page_head_bg

Производи

Де новоСеквенцирање транскриптома пуне дужине -ПацБио

Де новосеквенцирање транскриптома пуне дужине, такође познато каоДе новоИсо-Сек користи предности ПацБио секвенцера у дужини читања, што омогућава секвенцирање цДНК молекула пуне дужине без икаквих прекида.Ово у потпуности избегава све грешке настале у корацима састављања транскрипта и конструише унигене скупове са резолуцијом на нивоу изоформе.Овај унигенски скуп пружа моћне генетске информације као „референтни геном“ на нивоу транскриптома.Поред тога, у комбинацији са подацима секвенцирања следеће генерације, ова услуга омогућава тачну квантификацију експресије на нивоу изоформе.

Платформа: ПацБио Секуел ИИ
Библиотека: СМРТ звоно библиотека

Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

2

ØДиректно очитавање цДНК молекула пуне дужине од 3'-краја до 5'-краја

ØРезолуција нивоа изо-форме у структури секвенце

ØТранскрипти са високом прецизношћу и интегритетом

ØВеома компатибилан са ваиоурс врстама

ØВелики капацитет секвенцирања са 4 опремљене ПацБио Секуел ИИ платформе за секвенцирање

ØВисоко искуство са преко 700 пројеката секвенцирања РНК заснованих на Пацбио-у

ØИспорука резултата заснована на БМКЦлоуд-у: Прилагођено рударење података доступно на платформи.

ØУслуге након продаје важе 3 месеца по завршетку пројекта

Спецификације услуге

Платформа: ПацБио Секуел ИИ

Библиотека секвенцирања: Библиотека мРНА обогаћена поли А

Препоручени принос података: 20 Гб/узорак (у зависности од врсте)

ФЛНЦ (%): ≥75%

*ФЛНЦ: Нехимерни транскрипти пуне дужине

Биоинформатичке анализе

üОбрада сирових података
 
üИдентификација транскрипта
 
üСтруктура секвенце
 
üКвантификација израза
 
üАнотација функције

3

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

нуклеотиди:

Износ Укупно ≥ 3 μг;Цонц.≥ 300 нг/μл;Запремина ≥ 10 μл
Интегритет За биљке: РИН ≥ 7,5;За животиње: РИН ≥ 8;28С/18С ≥ 1,0;Ограничено или никакво повишење основне линије
Чистоћа ОД260/280 ≥ 1,8;ОД260/230 ≥ 1,0;Јасан врх на 260 нм
Белешка Контаминација протеином или ДНК ће врло вероватно утицати на мерења и ниво квалитета узорака.

Ткиво: Тежина (суво):≥1 г
*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.

ћелијска суспензија:Број ћелија = 3×106- 1×107
*Препоручујемо да пошаљете замрзнути лизат ћелија.У случају да је та ћелија мањи од 5×105, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту, што је пожељно за микро екстракцију.

Узорци крви:Запремина≥1 мл

микроорганизам:Маса ≥ 1 г

Препоручена достава узорка

Контејнер:
2 мл епрувета за центрифугу (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...

испорука:

1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.

Ток рада услуге

logo_01

Дизајн експеримента

logo_02

Испорука узорка

logo_03

Екстракција РНК

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • 1. ФЛНЦ расподела дужине

    Дужина нехимерног читања пуне дужине (ФЛНЦ) указује на дужину цДНК у конструкцији библиотеке.Расподела дужине ФЛНЦ-а је кључни индикатор у процени квалитета изградње библиотеке.

    mRNA-FLNC-read-length-distribution

    ФЛНЦ расподела дужине читања

    2. Комплетна дистрибуција дужине ОРФ региона

    Користимо ТрансДецодер да предвидимо регионе који кодирају протеине и одговарајуће секвенце аминокиселина да бисмо генерисали унигене скупове, који садрже комплетне информације о транскрипту без редундантне у свим узорцима.

    mRNA-Complete-ORF-length-distribution

    Комплетна дистрибуција дужине ОРФ региона

    3.КЕГГ анализа обогаћивања пута

    Диференцијално изражени транскрипти (ДЕТ) могу се идентификовати поравнавањем података секвенцирања РНК заснованих на НГС-у на комплетима транскрипта пуне дужине генерисаних ПацБио подацима секвенцирања.Ови ДЕТ се могу даље обрадити за различите функционалне анализе, нпр. анализу обогаћивања КЕГГ пута.

    mRNA-DEG-KEGG-pathway-enrichment

    Обогаћивање пута ДЕТ КЕГГ - Тачкаста графика

    БМК Цасе

    Динамика развоја транскриптома стабла Популус

    Објављено: Плант Биотецхнологи Јоурнал, 2019

    Стратегија секвенцирања:
    Узимање узорака:региони стабљике: врх, прва интернодија (ИН1), друга интернодија (ИН2), трећа интернодија (ИН3), интернод (ИН4) и интернод (ИН5) из Нанлин895
    НГС-секвенца:РНК 15 појединаца је обједињена као један биолошки узорак.Три биолошке реплике сваке тачке су обрађене за НГС секвенцу
    ТГС-секвенца:Региони стабљике подељени су у три региона, односно апекс, ИН1-ИН3 и ИН4-ИН5.Сваки регион је обрађен за ПацБио секвенцирање са четири типа библиотека: 0-1 кб, 1-2 кб, 2-3 кб и 3-10 кб.

    Кључни резултати

    1. Идентификовано је укупно 87150 транскрипата пуне дужине, у којима је идентификовано 2081 нова изоформа и 62058 нових алтернативних спојених изоформа.
    Идентификовано је 2.1187 лнцРНА и 356 фузионих гена.
    3. Од примарног до секундарног раста, идентификовано је 15838 диференцијално експримираних транскрипата из 995 различито експримираних гена.У свим ДЕГ-овима, 1216 су били фактори транскрипције, од којих већина још није пријављена.
    4. ГО анализа обогаћивања открила је значај ћелијске деобе и процеса оксидације-редукције у примарном и секундарном расту.

    • PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

      Алтернативни догађаји спајања и различите изоформе

    • PB-full-length-RNA-alternative-splicing

      ВГЦНА анализа фактора транскрипције

    Референца

    Цхао К, Гао ЗФ, Зханг Д, ет ал.Динамика развоја транскриптома стабла Популус.Плант Биотецхнол Ј. 2019;17(1):206-219.дои:10.1111/пби.12958

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: