page_head_bg

Производи

Булкед Сегрегант анализа

Групна сегрегантна анализа (БСА) је техника која се користи за брзу идентификацију генетских маркера повезаних са фенотипом.Главни ток рада БСА садржи одабир две групе појединаца са екстремно супротним фенотиповима, удруживање ДНК свих појединаца да би се формирала два дела ДНК, идентификујући диференцијалне секвенце између две групе.Ова техника је у великој мери коришћена у идентификацији генетских маркера који су снажно повезани са циљаним генима у геномима биљака/животиња.


Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

Bulked Segregant analysis

Такаги ет ал.,Биљни часопис, 2013

ØТачна локализација: мешање група са 30+30 до 200+200 појединаца како би се минимизирала позадинска бука;предвиђање региона кандидата на основу несинонимних мутаната.

ØСвеобухватна анализа: детаљна напомена о функцији кандидата гена, укључујући НР, СвиссПрот, ГО, КЕГГ, ЦОГ, КОГ, итд.

ØБрже време обраде: Брза локализација гена у року од 45 радних дана.

ØВелико искуство: БМК је допринео у хиљадама локализације особина, покривајући различите врсте као што су усеви, водени производи, шума, цвеће, воће, итд.

Спецификације услуге

Популација:
Одвајање потомства родитеља са супротним фенотиповима.
нпр. Ф2 потомство, повратно укрштање (БЦ), рекомбинантна инбред линија (РИЛ)

Базен за мешање
За квалитативне особине: 30 до 50 јединки (минимално 20) по групи
За квантитативне карактеристике: првих 5% до 10% појединаца са било којим екстремним фенотиповима у целој популацији (минимално 30+30).

Препоручена дубина секвенцирања
Најмање 20Кс/родитељ и 1Кс/потомак појединац (нпр. за мешавину потомака од 30+30 појединаца, дубина секвенцирања ће бити 30Кс по групи)

Биоинформатичке анализе

üПоновно секвенцирање целог генома

üОбрада података

üСНП/Индел зове

üСкрининг региона кандидата

üАнотација функције гена кандидата

Bulked Segregant analysis

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

гДНК узорак

Узорак ткива

Концентрација: ≥30 нг/μл

Биљке: 1-2 г

Количина: ≥2 μг (запремина ≥15 μл)

Животиње: 0,5-1 г

Чистоћа: ОД260/280= 1,6-2,5

Пуна крв: 1,5 мл

Ток рада услуге

logo_01

Дизајн експеримента

logo_02

Испорука узорка

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • 1. База анализе асоцијације на Еуклидској удаљености (ЕД) за идентификацију региона кандидата.На следећој слици

    Кс-оса: број хромозома;Свака тачка представља ЕД вредност СНП-а.Црна линија одговара уграђеној ЕД вредности.Виша ЕД вредност указује на значајнију повезаност између места и фенотипа.Црвена испрекидана линија представља праг значајне асоцијације.

    mRNA-FLNC-read-length-distribution

     

    2. Анализа асоцијације без СНП индекса

    Кс-оса: број хромозома;Свака тачка представља вредност СНП индекса.Црна линија означава вредност уграђеног СНП индекса.Што је већа вредност, то је асоцијација значајнија.

    mRNA-Complete-ORF-length-distribution

     

    БМК Цасе

    Квантитативни локус особине главног ефекта Фнл7.1 кодира протеин у изобиљу касне ембриогенезе повезан са дужином врата плода у краставцу

    Објављено: Плант Биотецхнологи Јоурнал, 2020

    Стратегија секвенцирања:

    Родитељи (Јин5-508, ИН): Поновно секвенцирање целог генома за 34× и 20×.

    Групе ДНК (50 дуговратих и 50 кратких врата): Поновно секвенцирање за 61× и 52×

    Кључни резултати

    У овој студији, сегрегирајућа популација (Ф2 и Ф2:3) је генерисана укрштањем линије краставца дугог врата Јин5-508 и кратког врата ИН.Два ДНК базена је конструисало 50 екстремно дуговратих појединаца и 50 екстремно кратковратих појединаца.КТЛ са главним ефектом идентификован је на Цхр07 помоћу БСА анализе и традиционалног КТЛ мапирања.Регион кандидата је додатно сужен финим мапирањем, квантификацијом експресије гена и трансгеним експериментима, који су открили кључни ген у контроли дужине врата, ЦсФнл7.1.Поред тога, откривено је да је полиморфизам у промоторском региону ЦсФнл7.1 повезан са одговарајућом експресијом.Даља филогенетска анализа сугерише да је локус Фнл7.1 врло вероватно пореклом из Индије.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    КТЛ-мапирање у БСА анализи за идентификацију региона кандидата повезаног са дужином врата краставца

    PB-full-length-RNA-alternative-splicing

    ЛОД профили КТЛ дужине врата краставца идентификовани на Цхр07

    Референца

    Ксу, Кс., ет ал.„Локус квантитативне особине главног ефекта Фнл7.1 кодира богат протеин касне ембриогенезе повезан са дужином врата плода у краставцу.Плант Биотецхнологи Јоурнал 18.7 (2020).

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: