BMKCloud Log in
条形баннер-03

Производи

Булкед Сегрегант анализа

Групна сегрегантна анализа (БСА) је техника која се користи за брзу идентификацију генетских маркера повезаних са фенотипом.Главни ток рада БСА садржи селекцију две групе појединаца са екстремно супротним фенотиповима, удруживање ДНК свих појединаца да би се формирала два дела ДНК, идентификацију диференцијалних секвенци између две групе.Ова техника је у великој мери коришћена у идентификацији генетских маркера који су снажно повезани са циљаним генима у геномима биљака/животиња.


Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

12

Такаги ет ал., Тхе плант јоурнал, 2013

● Тачна локализација: мешање група са 30+30 до 200+200 појединаца како би се минимизирала позадинска бука;предвиђање региона кандидата на основу несинонимних мутаната.

● Свеобухватна анализа: детаљна анотација о функцији кандидата гена, укључујући НР, СвиссПрот, ГО, КЕГГ, ЦОГ, КОГ, итд.

● Брже време обраде: Брза локализација гена у року од 45 радних дана.

● Велико искуство: БМК је допринео у хиљадама локализације особина, покривајући различите врсте као што су усеви, водени производи, шума, цвеће, воће итд.

Спецификације услуге

Популација:
Одвајање потомства родитеља са супротним фенотиповима.
нпр. Ф2 потомство, повратно укрштање (БЦ), рекомбинантна инбред линија (РИЛ)

Базен за мешање
За квалитативне особине: 30 до 50 јединки (минимално 20) по групи
За квантитативне карактеристике: првих 5% до 10% појединаца са било којим екстремним фенотиповима у целој популацији (минимално 30+30).

Препоручена дубина секвенцирања
Најмање 20Кс/родитељ и 1Кс/потомак појединац (нпр. за мешавину потомака од 30+30 појединаца, дубина секвенцирања ће бити 30Кс по групи)

Биоинформатичке анализе

● Поновно секвенцирање целог генома
 
● Обрада података
 
● СНП/Индел позивање
 
● Провера региона кандидата
 
● Анотација функције гена кандидата

流程图-БС-А1

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

нуклеотиди:

гДНК узорак

Узорак ткива

Концентрација: ≥30 нг/μл

Биљке: 1-2 г

Количина: ≥2 μг (запремина ≥15 μл)

Животиње: 0,5-1 г

Чистоћа: ОД260/280= 1,6-2,5

Пуна крв: 1,5 мл

Ток рада услуге

Узорак КЦ

Дизајн експеримента

достава узорка

Испорука узорка

Пилот експеримент

Екстракција РНК

Припрема библиотеке

Изградња библиотеке

Секуенцинг

Секуенцинг

Анализа података

Анализа података

Услуге након продаје

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • 1. База анализе асоцијације на Еуклидској удаљености (ЕД) за идентификацију региона кандидата.На следећој слици

    Кс-оса: број хромозома;Свака тачка представља ЕД вредност СНП-а.Црна линија одговара уграђеној ЕД вредности.Виша ЕД вредност указује на значајнију повезаност између места и фенотипа.Црвена испрекидана линија представља праг значајне асоцијације.

    мРНА-ФЛНЦ-дистрибуција дужине читања

     

    2. Анализа асоцијација без СНП индекса

    Кс-оса: број хромозома;Свака тачка представља вредност СНП индекса.Црна линија означава вредност уграђеног СНП индекса.Што је већа вредност, то је асоцијација значајнија.

    мРНА-Комплетна-ОРФ-дужина-дистрибуција

     

    БМК Цасе

    Локус квантитативне особине главног ефекта Фнл7.1 кодира богат протеин касне ембриогенезе повезан са дужином врата плода у краставцу

    Објављено: Плант Биотецхнологи Јоурнал, 2020

    Стратегија секвенцирања:

    Родитељи (Јин5-508, ИН): Поновно секвенцирање целог генома за 34× и 20×.

    Групе ДНК (50 дуговратих и 50 кратких врата): Поновно секвенцирање за 61× и 52×

    Кључни резултати

    У овој студији, сегрегирајућа популација (Ф2 и Ф2:3) је генерисана укрштањем линије краставца дугог врата Јин5-508 и кратког врата ИН.Два ДНК базена је конструисало 50 екстремно дуговратих појединаца и 50 екстремно кратковратих појединаца.КТЛ са главним ефектом идентификован је на Цхр07 помоћу БСА анализе и традиционалног КТЛ мапирања.Регион кандидата је додатно сужен финим мапирањем, квантификацијом генске експресије и трансгеним експериментима, који су открили кључни ген у контроли дужине врата, ЦсФнл7.1.Поред тога, пронађено је да је полиморфизам у промоторском региону ЦсФнл7.1 повезан са одговарајућом експресијом.Даља филогенетска анализа сугерише да је локус Фнл7.1 врло вероватно пореклом из Индије.

    ПБ-пуна-ленгтх-РНА-Секуенцинг-студи-цасе-студи

    КТЛ-мапирање у БСА анализи за идентификацију региона кандидата повезаног са дужином врата краставца

    ПБ-пуна-ленгтх-РНА-алтернативе-сплицинг

    ЛОД профили КТЛ дужине врата краставца идентификовани на Цхр07

     
    Референца

    Ксу, Кс., ет ал.„Локус квантитативне особине главног ефекта Фнл7.1 кодира богат протеин касне ембриогенезе повезан са дужином врата плода у краставцу.Плант Биотецхнологи Јоурнал 18.7 (2020).

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: