Производи

Секвенцирање мРНА пуне дужине -ПацБио

Де новосеквенцирање транскриптома пуне дужине, такође познато каоДе новоИсо-Сек користи предности ПацБио секвенцера у дужини читања, што омогућава секвенцирање цДНК молекула пуне дужине без икаквих прекида.Ово у потпуности избегава све грешке настале у корацима састављања транскрипта и конструише унигене скупове са резолуцијом на нивоу изоформе.Овај унигенски сет пружа моћне генетске информације као „референтни геном“ на нивоу транскриптома.Поред тога, у комбинацији са подацима секвенцирања следеће генерације, ова услуга омогућава тачну квантификацију експресије на нивоу изоформе.

Платформа: ПацБио Секуел ИИ

Библиотека: СМРТ библиотека звона

Контактирајте нас

Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

● Директно очитавање цДНК молекула пуне дужине од 3'-краја до 5'-краја

● Резолуција нивоа изо-форме у структури секвенце

● Транскрипти са високом прецизношћу и интегритетом

● Веома компатибилан са ваиоурс врстама

● Велики капацитет секвенцирања са 4 опремљене ПацБио Секуел ИИ платформе за секвенцирање

● Високо искуство са преко 700 пројеката секвенцирања РНК заснованих на Пацбио-у

● Испорука резултата заснована на БМКЦлоуд-у: Прилагођено рударење података доступно на платформи.

● Услуге након продаје важе 3 месеца по завршетку пројекта

Спецификације услуге

Платформа: ПацБио Секуел ИИ

Библиотека секвенцирања: Библиотека мРНА обогаћена поли А

Препоручени принос података: 20 Гб/узорак (у зависности од врсте)

ФЛНЦ (%): ≥75%

*ФЛНЦ: Нехимерни транскрипти пуне дужине

Биоинформатичке анализе

● Обрада необрађених података

● Идентификација транскрипта

● Структура секвенце

● Квантификација израза

● Напомена о функцији

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

нуклеотиди:

Конц. (нг/μл)

Количина (μг)

Чистоћа

Интегритет

≥ 120

≥ 0,6

ОД260/280=1,7-2,5

ОД260/230=0,5-2,5

Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу.

За биљке: РИН≥7,5;

За животиње: РИН≥8,0;

5.0≥ 28С/18С≥1.0;

ограничена или никаква почетна висина

Ткиво: Тежина (суво):≥1 г
*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.

ћелијска суспензија:Број ћелија = 3×10⁶- 1×10⁷
*Препоручујемо да пошаљете замрзнути ћелијски лизат.У случају да та ћелија броји мањи од 5×10⁵, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту, што је пожељно за микро екстракцију.

Узорци крви:Волумен≥1 мЛ

микроорганизам:Маса ≥ 1 г

Препоручена достава узорка

Контејнер:
2 мл епрувета за центрифугу (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3 ... ...

испорука:

1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у РНК стабилизацијској цеви (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.

Ток рада услуге

Дизајн експеримента

Испорука узорка

Екстракција РНК

Изградња библиотеке

Секуенцинг

Анализа података

Услуге након продаје

Претходна: Еукариотска мРНА Секуенцинг-Иллумина

Следећи: Секвенцирање мРНА пуне дужине-Нанопоре

1. ФЛНЦ расподела дужине

Дужина нехимерног читања пуне дужине (ФЛНЦ) указује на дужину цДНК у конструкцији библиотеке.Дистрибуција дужине ФЛНЦ-а је кључни индикатор у процени квалитета изградње библиотеке.

мРНА-ФЛНЦ-дистрибуција дужине читања

ФЛНЦ расподела дужине читања

2. Комплетна дистрибуција дужине ОРФ региона

Користимо ТрансДецодер да предвидимо регионе који кодирају протеине и одговарајуће секвенце аминокиселина за генерисање унигених скупова, који садрже комплетне информације о транскрипту који нису редундантни у свим узорцима.

мРНА-Комплетна-ОРФ-дужина-дистрибуција

Комплетна дистрибуција дужине ОРФ региона

3.КЕГГ анализа обогаћивања пута

Диференцијално изражени транскрипти (ДЕТ) се могу идентификовати усклађивањем података секвенцирања РНК заснованих на НГС-у на комплетима транскрипта пуне дужине генерисаних ПацБио подацима секвенцирања.Ови ДЕТ се могу даље обрадити за различите функционалне анализе, нпр. анализу обогаћивања КЕГГ пута.

мРНА-ДЕГ-КЕГГ-пут-обогаћивање

Обогаћивање пута ДЕТ КЕГГ - Тачкаста графика

БМК Цасе

Динамика развоја транскриптома стабла Популус

Објављено: Плант Биотецхнологи Јоурнал, 2019

Стратегија секвенцирања:
Узимање узорака:региони стабљике: врх, прва интернодија (ИН1), друга интернодија (ИН2), трећа интернодија (ИН3), интернод (ИН4) и интернод (ИН5) из Нанлин895
НГС-секвенца:РНК 15 појединаца је обједињена као један биолошки узорак.Три биолошке реплике сваке тачке су обрађене за НГС секвенцу
ТГС-секвенца:Региони стабљике су подељени у три региона, односно апекс, ИН1-ИН3 и ИН4-ИН5.Сваки регион је обрађен за ПацБио секвенцирање са четири типа библиотека: 0-1 кб, 1-2 кб, 2-3 кб и 3-10 кб.

Кључни резултати

1. Идентификовано је укупно 87150 транскрипата пуне дужине, у којима је идентификовано 2081 нова изоформа и 62058 нових алтернативних спојених изоформа.
Идентификовано је 2.1187 лнцРНА и 356 фузионих гена.
3. Од примарног до секундарног раста, идентификовано је 15838 диференцијално експримираних транскрипата из 995 различито експримираних гена.У свим ДЕГ-овима, 1216 су били фактори транскрипције, од којих већина још није пријављена.
4.ГО анализа обогаћивања открила је значај ћелијске деобе и процеса оксидације-редукције у примарном и секундарном расту.