe për të kontrolluar efikasitetin e tretjes dhe insertet e marra.
Pasi të jenë kontrolluar leximet, ekzistojnë dy mundësi:
- Hartimi i gjenomit referues
- Pa një gjenom referues: grupim
Pas kësaj, analiza e etiketave SLAF përdoret për të bërë disa thirrje variantesh për të ndihmuar në zbulimin e shënuesve: SNP, InDel, SNV, thirrje CV dhe shënime.
Shpërndarja e etiketave SLAF në kromozome:
Shpërndarja e SNP-ve në kromozome:
Shënim SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X dhe Shi C (2023) Hartimi i QTL dhe analiza transkriptome e përmbajtjes së sheqerit gjatë pjekjes së frutave tëPyrus pyrifolia.Përpara. Shkenca e bimëve.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identifikimi i st1 zbulon një përzgjedhje që përfshin autostopimin e morfologjisë së farës dhe përmbajtjes së vajit gjatë zbutjes së sojës.Revista e Bioteknologjisë së Bimëve, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.etj.Sekuenca e gjenomit dhe diversiteti gjenetik i krapit të zakonshëm,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.etj.Gjenomi i kikirikut të kultivuar ofron njohuri mbi kariotipet e bishtajoreve, evolucionin e poliploideve dhe zbutjen e të korrave.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Viti | Ditar | IF | Titulli | Aplikacionet |
| 2022 | Komunikimet në natyrë | 17.694 | Baza gjenomike e giga-kromozomeve dhe giga-gjenomit të bozhurit të pemëve Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fitolog i Ri | 7.433 | Gjurmët e zbutjes ankorojnë rajonet gjenomike me rëndësi agronomike në soje | SLAF-GWAS |
| 2022 | Revista e Kërkimeve të Avancuara | 12.822 | Introgresionet artificiale të Gossypium barbadense në të gjithë gjenomin në G. hirsutum zbulojnë lokacione superiore për përmirësimin e njëkohshëm të cilësisë dhe rendimentit të fibrave të pambukut tipare | SLAF - Gjenetika evolucionare |
| 2019 | Bimë molekulare | 10.81 | Analiza Gjenomike e Popullatës dhe Montimi De Novo Zbulojnë Origjinën e Weedy Orizi si një lojë evolucionare | SLAF - Gjenetika evolucionare |
| 2019 | Gjenetika e Natyrës | 31.616 | Sekuenca e gjenomit dhe diversiteti gjenetik i krapit të zakonshëm, Cyprinus carpio | Harta e Lidhjes SLAF |
| 2014 | Gjenetika e Natyrës | 25.455 | Gjenomi i kikirikut të kultivuar ofron njohuri mbi kariotipet e bishtajoreve, poliploidet evolucioni dhe zbutja e të korrave. | Harta e Lidhjes SLAF |
| 2022 | Revista e Bioteknologjisë së Bimëve | 9.803 | Identifikimi i ST1 zbulon një përzgjedhje që përfshin autostopimin e morfologjisë së farës. dhe përmbajtja e vajit gjatë zbutjes së sojës | Zhvillimi i shënuesve SLAF |
| 2022 | Revista Ndërkombëtare e Shkencave Molekulare | 6.208 | Identifikimi dhe Zhvillimi i Shënjuesve të ADN-së për një Grurë-Leymus mollis 2Ns (2D) Zëvendësimi i Kromozomeve Disomike | Zhvillimi i shënuesve SLAF |
| Viti | Ditar | IF | Titulli | Aplikacionet |
| 2023 | Kufijtë në shkencën e bimëve | 6.735 | Hartimi i QTL dhe analiza transkriptomike e përmbajtjes së sheqerit gjatë pjekjes së frutave të Pyrus pyrifolia. | Harta gjenetike |
| 2022 | Revista e Bioteknologjisë së Bimëve | 8.154 | Identifikimi i ST1 zbulon një përzgjedhje që përfshin ndryshimin e morfologjisë së farës dhe përmbajtjes së vajit gjatë zbutjes së sojës.
| Thirrje e SNP-së |
| 2022 | Kufijtë në shkencën e bimëve | 6.623 | Hartimi i shoqërimit në të gjithë gjenomin i fenotipeve mezi pa lëvore në mjedis thatësire.
| GWAS |
