Цомпаративе Геномицс
Предности услуге
● Пакет свеобухватних анализа, који садржи осам најчешће потребних анализа
● Висока поузданост у анализи са детаљним и лако разумљивим тумачењем резултата
● Добро осмишљене бројке спремне за објављивање
● Висококвалификовани биоинформатичарски тим испуњава различите захтеве персонализованих анализа
● Краће време обрта са већом прецизношћу у анализи
● Богато искуство са преко 90 успешних случајева са акумулативним објављеним фактором утицаја од преко 900
Спецификације услуге
| Процењено време обраде | Број врста | Анализе |
| 30 радних дана | 6 - 12 | Груписање породице гена Експанзија и контракција породице гена Конструкција филогенетског стабла Процена времена дивергенције (потребна је калибрација фосила) ЛТР време уметања (за биљке) Дупликација целог генома (за биљке) Селективни притисак Синтени аналисис |
Биоинформатичке анализе
● Породица гена
● Филогенетика
● Време дивергенције
● Селективни притисак
● Анализа синтезе
Захтеви за узорке и достава
Захтеви за пример:
Ткиво или ДНК за секвенцирање и састављање генома
За ткиво
| Врсте | Ткиво | Анкета | ПацБио ЦЦС |
| Анимал | Висцерално ткиво | 0,5 ~ 1г | ≥ 3,5 г |
| Мишићно ткиво | |||
| ≥ 5,0 г | |||
| ≥ 5,0 мЛ | |||
| Крв сисара | |||
| ≥ 0,5 мЛ | |||
| Крв живине/рибе | |||
| Плант | Фресх Леаф | 1 ~ 2г | ≥ 5,0 г |
| Петал/Стем | 1 ~ 2г | ≥ 10,0 г | |
| Корен/Семе | 1 ~ 2г | ≥ 20,0 г | |
| Ћелије | Културна ћелија | - | ≥ 1 к 108 |
Подаци
Датотеке секвенце генома (.фаста) и датотеке са напоменама (.гфф3) блиско повезаних врста
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секуенцинг
Анализа података
Услуге након продаје
*Демо резултати приказани овде су сви из генома објављених са Биомаркер Тецхнологиес
1. Процена времена уметања ЛТР: Слика приказује јединствену бимодалну дистрибуцију у временима уметања ЛТР-РТ у геному ражи Веининг, у поређењу са другим врстама.Најновији врх појавио се пре око 0,5 милиона година.
Ли Гуанг и др.Природна генетика, 2021
2. Филогенија и анализа породице гена на чајоту (Сецхиум едуле): Анализом чајота и осталих 13 сродних врста у породици гена, откривено је да је чајот најближи сродан са змијском тиквом (Трицхосантхес ангуина).Чајот добијен из змијске тиквице у периоду од око 27-45 миа, а дупликација целог генома (ВГД) примећена је у чајоту у 25±4 миа, што је трећи ВГД догађај код цуцуибитацеае.
Фу А ет ал.,Хортицултуре Ресеарцх, 2021
3.Синтени анализа: Неки гени повезани са фитохормонима у развоју плодова пронађени су у чајоту, змијској тикви и тикви.Корелација између чајота и тиквице је нешто већа него између чајота и змијске тиквице.
Фу А ет ал.,Хортицултуре Ресеарцх, 2021
4. Анализа породице гена: КЕГГ обогаћивање експанзије и контракције породице гена у геномима Г.тхурбери и Г.давидсонии показала је да су гени повезани са биосинтезом стероида и биосинтезом брасиностероида проширени.
Јанг З и др.,БМЦ Биологи, 2021
5. Анализа дупликације целог генома: Анализа дистрибуције 4ДТВ и Кс показала је догађај дупликације целог генома.Врхови интраврсте показују догађаје дупликације.Врхови међу врстама приказани су специјацијски догађаји.Анализа је показала да је у поређењу са друге три блиско сродне врсте, О. еуропаеа недавно прошла кроз дупликацију гена великих размера.
Рао Г и др.,Хортицултуре Ресеарцх, 2021
БМК Цасе
Ружа без бодљи: геномски увиди повезани са прилагођавањем влаге
Објављено: Натионал Сциенце Ревиев, 2021
Стратегија секвенцирања:
'Басие'сТхорнлесс' (Р.Вицхураинан) геном:
Прибл.93 Кс ПацБио + прибл.90 Кс Нанопоре + 267 Кс Иллумина
Кључни резултати
1. Висококвалитетни геном Р.вицхураиана је конструисан коришћењем техника секвенционирања дугог читања, које су дале склоп од 530,07 Мб (процењена величина генома је била приближно 525,9 Мб помоћу проточне цитометрије и 525,5 према истраживању генома; Хетерозиготност је била око 1.03%).БУСЦО процењен резултат је био 93,9%.У поређењу са „Олд блусх” (хаплоОБ), квалитет и комплетност овог генома потврђена је базном једнобазном прецизношћу и ЛТР индексом склапања (ЛАИ=20,03).Геном Р.вицхураиана садржи 32.674 гена који кодирају протеине.
2.Мулти-омичка заједничка анализа, која се састоји од компаративне геномике, транскриптомике, КТЛ анализе генетске популације, открила је кључну специјацију између Р. вицхураиана и Роса цхиненсис.Такође, варијације експресије сродних гена у КТЛ-у су вероватно биле повезане са узорком бодљикавог стабла.
Компаративна геномичка анализа између Басие;с Тхорнлесс и Роса цхиненсис, укључујући анализу синтеније, кластер породице гена, анализу експанзије и контракције, открила је велики број варијација које се односе на кључне особине ружа.Јединствена експанзија у породици гена НАЦ и ФАР1/ФРС је врло вероватно била повезана са отпорношћу на црне тачке.
Компаративна геномичка анализа између БТ и хаплоОБ генома.
Зхонг, М., ет ал.„Ружа без бодљи: геномски увиди повезани са прилагођавањем влаге“Натионал Сциенце Ревиев, 2021;, нваб092.
