Секвенцирање мРНК пуне дужине - Нанопоре
Карактеристике
● Хватање поли-А мРНК праћено синтезом цДНК и припремом библиотеке
● Секвенцирање транскрипата у пуној дужини
● Биоинформатичка анализа заснована на поравнању са референтним геномом
● Биоинформатичка анализа обухвата не само експресију на нивоу гена и изоформе, већ и анализу дуге непрекидне РНК (lncRNA), генских фузија, полиаденилације и генске структуре
Предности услуге
●Квантификација експресије на нивоу изоформе: омогућава детаљну и прецизну анализу експресије, откривајући промене које могу бити маскиране при анализи целе експресије гена
●Смањени захтеви за подацима:У поређењу са секвенцирањем следеће генерације (NGS), секвенцирање нанопора показује ниже захтеве за подацима, омогућавајући еквивалентне нивое засићења квантификације експресије гена са мањим подацима.
●Већа тачност квантификације изразаи на нивоу гена и на нивоу изоформе
●Идентификација додатних транскриптомских информацијаалтернативна полиаденилација, фузиони гени и lcnRNA и њихови циљни гени
●Опсежна стручностНаш тим доноси богато искуство у сваки пројекат, завршивши преко 850 пројеката транскриптома пуне дужине Nanopore и обрадивши преко 8.000 узорака.
●Постпродајна подршкаНаша посвећеност се протеже и након завршетка пројекта, уз тромесечни постпродајни период услуге. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора како бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
Захтеви за узорке и испорука
| Библиотека | Стратегија секвенцирања | Препоручени подаци | Контрола квалитета |
| Обогаћен поли А | Нанопоре ПрометИОН 48 | 6/12 Гб | Просечна оцена квалитета: Q10 |
Захтеви за узорке:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/μл) | Количина (μг) | Чистоћа | Интегритет |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација протеинима или ДНК приказана на гелу. | За биљке: RIN≥7,0; За животиње: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограничена или никаква елевација основне основе |
● Биљке:
Корен, стабљика или латица: 450 мг
Лист или семе: 300 мг
Воће: 1,2 г
● Животиња:
Срце или црева: 300 мг
Унутрашњи органи или мозак: 240 мг
Мишићи: 450 мг
Кости, коса или кожа: 1 г
● Артроподи:
Инсекти: 6 г
Ракови: 300 мг
● Пуна крв1 туба
● Ћелије: 106 ћелије
Препоручена испорука узорка
Посуда: епрувета за центрифугирање од 2 мл (алуминијумска фолија се не препоручује)
Пример обележавања: Груписање + понављање, нпр. А1, А2, А3; Б1, Б2, Б3.
Пошиљка:
1. Суви лед: Узорке треба спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: РНК узорци се могу сушити у РНК стабилизационој епрувети (нпр. RNAstable®) и транспортовати на собној температури.
Ток рада услуге
Нуклеотиди:
Испорука узорка
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Постпродајне услуге
Ток рада услуге
Ткиво:
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Постпродајне услуге
● Обрада сирових података
● Идентификација транскрипта
● Алтернативно спајање
● Квантификација експресије на нивоу гена и нивоу изоформе
● Анализа диференцијалне експресије
● Анотација и обогаћивање функција (DEG и DET)
Анализа алтернативног спајања
Алтернативна анализа полиаденилације (APA)
Предвиђање днРНК
Анотација нових гена
Груписање DET-ова
Протеин-протеинске мреже у диференцијално распоређеним ћелијама (DEG)
Истражите напредак који су омогућиле BMKGene-ове услуге секвенцирања мРНК пуне дужине Nanopore кроз курирану колекцију публикација.
Гонг, Б. и др. (2023) „Епигенетска и транскрипциона активација секреторне киназе FAM20C као онкогена у глиому“, Часопис за генетику и геномику, 50(6), стр. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Хе, З. и др. (2023) „Секвенцирање транскриптома пуне дужине лимфоцита који реагују на IFN-γ открива имуни одговор искривљен Th1 код листка (Paralichthys olivaceus)“, Fish & Shellfish Immunology, 134, стр. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ма, Ј. и др. (2023) „Упоредна анализа метода секвенцирања РНК PacBio и ONT за идентификацију отрова Nemopilema Nomurai“, Genomics, 115(6), стр. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Ју, Д. и др. (2023) „Нано-секвенциона анализа открива различите функционалне тенденције између егзозома и микровезикула изведених из hUMSC“, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), стр. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
