Анализа асоцијације на нивоу целог генома
Ток рада
Предности услуге
●Опсежна стручност и публикацијеСа акумулираним искуством у GWAS-у, BMKGene је завршио стотине пројеката врста у истраживању популација GWAS-а, помогао истраживачима да објаве више од 100 чланака, а кумулативни фактор утицаја је достигао 500.
● Свеобухватна биоинформатичка анализа: ток рада укључује анализу асоцијације SNP-особина, испоруку скупа кандидатских гена и њихових одговарајућих функционалних анотација.
●Висококвалификовани биоинформатички тим и кратак циклус анализеСа великим искуством у напредној геномској анализи, тим BMKGene-а пружа свеобухватне анализе са брзим временом обраде.
●Постпродајна подршка:Наша посвећеност се протеже и након завршетка пројекта, уз тромесечни постпродајни период услуге. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора како бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
Спецификације и захтеви услуге
| Врста секвенцирања | Препоручена скала популације | Стратегија секвенцирања | Захтеви за нуклеотиде |
| Секвенцирање целог генома | 200 узорака | 10 пута | Концентрација: ≥ 1 нг/µЛ Укупна количина ≥ 30 нг Ограничена или никаква деградација или контаминација |
| Специфично-локусни амплификовани фрагмент (SLAF) | Дубина ознаке: 10x Број ознака: < 400 Mb: Препоручује се WGS < 1 Гб: 100 хиљада ознака 1 Гб > 2 Гб: 300 хиљада ознака Максимално 500 хиљада ознака | Концентрација ≥ 5 нг/µЛ Укупна количина ≥ 80 нг Агарозни гел: без или ограничена разградња или контаминација
|
Избор материјала
Различите сорте, подврсте, локалне сорте/генске банке/мешовите породице/дивљи ресурси
Различите сорте, подврсте, локалне сорте
Породица полубрата/породица пуног брата/дивљи ресурси
Ток рада сервиса
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Постпродајне услуге
Укључује следећу анализу:
- Анализа асоцијације на нивоу целог генома: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM модел
- Функционална анотација кандидатских гена
Анализа асоцијације SNP-особина – Манхатан графикон
Анализа асоцијације SNP-особине – QQ графикон
Истражите напредак који су омогућиле BMKGene-ове de GWAS услуге кроз курирану колекцију публикација:
Лв, Л. и др. (2023) „Увид у генетску основу толеранције на амонијак код шкољке Sinonovacula constricta студијом асоцијације на нивоу целог генома“,Аквакултура, 569, стр. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Ли, X. и др. (2022) „Мулти-омичке анализе 398 узорака проса лисичјег репа откривају геномске регионе повезане са доместикацијом, метаболитним особинама и антиинфламаторним ефектима“,Молекуларна биљка, 15(8), стр. 1367–1383. дои: 10.1016/ј.молп.2022.07.003.
Ли, Ј. и др. (2022) „Мапирање асоцијација на нивоу целог генома фенотипова Халес Барли у окружењу суше“,Границе у биљној науци, 13, стр. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Жао, X. и др. (2021) „GmST1, који кодира сулфотрансферазу, даје отпорност на сојеве G2 и G3 вируса мозаика соје“,Биљка, ћелија и животна средина, 44(8), стр. 2777–2792. дои: 10.1111/ПЦЕ.14066.
