BMKCloud Log in
条形баннер-03

Производи

Склоп генома заснован на Хи-Ц

Хи-Ц је метода дизајнирана да ухвати конфигурацију хромозома комбиновањем сондирања интеракција заснованих на близини и секвенцирања високе пропусности.Верује се да је интензитет ових интеракција у негативној корелацији са физичком раздаљином на хромозомима.Према томе, Хи-Ц подаци би могли да усмеравају груписање, редослед и оријентацију склопљених секвенци у нацрту генома и да их усидре на одређени број хромозома.Ова технологија омогућава склапање генома на нивоу хромозома у одсуству генетске мапе засноване на популацији.Сваки појединачни геном треба Хи-Ц.

Платформа: Иллумина НоваСек платформа / ДНБСЕК


Детаљи услуге

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Предности услуге

1Принцип-Хи-Ц-секвенцирања

Преглед Хи-Ц
(Лиеберман-Аиден Е ет ал.,Наука, 2009)

● Нема потребе за конструисањем генетске популације за сидрење контига;
● Већа густина маркера доводи до већег односа сидрења контига на преко 90%;
● Омогућава процену и исправке постојећих склопова генома;
● Краће време обрта са већом прецизношћу у састављању генома;
● Богато искуство са преко 1000 Хи-Ц библиотека конструисаних за преко 500 врста;
● Преко 100 успешних случајева са акумулативним објављеним фактором утицаја од преко 760;
● Хи-Ц базиран склоп генома за полиплоидни геном, 100% стопа сидрења је постигнута у претходном пројекту;
● Ин-хоусе патенти и ауторска права на софтвер за Хи-Ц експерименте и анализу података;
● Саморазвијен софтвер за подешавање визуелизованих података, омогућава ручно померање блокова, преокретање, опозивање и понављање.

Спецификације услуге

 

Либрари Типе

 

 

Платформа


Реад Ленгтх
Препоручите стратегију
Хи-Ц
Иллумина НоваСек
ПЕ150
≥ 100Кс

Биоинформатичке анализе

● Контрола квалитета сирових података

● Хи-Ц контрола квалитета библиотеке

● Хи-Ц склоп генома

● Евалуација након склапања

ХиЦ радни ток

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

Анимал
гљива
Биљке

 

Замрзнуто ткиво: 1-2 г по библиотеци
Ћелије: 1к 10^7 ћелија по библиотеци
Замрзнуто ткиво: 1 г по библиотеци
Замрзнуто ткиво: 1-2 г по библиотеци

 

 
*Препоручујемо да пошаљете најмање 2 аликвота (по 1 г) за Хи-Ц експеримент.

Препоручена достава узорка

Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл (не препоручује се лимена фолија)
За већину узорака препоручујемо да се не чувају у етанолу.
Означавање узорка: Узорци морају бити јасно означени и идентични са достављеним обрасцима са информацијама о узорку.
Испорука: Суви лед: Узорци се прво морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.

Ток рада услуге

Узорак КЦ

Дизајн експеримента

достава узорка

Испорука узорка

Пилот експеримент

Екстракција ДНК

Припрема библиотеке

Изградња библиотеке

Секвенцирање

Секвенцирање

Анализа података

Анализа података

Услуге након продаје

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • *Демо резултати приказани овде су сви из генома објављених са Биомаркер Тецхнологиес

    1.Хи-Ц интеракцијска топлотна карта одЦамптотхеца ацуминатагеном.Као што је приказано на мапи, интензитет интеракција је у негативној корелацији са линеарном удаљености, што указује на високо тачан склоп на нивоу хромозома.(Однос сидрења: 96,03%)

    3Хи-Ц-интеракција-хеатмап-сховинг-цонтигс-анцхинг-ин-геноме-ассембли

    Канг М ет ал.,Натуре Цоммуницатионс, 2021

     

    2.Хи-Ц је олакшао валидацију инверзија измеђуГоссипиум хирсутумЛ. ТМ-1 А06 иГ. арбореумЦхр06

    4Хи-Ц-топлотна мапа-олакшава-откривање-инверзија-између-генома

    Јанг З и др.,Природне комуникације, 2019

     

     

    3. Састављање и биалелна диференцијација генома касаве СЦ205.Хи-Ц топлотна мапа показује јасну поделу у хомологним хромозомима.

    5Хи-Ц-топлотна карта-показује-хомологне-хромозоме

    Ху В ет ал.,Молецулар Плант, 2021

     

     

    4.Хи-Ц топлотна мапа на склопу генома две врсте Фицус:Ф.мицроцарпа(однос сидрења: 99,3%) иФ.хиспида (однос сидрења: 99,7%)
    6Хи-Ц-хеатмап-сховинг-цонтиг-анцхинг-оф-Фицус-геномес

    Зханг Кс ет ал.,Ћелија, 2020

     

     

    БМК Цасе

    Геноми стабла бањана и осе опрашивача пружају увид у коеволуцију смокве и осе

    Објављено: Ћелија, 2020

    Стратегија секвенцирања:

    Ф. мицроцарпа геном: прибл.84 Кс ПацБио РСИИ (36,87 Гб) + Хи-Ц (44 Гб)

    Ф. хиспидагеном: прибл.97 Кс ПацБио РСИИ (36,12 Гб) + Хи-Ц (60 Гб)

    Еупристина вертициллатагеном: прибл.170 Кс ПацБио РСИИ (65 Гб)

    Кључни резултати

    1. Два генома стабла бањана и један геном осе опрашивача су конструисани коришћењем ПацБио секвенцирања, Хи-Ц и мапе повезивања.
    (1)Ф. мицроцарпагеном: Установљен је склоп од 426 Мб (97,7% процењене величине генома) са контигом Н50 од 908 Кб, БУСЦО резултатом од 95,6%.Укупно 423 Мб секвенце су усидрене на 13 хромозома помоћу Хи-Ц.Анотација генома је дала 29.416 гена који кодирају протеине.
    (2)Ф. Хиспидагеном: Склоп од 360 Мб (97,3% процењене величине генома) је био принос са контигом Н50 од 492 Кб и БУСЦО резултатом од 97,4%.Укупно 359 Мб секвенци је усидрено на 14 хромозома помоћу Хи-Ц и веома идентично мапи везе високе густине.
    (3)Еупристина вертициллатагеном: Установљен је склоп од 387 Мб (процењена величина генома: 382 Мб) са контигом Н50 од 3,1 Мб и БУСЦО резултатом од 97,7%.

    2.Упоредна геномичка анализа открила је велики број структурних варијација између двеФицусгеноми, који су обезбедили непроцењив генетски ресурс за студије адаптивне еволуције.Ова студија је, по први пут, пружила увид у коеволуцију смокве-осе на геномском нивоу.

    ПБ-пуна-ленгтх-РНА-Секуенцинг-студи-цасе-студи

    Циркос дијаграм о геномским карактеристикама дваФицусгеноме, укључујући хромозоме, сегментне дупликације (СД), транспозоне (ЛТР, ТЕ, ДНК ТЕ), експресију гена и синтезу

    ПБ-пуна-ленгтх-РНА-алтернативе-сплицинг

    Идентификација И хромозома и ген кандидата за одређивање пола

     
    Референца

    Зханг, Кс., ет ал.„Геноми бањанског дрвета и осе опрашивача пружају увид у коеволуцију смокве и осе.“Ћелија 183.4 (2020).

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: