page_head_bg

Производи

Цомпаративе Геномицс

Компаративна геномика буквално значи упоређивање комплетних секвенци и структура генома различитих врста.Ова дисциплина има за циљ да открије еволуцију врста, функцију гена, механизам регулације гена на нивоу генома идентификацијом структура секвенци и елемената који су се сачували или диференцирали међу различитим врстама.Типична компаративна студија геномике укључује анализе у породици гена, еволуционом развоју, дупликацији целог генома, селективном притиску итд.


Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

1Comparative-genomics

ØПакет свеобухватних анализа, који садржи осам најчешће потребних анализа

ØВисока поузданост у анализи са детаљним и лако разумљивим тумачењем резултата

ØДобро осмишљене бројке спремне за објављивање

ØВисококвалификовани биоинформатички тим испуњава различите захтеве персонализованих анализа

ØКраће време обрта са већом прецизношћу у анализи;

ØБогато искуство са преко 90 успешних случајева са акумулативним објављеним фактором утицаја од преко 900;

Спецификације услуге

Процењено време обраде

Број врста

Анализе

30 радних дана

6 - 12

Груписање породице гена

Експанзија и контракција породице гена

Филогенетска конструкција стабла

Процена времена дивергенције (потребна је калибрација фосила)

ЛТР време уметања (за биљке)

Дупликација целог генома (за биљке)

Селективни притисак

Синтени аналисис

Биоинформатичке анализе

üГене породица

üФилогенетика

üВреме дивергенције

üСелективни притисак

üСинтени аналисис

2comparative-genomics-workflow

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

Ткиво или ДНК за секвенцирање и састављање генома

За животиње:
Мишићи (замрзнути): ≥ 2 г;
Пуна крв (незамрзнута): ≥ 2 мл (за 3 библиотеке)

За биљке:
1. Расад (нпр. младе саднице узгајане из семена, саднице културе ткива, итд.): покупити све листове и младе стабљике;
2. Зрела биљка: сакупите врх стабљике и прва 1 или 2 нова листа близу врха стабљике.
* Препоручена количина за сваки узорак ≥ 4 г.(Теоријска употреба за изградњу библиотеке је 1 г по библиотеци).

За ДНК:

Платформа Износ Концентрација Чистоћа
Нанопоре ≥10 μг ≥ 150 нг/μЛ ОД260/280=1,6-2,5 Бистра провидна отопина На гелу: Јасна трака са ограниченом деградацијом и контаминацијом
ПацБио (ЦЦС) ≥15 μг ≥ 90 нг/μЛ

Подаци

Датотеке секвенце генома (.фаста) и датотеке са напоменама (.гфф3) блиско повезаних врста

Ток рада услуге

logo_01

Дизајн експеримента

logo_02

Испорука узорка

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • *Демо резултати приказани овде су сви из генома објављених са Биомаркер Тецхнологиес

    1. Процена времена уметања ЛТР: Слика приказује јединствену бимодалну дистрибуцију у временима уметања ЛТР-РТ у геному ражи Веининг, у поређењу са другим врстама.Најновији врх појавио се пре око 0,5 милиона година.

    3LTR-insertion-time-estimation-in-Weining-rye

    Ли Гуанг и др.Природна генетика, 2021

     

     

    2. Филогенеза и анализа породице гена на чајоту (Сецхиум едуле): Анализом чајота и осталих 13 сродних врста у породици гена, откривено је да је чајот најближи сродан са змијском тиквом (Трицхосантхес ангуина).Чајот добијен из змијске тикве у периоду од око 27-45 миа, а дупликација целог генома (ВГД) примећена је у чајоту у 25±4 миа, што је трећи ВГД догађај код цуцуибитацеае.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Фу А ет ал.,Хортицултуре Ресеарцх, 2021

     

     

    3.Синтени анализа: Неки гени везани за фитохормоне у развоју плода пронађени су у чајоту, змијској тикви и тикви.Корелација између чајота и тиквице је нешто већа него између чајота и змијске тиквице.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Фу А ет ал.,Хортицултуре Ресеарцх, 2021

     

     

    4. Анализа породице гена: КЕГГ обогаћивање експанзије и контракције породице гена у геномима Г.тхурбери и Г.давидсонии показала је да су гени повезани са биосинтезом стероида и биосинтезом брасиностероида проширени.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Јанг З и др.,БМЦ Биологи, 2021

     

     

    5. Анализа дупликације целог генома: Анализа дистрибуције 4ДТВ и Кс показала је догађај дупликације целог генома.Врхови унутар врсте показују догађаје дупликације.Врхови међу врстама приказани су догађаји специјације.Анализа је показала да је у поређењу са друге три блиско сродне врсте, О. еуропаеа недавно прошла кроз дупликацију гена великих размера.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Рао Г и др.,Хортицултуре Ресеарцх, 2021

    БМК Цасе

    Ружа без бодљи: геномски увиди повезани са прилагођавањем влаге

    Објављено: Натионал Сциенце Ревиев, 2021

    Стратегија секвенцирања:

    'Басие'сТхорнлесс' (Р.Вицхураинан) геном:
    Прибл.93 Кс ПацБио + прибл.90 Кс Нанопоре + 267 Кс Иллумина

    Кључни резултати

    1. Висококвалитетни геном Р.вицхураиана је конструисан коришћењем техника секвенционирања дугог читања, које су дале склоп од 530,07 Мб (процењена величина генома је била приближно 525,9 Мб помоћу проточне цитометрије и 525,5 према истраживању генома; Хетерозиготност је била око 1.03%).БУСЦО процењен резултат је био 93,9%.У поређењу са „Олд блусх” (хаплоОБ), квалитет и комплетност овог генома потврђена је базном једнобазном прецизношћу и ЛТР индексом склапања (ЛАИ=20,03).Геном Р.вицхураиана садржи 32.674 гена који кодирају протеине.

    2.Мулти-омичка заједничка анализа, која се састоји од компаративне геномике, транскриптомике, КТЛ анализе генетске популације, открила је кључну специјацију између Р. вицхураиана и Роса цхиненсис.Такође, варијације експресије сродних гена у КТЛ-у су вероватно биле повезане са узорком бодљикавог стабла.

    7KEGG-enrichment-on-gene-family-expansion-and-contraction

    Компаративна геномичка анализа између Басие;с Тхорнлесс и Роса цхиненсис укључујући анализу синтеније, кластер породице гена, анализу експанзије и контракције, открила је велики број варијација, које се односе на кључне особине ружа.Јединствена експанзија у породици гена НАЦ и ФАР1/ФРС је врло вероватно била повезана са отпорношћу на црну мрљу.

    81Comparative-genomics-analyses-between-BT-and-OB 82Comparative-genomics-analyses-between-BT-and-OB 83Comparative-genomics-analyses-between-BT-and-OB

    Компаративна геномичка анализа између БТ и хаплоОБ генома.

    Референца

    Зхонг, М., ет ал.„Ружа без бодљи: геномски увиди повезани са прилагођавањем влаге“Натионал Сциенце Ревиев, 2021;, нваб092.

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: