BMKCloud Log in
条形баннер-03

Производи

Секвенцирање мРНА пуне дужине-Нанопоре

РНК секвенцирање је било непроцењиво средство за свеобухватну анализу транскриптома.Несумњиво је да је традиционално секвенцирање кратког читања овде постигло бројне важне помаке.Ипак, често наилази на ограничења у идентификацији изоформе пуне дужине, квантификацији, ПЦР пристрасности.

Секвенцирање нанопора се разликује од других платформи за секвенцирање по томе што се нуклеотиди читају директно без синтезе ДНК и генерише дуго читање на десетинама килобаза.Ово омогућава директно читање укрштањем транскрипата пуне дужине и суочавање са изазовима у студијама на нивоу изоформе.

Платформа:Нанопоре ПрометхИОН

библиотека:цДНА-ПЦР


Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

● Пристрасност ниске секвенце

● Откривање цДНК молекула пуне дужине

● Потребно је мање података за покривање истог броја транскрипата

● Идентификација више изоформа по гену

● Квантификација експресије на нивоу изоформе

Спецификације услуге

Библиотека

Платформа

Препоручени обим података (Гб)

Контрола квалитета

цДНА-ПЦР (обогаћен поли-А)

Нанопоре ПрометхИОН П48

6 Гб/узорак (у зависности од врсте)

Однос пуне дужине>70%

Просечна оцена квалитета: К10

 

Биоинформатичке анализе

Обрада сирових података

● Идентификација транскрипта

● Алтернативно спајање

● Квантификација експресије на нивоу гена и нивоу изоформе

● Анализа диференцијалног израза

● Напомене и обогаћивање функција (ДЕГ и ДЕТ)

 

цела дужина

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

нуклеотиди:

Конц. (нг/μл)

Количина (μг)

Чистоћа

Интегритет

≥ 100

≥ 0,6

ОД260/280=1,7-2,5

ОД260/230=0,5-2,5

Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу.

За биљке: РИН≥7,0;

За животиње: РИН≥7,5;

5.0≥28С/18С≥1.0;

ограничена или никаква почетна висина

Ткиво: Тежина (суво): ≥1 г

*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.

Суспензија ћелија: Број ћелија = 3×106- 1×107

*Препоручујемо да пошаљете замрзнути ћелијски лизат.У случају да та ћелија броји мањи од 5×105, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту, што је пожељно за микро екстракцију.

Узорци крви: Запремина≥1 мл

Препоручена достава узорка

Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)

Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3 ... ...

Испорука: 2、Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.

  1. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.

 

Ток рада услуге

нуклеотиди:

достава узорка

Испорука узорка

Припрема библиотеке

Изградња библиотеке

Секуенцинг

Секуенцинг

Анализа података

Анализа података

Услуге након продаје

Услуге након продаје

Ток рада услуге

ткиво:

Узорак КЦ

Дизајн експеримента

достава узорка

Испорука узорка

Пилот експеримент

Екстракција РНК

Припрема библиотеке

Изградња библиотеке

Секуенцинг

Секуенцинг

Анализа података

Анализа података

Услуге након продаје

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • 1.Анализа диференцијалног израза -Вулкански дијаграм

    Анализа диференцијалне експресије може се обрадити и на нивоу гена да би се идентификовали различито експримирани гени (ДЕГ) и на нивоу изоформе да би се идентификовали различито

     3(1)

    изражени транскрипти (ДЕТ) 

    2.Топлотна мапа хијерархијског кластера

    4(1)

    3.Алтернативна идентификација и класификација спајања

    Асталависта може предвидети пет типова алтернативних догађаја спајања.

    5(1)

    4.Идентификација и мотив алтернативних догађаја полиаденилације (АПА) на 50 бп узводно од поли-А

    6(1)

    БМК Цасе

    Алтернативна идентификација спајања и квантификација на нивоу изоформе секвенцирањем транскриптома пуне дужине нанопора

    Објављено:Природне комуникације, 2020

    Стратегија секвенцирања:

    Груписање: 1. ЦЛЛ-СФ3Б1(ВТ);2. ЦЛЛ-СФ3Б1 (мутација К700Е);3. Нормалне Б-ћелије

    Стратегија секвенцирања: МинИОН 2Д секвенцирање библиотеке, ПрометхИОН 1Д секвенцирање библиотеке;кратко прочитани подаци из истих узорака

    Платформа за секвенцирање: Нанопоре МинИОН;Нанопоре ПрометхИОН;

    Кључни резултати

    1. Идентификација алтернативног спајања на нивоу изоформе

    Дуго читане секвенце омогућавају идентификацију мутанта СФ3Б1К700Е-измењена места спајања на нивоу изоформе.Утврђено је да су 35 алтернативних 3′СС и 10 алтернативних 5′СС значајно различито спојени између СФ3Б1К700Еи СФ3Б1WT.33 од 35 измена су недавно откривене дуго читаним секвенцама.

    2. Квантификација алтернативног спајања на нивоу изоформе

    Експресија изоформи задржавања интрона (ИР) у СФ3Б1К700Еи СФ3Б1WTсу квантификовани на основу секвенци нанопора, откривајући глобалну регулацију ИР изоформа у СФ3Б1К700Е.

    Референца

    Танг АД, Соулетте ЦМ, Барен МЈВ, ет ал.Карактеризација транскрипта пуне дужине мутације СФ3Б1 код хроничне лимфоцитне леукемије открива смањење регулације задржаних интрона [Ј].Натуре Цоммуницатионс.

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: