page_head_bg

Производи

Секвенцирање мРНА пуне дужине-Нанопоре

РНК секвенцирање је било непроцењиво средство за свеобухватну анализу транскриптома.Без сумње, традиционално секвенцирање кратког читања овде је постигло бројне важне помаке.Ипак, често наилази на ограничења у идентификацији изоформе пуне дужине, квантификацији, ПЦР пристрасности.

Секвенцирање нанопора се разликује од других платформи за секвенцирање по томе што се нуклеотиди читају директно без синтезе ДНК и генерише дуго читање на десетинама килобаза.Ово омогућава директно читање укрштањем транскрипата пуне дужине и суочавање са изазовима у студијама на нивоу изоформе.

Платформа:Нанопоре ПрометхИОН

библиотека:цДНА-ПЦР


Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

ØПристрасност ниске секвенце

ØОткривање цДНК молекула пуне дужине

ØМање података је потребно за покривање истог броја транскрипата

ØИдентификација више изоформа по гену

ØКвантификација експресије на нивоу изоформе

Спецификације услуге

Библиотека

Платформа

Препоручени обим података (Гб)

Контрола квалитета

цДНА-ПЦР (обогаћен поли-А)

Нанопоре ПрометхИОН П48

4 Гб/узорак (у зависности од врсте)

Однос пуне дужине>70%

Просечна оцена квалитета: К10

 

Биоинформатичке анализе

ü Обрада сирових података

üИдентификација транскрипта

üАлтернативно спајање

üКвантификација експресије на нивоу гена и нивоу изоформе

üАнализа диференцијалног израза

üНапомене и обогаћивање функција (ДЕГ и ДЕТ)

 

2(1)

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

нуклеотиди:  

Чистоћа Интегритет Износ
ОД260/280≥1.8;ОД260/230≥1.0;Јасан пик на 260 нм Ограничена или без контаминације протеина или ДНК приказане на гелу. За биљке: РИН≥7,5;За животиње: РИН≥8;28С/18С≥1,0;ограничено или без почетне надморске висине Цонц.≥40 нг/μл; Укупно ≥ 1 μг

Ткиво: Тежина (суво): ≥1 г

*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.

Суспензија ћелија: Број ћелија = 3×106- 1×107

*Препоручујемо да пошаљете замрзнути лизат ћелија.У случају да та ћелија броји мањи од 5×105, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту, што је пожељно за микро екстракцију.

Узорци крви: Запремина≥1 мл

Препоручена достава узорка

Контејнер: епрувета за центрифугу од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)

Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...

Испорука: 1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.

  1. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.

 

Ток рада услуге

logo_02

Испорука узорка

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје

Ток рада услуге

logo_01

Дизајн експеримента

logo_02

Испорука узорка

logo_03

Екстракција РНК

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • 1.Анализа диференцијалне експресије -Вулкански дијаграм

    Анализа диференцијалне експресије може се обрадити и на нивоу гена да би се идентификовали различито изражени гени (ДЕГ) и на нивоу изоформе да би се идентификовали различито

     3(1)

    изражени транскрипти (ДЕТ) 

    2.Топлотна мапа хијерархијског кластера

    4(1)

    3. Алтернативна идентификација и класификација спајања

    Асталависта може предвидети пет типова алтернативних догађаја спајања.

    5(1)

    4.Идентификација и мотив алтернативних догађаја полиаденилације (АПА) на 50 бп узводно од поли-А

    6(1)

    БМК Цасе

    Алтернативна идентификација спајања и квантификација на нивоу изоформе секвенцирањем транскриптома пуне дужине нанопора

    Објављено:Природне комуникације, 2020

    Стратегија секвенцирања:

    Груписање: 1. ЦЛЛ-СФ3Б1(ВТ);2. ЦЛЛ-СФ3Б1 (мутација К700Е);3. Нормалне Б-ћелије

    Стратегија секвенцирања: МинИОН 2Д секвенцирање библиотеке, ПрометхИОН 1Д секвенцирање библиотеке;кратко прочитани подаци из истих узорака

    Платформа за секвенцирање: Нанопоре МинИОН;Нанопоре ПрометхИОН;

    Кључни резултати

    1. Алтернативна идентификација спајања на нивоу изоформе

    Дуго читане секвенце омогућавају идентификацију мутанта СФ3Б1К700Е-измењена места спајања на нивоу изоформе.Утврђено је да су 35 алтернативних 3′СС и 10 алтернативних 5′СС значајно различито спојени између СФ3Б1К700Еи СФ3Б1WT.33 од 35 измена су недавно откривене дуго читаним секвенцама.

    2. Квантификација алтернативног спајања на нивоу изоформе

    Експресија изоформи задржавања интрона (ИР) у СФ3Б1К700Еи СФ3Б1WTсу квантификовани на основу секвенци нанопора, откривајући глобалну регулацију ИР изоформа у СФ3Б1К700Е.

    Референца

    Танг АД, Соулетте ЦМ, Барен МЈВ, ет ал.Карактеризација транскрипта пуне дужине мутације СФ3Б1 код хроничне лимфоцитне леукемије открива смањење регулације задржаних интрона [Ј].Натуре Цоммуницатионс.

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: