-
Де ново секвенцирање генома биљака/животиња
Де новосеквенцирање се односи на изградњу целог генома врсте коришћењем технологија секвенцирања, нпр. ПацБио, Нанопоре, НГС, итд., у одсуству референтног генома.Изванредно побољшање дужине читања технологије секвенцирања треће генерације донело је нове могућности у састављању сложених генома, као што су они са високом хетерозиготношћу, високим односом репетитивних региона, полиплоидима, итд. Са дужином читања на нивоу десетина килобаза, ова очитавања секвенцирања омогућавају решавање репетитивних елемената, региона са абнормалним садржајем ГЦ и других веома сложених региона.
Платформа: ПацБио Секуел ИИ /Нанопоре ПрометхИОН П48/ Иллумина НоваСек6000
-
Склоп генома заснован на Хи-Ц
Хи-Ц је метода дизајнирана да ухвати конфигурацију хромозома комбиновањем сондирања интеракција заснованих на близини и секвенционирања високе пропусности.Верује се да је интензитет ових интеракција у негативној корелацији са физичком раздаљином на хромозомима.Према томе, Хи-Ц подаци би могли да усмеравају груписање, редослед и оријентацију састављених секвенци у нацрту генома и да их усидре на одређени број хромозома.Ова технологија омогућава склапање генома на нивоу хромозома у одсуству генетске мапе засноване на популацији.Сваки појединачни геном треба Хи-Ц.
Платформа: Иллумина НоваСек6000 / ДНБСЕК
-
Еволуциона генетика
Еволуциона генетика је препуна услуга секвенцирања дизајнирана за пружање свеобухватног тумачења еволуционих информација датих материјала на основу генетских варијација, укључујући СНП, ИнДелс, СВ и ЦНВ.Обезбеђује све фундаменталне анализе потребне за описивање еволуционих промена и генетских карактеристика популација, као што су структура популације, генетски диверзитет, филогенски односи, итд. Такође садржи студије о протоку гена, које омогућавају процену ефективне величине популације, времена дивергенције.
-
Цомпаративе Геномицс
Компаративна геномика буквално значи упоређивање комплетних секвенци и структура генома различитих врста.Ова дисциплина има за циљ откривање еволуције врста, функције гена, регулаторног механизма гена на нивоу генома идентификацијом структура секвенци и елемената који су се сачували или диференцирали међу различитим врстама.Типична компаративна студија геномике укључује анализе у породици гена, еволуционом развоју, дупликацији целог генома, селективном притиску итд.
-
Булкед Сегрегант анализа
Групна сегрегантна анализа (БСА) је техника која се користи за брзу идентификацију генетских маркера повезаних са фенотипом.Главни ток рада БСА садржи одабир две групе појединаца са екстремно супротним фенотиповима, удруживање ДНК свих појединаца да би се формирала два дела ДНК, идентификујући диференцијалне секвенце између две групе.Ова техника је у великој мери коришћена у идентификацији генетских маркера који су снажно повезани са циљаним генима у геномима биљака/животиња.
