секвенцирање цирцРНА-Иллумина
Предности услуге
● ЦирцРНА је у великој корелацији са регулацијом експресије мРНК
● Учествовао у регулаторном систему цирцРНА - миРНА - мРНА
● Идентификација и статистика о познатој цирцРНА и новом предвиђању цирцРНА
● Испорука резултата заснована на БМКЦлоуд-у: Прилагођено рударење података доступно на платформи.
● Услуге након продаје важе 3 месеца по завршетку пројекта
Захтеви за узорке и достава
| Библиотека | Платформа | Препоручени подаци | КЦ података |
| исцрпљивање рРНА | Иллумина ПЕ150 | 16 Гб | К30≥85% |
нуклеотиди:
| Конц. (нг/μл) | Количина (μг) | Чистоћа | Интегритет |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу. | За биљке: РИН≥6,5; За животиње: РИН≥7,0; 5.0≥28С/18С≥1.0; ограничена или никаква почетна висина |
Захтеви за пример:
Ткиво: Тежина (суво): ≥1 г
*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.
Суспензија ћелија: Број ћелија = 3×107
*Препоручујемо да пошаљете замрзнути ћелијски лизат.У случају да та ћелија броји мањи од 5×105, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту.
Узорци крви:
PA×генеБлоодРНАТубе;
6 мЛТРИзола и 2 мЛ крви (ТРИзол:Крв=3:1)
Препоручена достава узорка
Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3 ... ...
испорука:
Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
Биоинформатика
1.ЦирцРНА домаћини
Пријављено је да већина цирцРНА потиче из егзона, а не из интрона или интергенских региона.Штавише, дистрибуција цирцРНА значајно варира међу хромозомима.Због тога је од велике вредности проценити различите дистрибуције домаћина цирцРНА између различитих узорака, укључујући њихову дистрибуцију на различитим генским регионима и на различитим хромозомима.
Дистрибуција цирцРНА домаћина
2. Анализа кластера на ДЕ-цирцРНА
Хијерархијско груписање диференцијално експримираних цирцРНА
3.ГО напомена о генима домаћина ДЕ-цирцРНА
ГО класификација гена домаћина ДЕ-цирцРНА
БМК Цасе
ЦПСФ4 регулише формирање цирцРНА и утишавање гена посредовано микроРНА у хепатоцелуларном карциному
Објављено: Онкоген,2021
Кључни резултати
1. Експресија ЦПСФ4 је појачана у ХЦЦ и та висока експресија ЦПСФ4 је повезана са лошом прогнозом код пацијената са ХЦЦ
2. ЦПСФ4 смањује нивое цирцРНА, које поседују сигналну секвенцу полиаденилације и ово смањење цирцРНА смањује акумулацију миРНА и ремети утишавање гена посредовано миРНА у ХЦЦ
3. Експерименти на ћелијској култури и моделима ксенотрансплантата миша показали су да ЦПСФ4 промовише пролиферацију ХЦЦ ћелија и повећава туморигеност.Штавише, ЦПСФ4 антагонизује тумор супресорски ефекат његове низводне цирцРНА у ХЦЦ
 нивои миРНА и нивои протеина |
Ванг Кс, Донг Ј, Ли Кс, ет ал.ЦПСФ4 регулише формирање цирцРНА и утишавање гена посредовано микроРНК у хепатоцелуларном карциному [Ј].Онцогене.ДОИ： 10.1038/с41388-021-01867-6
