секвенцирање цирцРНА-Иллумина
Карактеристике
● исцрпљивање рРНА праћено усмереном припремом библиотеке, омогућавајући секвенционирање података који су специфични за ланац.
● Биоинформатички ток рада омогућава предвиђање цирцРНА и квантификацију експресије
Предности услуге
●Свеобухватније РНК библиотеке:користимо осиромашење рРНА уместо линеарног исцрпљивања РНК у нашој пре-библиотечкој припреми, обезбеђујући да подаци о секвенцирању укључују не само цирцРНА већ и мРНА и лнцРНА, омогућавајући заједничку анализу ових скупова података
●Опциона анализа компетитивних ендогених РНК (цеРНА) мрежа: пружа дубљи увид у ћелијске регулаторне механизме
●Ектенсиве Екпертисе: са евиденцијом обраде преко 20.000 узорака у БМК-у, обухватајући различите типове узорака и лнцРНА пројекте, наш тим доноси богато искуство у сваки пројекат.
●Ригорозна контрола квалитета: имплементирамо кључне контролне тачке у свим фазама, од припреме узорака и библиотеке до секвенцирања и биоинформатике.Овај педантан надзор осигурава испоруку конзистентно висококвалитетних резултата.
● Подршка након продаје: Наша посвећеност се протеже даље од завршетка пројекта са 3-месечним периодом након продаје.Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора да бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
Захтеви за узорке и достава
| Библиотека | Платформа | Препоручени подаци | КЦ података |
| Поли А обогаћен | Иллумина ПЕ150 | 16-20 Гб | К30≥85% |
Захтеви за пример:
нуклеотиди:
| Конц. (нг/μл) | Количина (μг) | Чистоћа | Интегритет |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | ОД260/280=1,7-2,5 ОД260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу. | За биљке: РИН≥6,5; За животиње: РИН≥7,0; 5.0≥28С/18С≥1.0; ограничена или никаква почетна висина |
● Биљке:
Корен, стабљика или латица: 450 мг
Лист или семе: 300 мг
Воће: 1,2 г
● Животиња:
Срце или црева: 450 мг
Унутрашњи органи или мозак: 240 мг
Мишићи: 600 мг
Кости, коса или кожа: 1,5 г
● Артроподи:
Инсекти: 9г
Ракови: 450 мг
● Пуна крв:2 цеви
● Ћелије: 106 ћелије
● Серум и плазма: 6 мЛ
Препоручена достава узорка
Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3 ... ...
испорука:
1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у РНК стабилизацијској цеви (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
Биоинформатика
предвиђање цирцРНА: хромозомска дистрибуција
Диференцијално изражене цирцРНАс – Вулканска графика
Диференцијално изражене цирцРНА - хијерархијско груписање
Функционално обогаћивање гена домаћина цирцРНА
Истражите напредак у истраживању који омогућава БМКГене-ове услуге секвенцирања цирцРНА кроз одабрану колекцију публикација.
Ванг, Кс. ет ал.(2021) „ЦПСФ4 регулише формирање цирцРНА и утишавање гена посредовано микроРНК код хепатоцелуларног карцинома“, Онцогене 2021 40:25, 40(25), стр. 4338–4351.дои: 10.1038/с41388-021-01867-6.
Ксиа, К. ет ал.(2023) „Транскриптом који реагује на Кс оо открива улогу кружне РНК133 у отпорности на болести регулацијом експресије ОсАРАБ-а у пиринчу“, Пхитопатхологи Ресеарцх, 5(1), стр. 1–14.дои: 10.1186/С42483-023-00188-8/ФИГУРЕС/6.
И, Х. ет ал.(2023) „ЦПСФ3 модулира равнотежу кружних и линеарних транскрипата у хепатоцелуларном карциному“.дои: 10.21203/РС.3.РС-2418311/В1.
Зханг, И. ет ал.(2023) „Свеобухватна процена цирцРНА у циротичној кардиомиопатији пре и после трансплантације јетре“, Међународна имунофармакологија, 114, стр.109495. дои: 10.1016/Ј.ИНТИМП.2022.109495.
