BMKCloud Log in
条形 banner-03

Produktet

Sekuenca e tërë transkriptomit – Illumina

Sekuenca e plotë e transkriptomit është projektuar për të profilizuar të gjitha llojet e molekulave të ARN-së, duke përfshirë ARN-të koduese (mRNA) dhe jo-koduese (përfshirë lncARN, circARN dhe miARN) të cilat transkriptohen nga qeliza specifike në një kohë të caktuar.Sekuenca e plotë e transkriptomit, e njohur gjithashtu si "sekuenca e ARN-së totale" synon të zbulojë rrjete rregulluese gjithëpërfshirëse në nivelin e transkriptomit.Duke përfituar nga teknologjia NGS, sekuenca të të gjithë produkteve të transkriptomës janë të disponueshme për analizën e ceRNA dhe analizën e përbashkët të ARN-së, e cila siguron hapin e parë drejt karakterizimit funksional.Zbulimi i rrjetit rregullator të ceRNA me bazë circRNA-miRNA-mRNA.


Detajet e Shërbimit

Bioinformatika

Rezultatet e demonstrimit

Rast studimi

Avantazhet e Shërbimit

● Vlerësimi për të gjitha llojet e ARN-ve për sa i përket numërimit, shprehjes dhe shprehjes relative të bazuar në kromozome

● Identifikimi i ARN-ve të shprehura në mënyrë diferenciale dhe shprehja përkatëse

● Analiza e bashkë-shprehjes së gjeneve

● analiza e rrjetit ceRNA

● Gjenet kryesore përfshijnë analizën e rrugës

● Dorëzimi i rezultateve të bazuara në BMKCloud: Ekspozimi i personalizuar i të dhënave është i disponueshëm në platformë

● Shërbimet pas shitjes të vlefshme për 3 muaj pas përfundimit të projektit

Kërkesat e mostrës dhe dorëzimi

Librari

Platforma

Të dhënat e rekomanduara

QC e të dhënave

ARN totale

Ndriçues PE150&SE50

Rrethi/lnc/mRNA: 16G;miRNA: 10 milion lexim

Q30≥85%

Kërkesat e mostrës:

Nukleotidet:

Pastërti Integriteti Kontaminimi Shuma
OD260/280≥1.7-2.5; OD260/230≥0.5-2.5; Për bimët: RIN≥6.5;Për kafshët: RIN≥7;28S/18S≥1.0;lartësi bazë e kufizuar ose aspak Ndotje e kufizuar ose pa proteina ose ADN e treguar në xhel. Konk.≥100 ng/μl;Vëllimi ≥ 10 μl;Gjithsej ≥ 2 μg

Indi: Pesha (e thatë): ≥1 g
*Për indet më të vogla se 5 mg, rekomandojmë dërgimin e mostrës së indit të ngrirë (në azot të lëngshëm).

Pezullimi i qelizave: Numri i qelizave = 3×107
*Ne rekomandojmë dërgimin e lizatit të qelizave të ngrira.Në rast se numri i qelizës është më i vogël se 5×105, rekomandohet blic i ngrirë në azot të lëngshëm.

Mostrat e gjakut:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol dhe 2mL gjak (TRIzol:Blood=3:1)

Dorëzimi i mostrës së rekomanduar

Enë:
Tub centrifuge 2 ml (Folja e kallajit nuk rekomandohet)
Etiketimi i mostrës: Grup+përsëritje p.sh. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Dërgesa:
1.Akull i thatë: Mostrat duhet të paketohen në thasë dhe të varrosen në akull të thatë.
2. Tuba të qëndrueshme: Mostrat e ARN-së mund të thahen në tubin e stabilizimit të ARN-së (p.sh. RNAstable®) dhe të dërgohen në temperaturën e dhomës.

Rrjedha e punës së shërbimit

Shembull QC

Dizajni i eksperimentit

dorëzimi i mostrës

Dorëzimi i mostrës

Eksperiment pilot

Ekstraktimi i ARN-së

Përgatitja e Bibliotekës

Ndërtimi i bibliotekës

Sekuenca

Sekuenca

Analiza e të dhënave

Analiza e të dhënave

Shërbimet pas shitjes

Shërbimet pas shitjes


  • E mëparshme:
  • Tjetër:

  • Bioinformatika

    wps_doc_16

    1. Vlerësimi mbi të gjitha llojet e shprehjes relative të bazuar në ARN
    Circos-on-the-significance-of-the-differences-in-ARN-expression

    Circos mbi rëndësinë e ndryshimeve në shprehjen e ARN

    2.Rrjeti i integruar i rrugëve KEGG

    Rrjeti i integruar-KEGG-rruga-shtegu

    Rrjeti i integruar i rrugëve KEGG

    3.analiza e rrjetit ceRNA

    ceARN-Rrjeti i bazuar-DE-circRNA-miRNA-mRNA-Ndërveprimet

    Ndërveprimet DE-circRNA-miRNA-mRNA të bazuara në rrjetin e ceRNA

    Rasti BMK

    Modeli i shprehjes së CircRNA dhe rrjetet ceRNA dhe miRNA-mRNA të përfshira në zhvillimin e antherës në linjën CMS të Brassica campestris

    Publikuar:Revista Ndërkombëtare e Shkencave Molekulare,2019

    Qelizat NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) dhe qelizat e kontrollit negativ (sh-Scr) u morën në ditën e 6-të të një infeksioni viral specifik.

    Rezultatet kryesore

    Ky studim krijoi linjën Polima citoplazmë e sterilitetit mashkullor (CMS) "Bcpol97-05A" dhe linjën pjellore, "Bcajh97-01B", në Brassica campestris L. ssp.chinensis Makino, sin.B. rapa ssp.chinensis, dhe kryen krahasime të profilizimit të shprehjes së ARN-së midis sythave të luleve të linjës sterile dhe vijës pjellore me anë të sekuencës së transkriptomit të plotë.
    1. Janë identifikuar gjithsej 31 circARN të shprehura në mënyrë diferenciale (DE), 47 miRNA DE dhe 4779 mRNA DE.
    2. Analiza e ontologjisë së gjeneve (GO) tregoi se shumica e gjeneve DE ishin të përfshira në zhvillimin e murit të polenit
    3. Analiza e pasurimit të rrugës KEGG të mRNA-ve DE (duke përfshirë mARN-të e rregulluara lart dhe të rregulluara poshtë në linjën sterile krahasuar me linjën pjellore) tregoi se "niseshteja dhe sukrosemetabolizmi", "biosinteza e fenilpropanoidit" dhe "ndërkonversionet pentozë dhe glukuronate ” ishin rrugët metabolike më të pasuruara.

    PB-full-length-ARN-Sequencing-case-studim

    Analiza e pasurimit të rrugës KEGG të mARN-ve të shprehura në mënyrë diferenciale

    PB-full-length-ARN-Sequencing-case-studim

    Klasifikimi i ontologjisë gjenetike (GO) të mARN-ve të shprehura në mënyrë diferenciale

    PB-full-length-ARN-Sequencing-case-studim

    Pamje e rrjetit të trefishtë DEcircRNA–DEMiRNA–DEMARN

    Referenca

    Liang Y, Zhang Y, Xu L, etj.Modeli i shprehjes së CircRNA dhe rrjetet ceRNA dhe miRNA-mRNA të përfshira në zhvillimin e antherës në linjën CMS të Brassica campestris[J].International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808

    të marrë një kuotë

    Shkruani mesazhin tuaj këtu dhe na dërgoni

    Na dërgoni mesazhin tuaj: