page_head_bg

Производи

Склоп генома заснован на Хи-Ц

Хи-Ц је метода дизајнирана да ухвати конфигурацију хромозома комбиновањем сондирања интеракција заснованих на близини и секвенционирања високе пропусности.Верује се да је интензитет ових интеракција у негативној корелацији са физичком раздаљином на хромозомима.Према томе, Хи-Ц подаци би могли да усмеравају груписање, редослед и оријентацију састављених секвенци у нацрту генома и да их усидре на одређени број хромозома.Ова технологија омогућава склапање генома на нивоу хромозома у одсуству генетске мапе засноване на популацији.Сваки појединачни геном треба Хи-Ц.

Платформа: Иллумина НоваСек6000 / ДНБСЕК


Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

1Principle-of-Hi-C-sequencing

Преглед Хи-Ц
(Лиеберман-Аиден Е ет ал.,Наука, 2009)

ØНема потребе за конструисањем генетске популације за сидрење контига
ØВећа густина маркера доводи до већег односа сидрења контига на преко 90%;
ØОмогућава процену и исправке постојећих склопова генома;
ØКраће време обрта са већом прецизношћу у састављању генома;
ØОбилно искуство са преко 1000 Хи-Ц библиотека конструисаних за преко 500 врста;
ØПреко 100 успешних случајева са акумулативним објављеним фактором утицаја од преко 760;
ØХи-Ц базиран склоп генома за полиплоидни геном, 100% стопа сидрења је постигнута у претходном пројекту.
ØИн-хоусе патенти и ауторска права на софтвер за Хи-Ц експерименте и анализу података
ØСаморазвијен софтвер за подешавање визуелизованих података, омогућава ручно померање блокова, преокретање, опозив и понављање.

Спецификације услуге

СеквенцирањеПлатформа

Библиотека

Препоручена дубина

Процењено време обраде

Скупштина

Иллумина

300-350 бп

Једноставан геном ≥ 100 ×

Комплексни геном ≥ 150 ×

3 месеца

(у зависности од врсте)

Однос сидрења ≥ 90% (у зависности од врсте)

Биоинформатичке анализе

üКонтрола квалитета сирових података

üХи-Ц контрола квалитета библиотеке

üХи-Ц базиран склоп генома

üЕвалуација након монтаже

2Hi-C-based-genome-assembly

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

За животиње:
1.Мишићи (замрзнути): ≥ 2 г;
2. Пуна крв (незамрзнута): ≥ 2 мл (за 3 библиотеке)

За биљке:
1. Расад (нпр. младе саднице узгајане из семена, саднице културе ткива, итд.): покупити све листове и младе стабљике;
2. Зрела биљка: сакупите врх стабљике и прва 1 или 2 нова листа близу врха стабљике.
* Препоручена количина за сваки узорак ≥ 4 г.(Теоријска употреба за изградњу библиотеке је 1 г по библиотеци).

Препоручена достава узорка

Контејнер: епрувета за центрифугу од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
За већину узорака препоручујемо да се не чувају у етанолу.
Означавање узорка: Узорци морају бити јасно означени и идентични обрасцу са информацијама о достављеном узорку.
Испорука: Суви лед: Узорци се прво морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.

Ток рада услуге

logo_01

Дизајн експеримента

logo_02

Испорука узорка

logo_03

Хи-Ц експеримент

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • *Демо резултати приказани овде су сви из генома објављених са Биомаркер Тецхнологиес

    1.Хи-Ц интеракцијска топлотна карта одЦамптотхеца ацуминатагеном.Као што је приказано на мапи, интензитет интеракција је у негативној корелацији са линеарном удаљености, што указује на високо тачан склоп на нивоу хромозома.(Однос сидрења: 96,03%)

    3Hi-C-interaction-heatmap-showing-contigs-anchoring-in-genome-assembly

    Канг М ет ал.,Натуре Цоммуницатионс, 2021

     

    2.Хи-Ц је олакшао валидацију инверзија измеђуГоссипиум хирсутумЛ. ТМ-1 А06 иГ. арбореумЦхр06

    4Hi-C-heatmap-facilitate-revealing-of-inversions-between-genomes

    Јанг З и др.,Природне комуникације, 2019

     

     

    3. Састављање и биалелна диференцијација генома касаве СЦ205.Хи-Ц топлотна мапа показује јасну поделу у хомологним хромозомима.

    5Hi-C-heatmap-showing-homologous-chromosomes

    Ху В ет ал.,Молецулар Плант, 2021

     

     

    4.Хи-Ц топлотна мапа на склопу генома две врсте Фицус:Ф.мицроцарпа(однос сидрења: 99,3%) иФ.хиспида (однос сидрења: 99,7%)
    6Hi-C-heatmap-showing-contig-anchoring-of-Ficus-genomes

    Зханг Кс ет ал.,Ћелија, 2020

     

     

    БМК Цасе

    Геноми стабла бањана и осе опрашивача пружају увид у коеволуцију смокве и осе

    Објављено: Ћелија, 2020

    Стратегија секвенцирања:

    Ф. мицроцарпагеном: прибл.84 Кс ПацБио РСИИ (36,87 Гб) + Хи-Ц (44 Гб)

    Ф. хиспидагеном: прибл.97 Кс ПацБио РСИИ (36,12 Гб) + Хи-Ц (60 Гб)

    Еупристина вертициллатагеном: прибл.170 Кс ПацБио РСИИ (65 Гб)

    Кључни резултати

    1. Два генома стабла бањана и један геном осе опрашивача су конструисани коришћењем ПацБио секвенцирања, Хи-Ц и мапе повезивања.
    (1)Ф. мицроцарпагеном: Установљен је склоп од 426 Мб (97,7% процењене величине генома) са контигом Н50 од 908 Кб, БУСЦО резултатом од 95,6%.Укупно 423 Мб секвенце су усидрене за 13 хромозома помоћу Хи-Ц.Анотација генома је дала 29.416 гена који кодирају протеине.
    (2)Ф. Хиспидагеном: Склоп од 360 Мб (97,3% процењене величине генома) дао је принос са контигом Н50 од 492 Кб и БУСЦО резултатом од 97,4%.Укупно 359 Мб секвенци је усидрено на 14 хромозома помоћу Хи-Ц и веома идентично мапи везе високе густине.
    (3)Еупристина вертициллатагеном: Установљен је склоп од 387 Мб (процењена величина генома: 382 Мб) са контигом Н50 од 3,1 Мб и БУСЦО резултатом од 97,7%.

    2.Упоредна геномичка анализа открила је велики број структурних варијација између двеФицусгенома, који је обезбедио непроцењив генетски ресурс за студије адаптивне еволуције.Ова студија је по први пут пружила увид у коеволуцију смокве и оса на геномском нивоу.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Цирцос дијаграм о геномским карактеристикама двојеФицусгеноме, укључујући хромозоме, сегментне дупликације (СД), транспозоне (ЛТР, ТЕ, ДНК ТЕ), експресију гена и синтезу

    PB-full-length-RNA-alternative-splicing

    Идентификација И хромозома и ген кандидата за одређивање пола

    Референца

    Зханг, Кс., ет ал.„Геноми бањанског дрвета и осе опрашивача пружају увид у коеволуцију смокве и осе.“Ћелија 183.4 (2020).

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: